时乌斯藏僧有称活佛者，诸部多奉其教。丙兔乃以焚修为名，请建寺青海及嘉峪关外，为久居计。廷臣多言不可许，礼官言：“彼已采木兴工，而令改建于他所，势所不能，莫若因而许之，以鼓其善心，而杜其关外之请。况中国之御戎，惟在边关之有备。戎之顺逆，亦不在一寺之远近。”帝许之。丙兔既得请，又近胁番人，使通道松潘以迎活佛。四川守臣惧逼，乞令俺答约束其子，毋扰邻境。俺答言，丙兔止因甘肃不许开市，宁夏又道远艰难，虽有禁令，不能尽制。宣大总督方逢时亦言开市为便。帝以责陕西督抚，督抚不敢违。万历二年冬，许丙兔市于甘肃，宾兔市于庄浪，岁一次。既而寺成，赐额仰华。
先是，亦不剌之据青海，边臣犹以外寇视之。至是以俺答故，竟视若属番。诸酋亦以父受王封，不敢大为边患，而洮州之变乃起。初，洮州番人以河州奸民负其物货，入掠内地，他族亦乘机为乱。奸民以告河州参将陈堂，堂曰：“此洮州番也，何与我事。”洮州参将刘世英曰：“彼犯河州，非我失事。”由是二将有隙。总督石茂华闻之，令二人及兰州参将徐勋、岷州守备朱宪、旧洮州守备史经各引兵压其境，晓以利害。番人惧，即还所掠人畜。世英谓首恶未擒，不可遽已，遂剿破之，杀伤及焚死者无算。军律，吹铜角乃退兵。堂挟前憾，不待角声而去，诸部亦多引去。宪、经方深入搜捕，邻番见其势孤，围而杀之。事闻，帝震怒，褫堂、世英职，切责茂华等。茂华乃集诸军分道进讨，斩首百四十余级，焚死者九百余人，获孳畜数十群。诸番震恐远徙，来降者七十一族，斩送首恶四人，生缚以献者二人，输马牛羊二百六十。稽首谢罪，誓不再犯，师乃还。
自丙兔据青海，有切尽台吉者，河套酋吉能从子，俺答从孙也，从之而西。屡掠番人不得志，邀俺答往助。俺答雅欲侵瓦剌，乃假迎活佛名，拥众西行。疏请授丙兔都督，赐金印，且开茶市。部议不许，但稍给以茶。俺答既抵瓦剌，战败而还。乃移书甘肃守臣，乞假道赴乌斯藏。守臣不能拒，遂越甘肃而南，会诸酋于海上。番人益遭蹂躏，多窜徙。八年春，始以活佛言东还，而切尽弟火落赤及俺答庶兄子永邵卜遂留居青海不去。八月，丙兔率众掠番并内地人畜，诏绝其市赏。俺答闻之，驰书切责。乃尽还所掠，执献为恶者六人，自罚牛羊七百。帝嘉其父恭顺，赉之银币，即以牛羊赐其部人，为恶者付之自治，仍许贡市，俺答益感德。而火落赤侵掠番族不休，守臣檄切尽台吉约束之，亦引罪输服。及俺答卒，传至孙扯力克，势轻，不能制诸酋。
十六年九月，永邵卜部众有阑入西宁者，副总兵李奎方被酒，跃马而前。部众控鞍欲诉，奎拔刀斫之，众遂射奎死。部卒驰救之，亦多死。守臣不能讨，遣使诘责，但献首恶，还人畜而止。以故无所惮，愈肆侵盗。时丙兔及切尽台吉亦皆死，丙兔子真相移驻莽剌川，火落赤移驻捏工川，逼近西宁，日蚕食番族。番不能支，则折而为寇用。扯力克又西行助之，势益炽。十八年六月入旧洮州，副总兵李联芳率三千人御之，尽覆。七月复深入，大掠河州、临洮、渭源。总兵官刘承嗣与游击孟孝臣各将一军御之，皆败绩，游击李芳等死焉，西陲大震。事闻，命尚书郑洛出经略。洛前督宣大军，抚顺义王及忠顺夫人有恩。遣使趣扯力克东归，而大布招番之令，来者率善遇之，自是归附者不绝。火、真二酋自知罪重，又闻套酋卜失兔来助，大败于水泉口，扯力克复将还巢，始惧。徙帐去，留其党可卜兔等于莽剌川。明年，总兵官尤继先破走之。洛更进兵青海，焚仰华寺，逐其余众而还。番人复业者至八万余人，西陲暂获休息。已，复聚于青海。
二十三年增设临洮总兵官，以刘綎任之。未几，永邵卜诸部犯南川，参将达云大破之。已，连火、真二酋犯西川，云又击破之。明年，诸酋复掠番族，将窥内地。綎部将周国柱御之莽剌川，又大破之。二十七年纠叛苗犯洮、岷，总兵官萧如薰等败之，斩番人二百五十余级，寇八十二级，抚降番族五千余人。三十四年复入镇番黑古城，为总兵官柴国柱所败。自是屡入钞掠，不能大得志。
时为陕西患者，有三大寇：一河套，一松山，一青海。青海土最沃，且有番人屏蔽，故患犹不甚剧。崇祯十一年，李自成屡为官军击败，自洮州轶出番地。诸将穷追，复奔入塞内，番族亦遭蹂躏。十五年，西宁番族作乱，总抹官马爌督诸将五道进剿，斩首七百有奇，抚降三十八族而还。明年冬，李自成遣将陷甘州，独西宁不下。贼将辛恩忠攻破之，遂进掠青海。诸酋多降附，而明室亦亡。