高祖之讨侯景，文育与杜僧明为前军，克兰裕，援欧阳頠，皆有功。高祖破蔡路养于南野，文育为路养所围，四面数重，矢石雨下，所乘马死，文育右手搏战，左手解鞍，溃围而出，因与杜僧明等相得，并力复进，遂大败之。高祖乃表文育为府司马。
李迁仕之据大皋，遣其将杜平虏入灨石鱼梁作城，高祖命文育击之，平虏弃城走，文育据其城。迁仕闻平虏败，留老弱于大皋，悉选精兵自将，以攻文育，其锋甚锐，军人惮之。文育与战，迁仕稍却，相持未解，会高祖遣杜僧明来援，别破迁仕水军，迁仕众溃，不敢过大皋，直走新淦。梁元帝授文育假节、雄信将军、义州刺史。迁仕又与刘孝尚谋拒义军，高祖遣文育与侯安都、杜僧明、徐度、杜棱筑城于白口拒之。文育频出与战，遂擒迁仕。
高祖发自南康，遣文育将兵五千，开通江路。侯景将王伯丑据豫章，文育击走之，遂据其城。累前后功，除游骑将军、员外散骑常侍，封东迁县侯，邑五百户。
高祖军至白茅湾，命文育与杜僧明常为军锋，平南陵、鹊头诸城。及至姑熟，与景将侯子鉴战，破之。景平，授通直散骑常侍，改封南移县侯，邑一千户，拜信义太守。累迁南丹阳、兰陵、晋陵太守、智武将军、散骑常侍。
高祖诛王僧辩，命文育督众军会世祖于吴兴，围杜龛，克之。又济江袭会稽太守张彪，得其郡城。及世祖为彪所袭，文育时顿城北香岩寺，世祖夜往趋之，因共立栅。顷之，彪又来攻，文育悉力苦战，彪不能克，遂破平彪。
高祖以侯瑱拥据江州，命文育讨之，仍除都督南豫州诸军事、武威将军、南豫州刺史，率兵袭湓城。未克，徐嗣徽引齐寇渡江据芜湖，诏征文育还京。嗣徽等列舰于青墩，至于七矶，以断文育归路。及夕，文育鼓噪而发，嗣徽等不能制。至旦，反攻嗣徽，嗣徽骁将鲍砰独以小舰殿军，文育乘单舴艋与战，跳入舰，斩砰，仍牵其舰而还。贼众大骇，因留船芜湖，自丹阳步上。时高祖拒嗣徽于白城，适与文育大会。将战，风急，高祖曰："兵不逆风。"文育曰："事急矣，当决之，何用古法。"抽槊上马，驰而进，众军从之，风亦寻转，杀伤数百人。嗣微等移营莫府山，文育徙顿对之。频战功最，加平西将军，进爵寿昌县公，并给鼓吹一部。
广州刺史萧勃举兵逾岭，诏文育督众军讨之。时新吴洞主余孝顷举兵应勃，遣其弟孝劢守郡城，自出豫章，据于石头。勃使其子孜将兵与孝顷相会，又遣其别将欧阳騑顿军苦竹滩，傅泰据墌口城，以拒官军。官军船少，孝顷有舴艋三百艘、舰百馀乘在上牢，文育遣军主焦僧度、羊柬潜军袭之，悉取而归，仍于豫章立栅。时官军食尽，并欲退还，文育不许。乃使人间行遗周迪书，约为兄弟，并陈利害。迪得书甚喜，许馈粮饷。于是文育分遣老小乘故船舫，沿流俱下，烧豫章郡所立栅，伪退。孝顷望之，大喜，因不设备。文育由间道兼行，信宿达芊韶。芊韶上流则欧阳頠、萧勃，下流则傅泰、余孝顷，文育据其中间，筑城飨士，贼徒大骇。欧阳頠乃退入泥溪，作城自守。文育遣严威将军周铁虎与长史陆山才袭頠，擒之。于是盛陈兵甲，与頠乘舟而，以巡傅泰城下，因而攻泰，克之。萧勃在南康闻之，众皆股栗，莫能自固。其将谭世远斩勃欲降，为人所害。世远军主夏侯明彻持勃首以降。萧孜、余孝顷犹据石头，高祖遣侯安都助文育攻之，孜降文育，孝顷退走新吴，文州平，广育还顿豫章。以功授镇南将军、开府仪同三司、都督江广衡交等州诸军事、江州刺史。
王琳拥据上流，诏命侯安都为西道都督，文育为南道都督，同会武昌。与王琳战于沌口，为琳所执，后得逃归，语在安都传。寻授使持节、散骑常侍、镇南将军、开府仪同三司，寿昌县公，给鼓吹一部。
及周迪破余孝顷，孝顷子公飏、弟孝劢犹据旧栅，扇动南土，高祖复遣文育及周迪、黄法抃等讨之。豫章内史熊昙朗亦率军来会，众且万人。文育遣吴明彻为水军，配周迪运粮，自率众军入象牙江，城于金口。公飏领五百人伪降，谋执文育，事觉，文育囚之，送于京师，以其部曲分隶众军。乃舍舟为步军，进据三陂。王琳遣将曹庆帅兵二千人以救孝劢，庆分遣主帅常众爱与文育相拒，自帅所领径攻周迪、吴明彻军。迪等败绩，文育退据金口。熊昙朗因其失利，谋害文育，以应众爱。文育监军孙白象颇知其事，劝令先之。文育曰："不可，我旧兵少，客军多，若取昙朗，人人惊惧，亡立至矣，不如推心以抚之。"初，周迪之败也，弃船走，莫知所在，及得迪书，文育喜，赍示昙朗，昙朗害之于座，时年五十一。高祖闻之，即日举哀，赠侍中、司空、谥曰忠愍。