侯瑱，字伯玉，巴西充国人也。父弘远，世为西蜀酋豪。蜀贼张文萼据白崖山，有众万人，梁益州刺史鄱阳王萧范命弘远讨之。弘远战死，瑱固请复仇，每战必先锋陷阵，遂斩文萼，由是知名。因事范，范委以将帅之任，山谷夷獠不宾附者，并遣瑱征之。累功授轻车府中兵参军、晋康太守。范为雍州刺史。瑱除超武将军、冯翊太守。范迁镇合肥，瑱又随之。
侯景围台城，范乃遣瑱辅其世子嗣，入援京邑。京城陷，瑱与嗣退还合肥，仍随范徙镇湓城。俄而范及嗣皆卒，瑱领其众，依于豫章太守庄铁。铁疑之，瑱惧不自安，诈引铁谋事，因而刃之，据有豫章之地。侯景将于庆南略地至豫章，城邑皆下，瑱穷蹙，乃降于庆。庆送瑱于景，景以瑱与己同姓，托为宗族，待之甚厚，留其妻子及弟为质。遣瑱随庆平定蠡南诸郡。及景败于巴陵，景将宋子仙、任约等并为西军所获，瑱乃诛景党与，以应义军，景亦尽诛其弟及妻子。梁元帝授瑱武臣将军、南兖州刺史，郫县侯，邑一千户。仍随都督王僧辩讨景，恒为前锋，每战却敌。既复台城，景奔吴郡，僧辩使瑱率兵追之，与景战于吴松江，大败景，尽获其军实。进兵钱塘，景将谢答仁、吕子荣等皆降。以功除南豫州刺史，镇于姑熟。
承圣二年，齐遣郭元建出自濡须，僧辩遣瑱领甲士三千，筑垒于东关以捍之，大败元建。除使持节、镇北将军，给鼓吹一部，增邑二千户。西魏来寇荆州，王僧辩以瑱为前军，赴援，未至而荆州陷。瑱之九江，因卫晋安王还都。承制以瑱为侍中、使持节、都督江晋吴齐四州诸军事、江州刺史，改封康乐县公，邑五千户，进号车骑将军。司徒陆法和据郢州，引齐兵来寇，乃使瑱都督众军西讨，未至，法和率其部北度入齐。齐遣慕容恃德镇于夏首，瑱控引西还，水陆攻之，恃德食尽，请和，瑱还镇豫章。僧辩使其弟僧忄音率兵与瑱共讨萧勃，及高祖诛僧辩，僧忄音阴欲图瑱而夺其军，瑱知之，尽收僧忄音徒党，僧忄音奔齐。
绍泰二年，以本号加开府仪同三司，馀并如故。是时，瑱据中流，兵甚强盛，又以本事王僧辩，虽外示臣节，未有入朝意。初，余孝顷为豫章太守，及瑱镇豫章，乃于新吴县别立城栅，与瑱相拒。瑱留军人妻子于豫章，令从弟奫知后事，悉众以攻孝顷。自夏及冬，弗能克，乃长围守之，尽收其禾稼。奫与其部下侯方儿不协，方儿怒，率所部攻奫，虏掠瑱军府妓妾金玉，归于高祖。瑱既失根本，兵众皆溃，轻归豫章，豫章人拒之，乃趋湓城，投其将焦僧度。僧度劝瑱投齐，瑱以高祖有大量，必能容己，乃诣阙请罪，高祖复其爵位。
永定元年，授侍中、车骑将军。二年，进位司空。王琳至于沌口，周文育、侯安都并没，乃以瑱为都督西讨诸军事。瑱至于梁山。世祖即位，进授太尉，增邑千户。王琳至于栅口，又以瑱为都督，侯安都等并隶焉。瑱与琳相持百馀日，未决。天嘉元年二月，东关春水稍长，舟舰得通，琳引合肥漅湖之众，舳舻相次而下，其势甚盛。瑱率军进兽槛洲，琳亦出船列于江西，隔洲而泊。明日合战，琳军少却，退保西岸。及夕，东北风大起，吹其舟舰，舟舰并坏，没于沙中，溺死者数十百人。浪大不得还浦，夜中又有流星坠于贼营。及旦风静，琳入浦治船，以荻船塞于浦口，又以鹿角绕岸，不敢复出。是时，西魏遣大将军史宁蹑其上流，瑱闻之，知琳不能持久，收军却据湖浦，以待其敝。及史宁至，围郢州，琳恐众溃，乃率船舰来下，去芜湖十里而泊，击柝闻于军中。明日，齐人遣兵数万助琳，琳引众向梁山，欲越官军以屯险要。齐仪同刘伯球率兵万馀人助琳水战，行台慕容恃德子子会领铁骑二千，在芜湖西岸博望山南，为其声势。瑱令军中晨炊蓐食，分搥荡顿芜湖洲尾以待之。将战，有微风至自东南，众军施拍纵火。定州刺史章昭达乘平虏大舰，中江而进，发拍中于贼舰，其馀冒突、青龙，各相当值。又以牛皮冒蒙冲小船，以触贼舰，并熔铁洒之。琳军大败。其步兵在西岸者，自相蹂践，马骑并淖于芦荻中，弃马脱走以免者十二三。尽获其舟舰器械，并禽齐将刘伯球、慕容子会，自馀俘馘以万计。琳与其党潘纯陀等乘单舴艋冒阵走至湓城，犹欲收合离散，众无附者，乃与妻妾左右十馀人入齐。