初，魏克江陵之时，永嘉王庄年甫七岁，逃匿人家，后琳迎还湘中，卫送东下。及敬帝立，出质于齐，请纳庄为梁主。文宣遣兵援送，仍遣兼中书令李騊駼册拜琳为梁丞相、都督中外诸军、录尚书事。舍人羊悫、游诠之等赍玺书江表宣劳，自琳以下皆有颁赐。琳乃遣兄子叔宝率所部十州刺史子弟赴邺，奉庄纂梁祚于郢州。庄授琳侍中、使持节、大将军、中书监，改封安城郡公，其馀并依齐朝前命。及陈霸先即位，琳乃辅庄次于濡须口。齐遣扬州道行台慕容俨率众临江，为其声援。陈遣安州刺史吴明彻江中夜上，将袭湓城。琳遣巴陵太守任忠大败之，明彻仅以身免。琳兵因东下，陈遣司空侯安都等拒之。侯瑱等以琳军方盛，引军入芜湖避之。时西南风忽至，琳谓得天道，将直取扬州。侯瑱等徐出芜湖，蹑其后。比及兵交，西南风翻为瑱用。琳兵放火燧以掷船者，皆反烧其船。琳船舰溃乱，兵士投水死十二三，其馀皆弃船上岸，为陈军所杀殆尽。初琳命左长史袁泌、御史中丞刘仲威同典兵侍卫庄，及军败，泌遂降陈，仲威以庄投历阳。琳寻与庄同降邺都。孝昭帝遣琳出合肥，鸠集义故，更图进取。琳乃缮舰，分遣招募，淮南伧楚，皆愿戮力。陈合州刺史裴景晖，琳兄珉之婿也，请以私属导引齐师。孝昭委琳与行台左丞卢潜率兵应赴，沉吟不决。景晖惧事泄，挺身归齐。孝昭赐琳玺书，令镇寿阳，其部下将帅悉听以行，乃除琳骠骑大将军、开府仪同三司、扬州刺史，封会稽郡公，又增兵仗，兼给铙吹。琳水陆戒严，将观衅而动。属陈氏结好于齐，使琳更听后图。琳在寿阳，与行台尚书卢潜不协，更相是非，被召还邺，武成置而不问。除沧州刺史，后以琳为特进、侍中。所居屋脊无故剥破，出赤蛆数升，落地化为血，蠕蠕而动。又有龙出于门外之地，云雾起，昼晦。
会陈将吴明彻来寇，帝敕领军将军尉破胡等出援秦州，令琳共为经略。琳谓所亲曰："今太岁在东南，岁星居斗牛分，太白已高，皆利为客，我将有丧。"又谓破胡曰："吴兵甚锐，宜长策制之，慎勿轻斗。"破胡不从，遂战，军大败，琳单马突围，仅而获免。还至彭城，帝令便赴寿阳，并许召募。又进封琳巴陵郡王。陈将吴明彻进兵围之，堰淝水灌城，而皮景和等屯于淮西，竟不赴救。明彻昼夜攻击，城内水气转侵，人皆患肿，死病相枕。从七月至十月，城陷被执，百姓泣而从之。吴明彻恐其为变，杀之城东北二十里，时年四十八，哭者声如雷。有一叟以酒脯来酹，尽哀，收其血，怀之而去。传首建康，县之于市。琳故吏梁骠骑府仓曹参军朱玚致书陈尚书仆射徐陵求琳首曰：
窃以朝市迁贸，传骨梗之风，历运推移，表忠贞之迹。故典午将灭，徐广为晋家遗老；当涂已谢，马孚称魏室忠臣。用能播美于前书，垂名于后世。梁故建宁公琳，洛滨馀胄，沂州旧族，立功代邸，效绩中朝，当离乱之辰，总方伯之任。尔乃轻躬殉主，以身许国，实追踪于往彦，信踵武于前修。而天厌梁德，上思匡继，徒蕴包胥之念，终遘苌弘之眚。洎王业光启，鼎祚有归，于是远迹山东，寄命河北。虽轻旅臣之叹，犹怀客卿之礼，感兹知己，忘此捐躯。至使身没九泉，头行万里。诚复马革裹死，遂其生平之志；原野暴骸，会彼人臣之节。然身首异处，有足悲者；封树靡卜，良可怆焉。玚早簉末席，降薛君之吐握，荷魏公之知遇。是用沾巾雨袂，痛可识之颜；回肠疾首，切犹生之面。伏惟圣恩博厚，明诏爰发，赦王经之哭，许田横之葬，玚虽刍贱，窃亦有心。琳经莅寿阳，颇存遗爱；曾游江右，非无馀德。比肩东阁之吏，继踵西园之宾，愿归彼境，还修窀穸。庶孤坟既筑，或飞衔土之燕；丰碑式树，时留堕泪之人。近故旧王绾等已有论牒，仰蒙制议，不遂所陈。昔廉公告逝，即淝川而建茔域；孙叔云亡，仍芍陂而植楸槚。由此言之，抑有其例。不使寿春城下，唯传报葛之人；沧洲岛上，独有悲田之客。昧死陈祈，伏待刑宪。
陵嘉其志节。又明彻亦数梦琳求首，并为启陈主而许之。仍与开府仪同主簿刘韶慧等持其首还于淮南，权瘗八公山侧，义故会葬者数千人。玚等乃间道北归，别议迎接。寻有扬州人茅知胜等五人密送葬柩达于邺。赠十五州诸军事、扬州刺史、侍中、特进、开府、录尚书事，谥曰忠武王，葬给辒辌车。
琳体貌闲雅，立发委地，喜怒不形于色。虽无学业，而强记内敏，军府佐吏千数，皆识其姓名。刑罚不滥，轻财爱士，得将卒之心。少任将帅，屡经丧乱，雅有忠义之节。虽本图不遂，邺人亦以此重之，待遇甚厚。及败，为陈军所执，吴明彻欲全之，而其下将领多琳故吏，争来致请，并相资给，明彻由此忌之，故及于难。当时田夫野老，知与不知，莫不为之歔欷流泣。观其诚信感物，虽李将军之恂恂善诱，殆无以加焉。
琳十七子。长子敬，在齐袭王爵，武平末，通直常侍。第九字衍，隋开皇中开府仪同三司，大业初，卒于渝州刺史。