魏帝征兵关右，召贺拔胜赴行在所，遣大行台长孙承业、大都督颍川王斌之、斛斯椿共镇武牢，汝阳王暹镇石济，行台长孙子彦帅前恒农太守元洪略镇陕，贾显智率豫州刺史斛斯元寿伐蔡俊。神武使窦泰与左厢大都督莫多娄贷文逆显智，韩贤逆暹。元寿军降。泰、贷文与显智遇于长寿津，显智阴约降，引军退。军司元玄觉之，驰还。请益师。魏帝遣大都督侯几绍赴之。战于滑台东，显智以军降，绍死之。七月，魏帝躬率大众屯河桥。神武至河北十余里，再遣口申诚款，魏帝不报。神武乃引军渡河。魏帝问计于群臣，或云南依贺拔胜，或云西就关中，或云守洛口死战。未决。而元斌之与斛斯椿争权不睦，斌之弃椿径还，绐帝云："神武兵至。"即日，魏帝逊于长安。己酉，神武入洛阳，停于永宁寺。
八月甲寅，召集百官，谓曰："为臣奉主，匡救危乱，若处不谏争，出不陪随，缓则耽宠争荣，急便逃窜，臣节安在？"遂收开府仪同三司叱列延庆、兼尚书左仆射辛雄、兼吏部尚书崔孝芬、都官尚书刘廞、兼度支尚书杨机、散骑常侍元士弼并杀之，诛其贰也。士弼籍没家口。神武以万机不可旷废，乃与百僚议以清河王亶为大司马，居尚书下舍而承制决事焉。王称警跸，神武丑之。神武寻至恒农，遂西克潼关，执毛洪宾。进军长城，龙门都督薛崇礼降。神武退舍河东，命行台尚书长史薛瑜守潼关，大都督库狄温守封陵。于蒲津西岸筑城，守华州，以薛绍宗为刺史，高昂行豫州事。神武自发晋阳，至此凡四十启，魏帝皆不答。九月庚寅，神武还于洛阳，乃遣僧道荣奉表关中，又不答。乃集百僚四门耆老，议所推立。以为自孝昌丧乱，国统中绝，神主靡依，昭穆失序。永安以孝文为伯考，永熙迁孝明于夹室，业丧祚短，职此之由。遂议立清河王世子善见。议定，白清河王。王曰："天子无父，苟使儿立，不惜余生。"乃立之，是为孝静帝。魏于是始分为二。
神武以孝武既西，恐逼崤、陕，洛阳复在河外，接近梁境，如向晋阳，形势不能相接，乃议迁邺，护军祖莹赞焉。诏下三日，车驾便发，户四十万狼狈就道。神武留洛阳部分，事毕还晋阳。自是军国政务，皆归相府。先是童谣曰："可怜青雀子，飞来邺城里，羽翮垂欲成，化作鹦鹉子。"好事者窃言，雀子谓魏帝清河王子，鹦鹉谓神武也。
初，孝昌中，山胡刘螽升自称天子，年号神嘉，居云阳谷，西土岁被其寇，谓之胡荒。二年正月，西魏渭州刺史可朱浑道元拥众内属，神武迎纳之。壬戌，神武袭击刘螽升，大破之。己巳，魏帝褒诏，以神武为相国，假黄钺，剑履上殿，入朝不趋。神武固辞。三月，神武欲以女妻螽升太子，候其不设备，辛酉，潜师袭之。其北部王斩螽升首以送。其众复立其子南海王，神武进击之，又获南海王及其弟西海王、北海王、皇后公卿已下四百余人，胡、魏五万户。壬申，神武朝于邺。四月，神武请给迁人廪各有差。九月甲寅，神武以州郡县官多乖法，请出使问人疾苦。
三年正月甲子，神武帅厙狄干等万骑袭西魏夏州，身不火食，四日而至。缚槊为梯，夜入其城，禽其刺史费也头斛拔俄弥突，因而用之。留都督张琼以镇守，迁其部落五千户以归。西魏灵州刺史曹泥与其婿凉州刺史刘丰遣使请内属。周文围泥，水灌其城，不没者四尺。神武命阿至罗发骑三万径度灵州，绕出西军后，获马五十匹，西师乃退。神武率骑迎泥、丰生，拔其遗户五千以归，复泥官爵。魏帝诏加神武九锡，固让乃止。二月，神武令阿至罗逼西魏秦州刺史建忠王万俟普拨，神武以众应之。六月甲午，普拨与其子太宰受洛干、豳州刺史叱干宝乐、右卫将军破六韩常及督将三百余人拥部来降。八月丁亥，神武请均斗尺，班于天下。九月辛亥，汾州胡王迢触、曹贰龙聚众反，署立百官，年号平都。神武讨平之。十二月丁丑，神武自晋阳西讨，遣兼仆射行台汝阳王暹、司徒高昂等趣上洛，大都督窦泰入自潼关。
四年正月癸丑，窦泰军败自杀。神武次蒲津，以冰薄不得赴救，乃班师。高昂攻克上洛。二月乙酉，神武以并、肆、汾、建、晋、东雍、南汾、泰、陕九州霜旱，人饥流散，请所在开仓赈给。六月壬申，神武如天池，获瑞石，隐起成文曰"六王三川"。十月壬辰，神武西讨，自蒲津济，众二十万。周文军于沙苑。神武以地厄少却，西人鼓噪而进，军大乱，弃器甲十有八万，神武跨橐驼，候船以归。