高宗即位，以玚功名素著，深委任焉。太建四年，授都督荆、信二州诸军事、安西将军、荆州刺史，出镇公安。玚增修城池，怀服边远，为邻境所惮。居职六年，又以事免，更为通直散骑常侍。及吴明彻军败吕梁，授使持节、督缘江水陆诸军事、镇西将军，给鼓吹一部。寻授散骑常侍、都督荆、郢、巴、武、湘五州诸军事、郢州刺史，持节、将军、鼓吹并如故。十二年，坐疆埸交通抵罪。
后主嗣位，复除通直散骑常侍，兼起部尚书。寻除中护军，复爵邑，入为度支尚书，领步兵校尉。俄加散骑常侍，迁侍中、祠部尚书。后主频幸其第，及著诗赋述勋德之美，展君臣之意焉。又为五兵尚书，领右军将军，侍中如故。以年老累乞骸骨，优诏不许。祯明元年卒官，时年七十二。后主临哭尽哀，赠护军将军，侍中如故，给鼓吹一部，朝服一具，衣一袭，丧事量加资给，谥曰桓子。
玚事亲以孝闻，于诸弟甚笃睦。性通泰，有财物散之亲友。其自居处，颇失于奢豪，庭院穿筑，极林泉之致，歌钟舞女，当世罕俦，宾客填门，轩盖不绝。及出镇郢州，乃合十馀船为大舫，于中立亭池，植荷芰，每良辰美景，宾僚并集，泛长江而置酒，亦一时之胜赏焉。常于山斋设讲肆，集玄儒之士，冬夏资奉，为学者所称。而处己率易，不以名位骄物。时兴皇寺朗法师该通释典，玚每造讲筵，时有抗论，法侣莫不倾心。又巧思过人，为起部尚书，军国器械，多所创立。有鉴识，男女婚姻，皆择素贵。及卒，尚书令江总为其志铭，后主又题铭后四十字，遣左民尚书蔡徵宣敕就宅镌之。其词曰："秋风动竹，烟水惊波。几人樵径，何处山阿？今时日月，宿昔绮罗。天长路远，地久云多。功臣未勒，此意如何。"时论以为荣。玚二十一子，咸有父风。世子让，早卒。第二子训，颇知名，历临湘令，直阁将军、高唐太守。陈亡入隋。
史臣曰：在梁之季，寇贼实繁，高祖建义杖旗，将宁区夏，裴忌早识攀附，每预戎麾，摧锋却敌，立功者数矣。孙玚有文武干略。见知时主，及行军用兵，师司马之法，至于战胜攻取，屡著勋庸，加以好施接物，士咸慕向。然性不循恒，频以罪免，盖亦陈汤之徒焉。