自元烈诛，魏帝有怨言。魏淮安王育、广平王赞等垂泣谏之，帝不听。于是太祖与公卿定议，废帝，尊立齐王廓，是为恭帝。
魏恭帝元年夏四月，帝大飨群臣。魏史柳虬执简书于朝曰："废帝，文皇帝之嗣子。年七岁，文皇帝托于安定公曰：'是子才，由于公，不才，亦由于公，宜勉之。'公既受兹重寄，居元辅之任，又纳女为皇后，遂不能训诲有成，致令废黜，负文皇帝付属之意，此咎非安定公而谁？"太祖乃令太常卢辩作诰谕公卿曰："呜呼！我群后暨众士，维文皇帝以襁褓之嗣托于予，训之诲之，庶厥有成。而予罔能革变厥心，庸暨乎废，坠我文皇帝之志。呜呼！兹咎予其焉避？予实知之，矧尔众人之心哉。惟予之颜，岂惟今厚，将恐来世以予为口实。"乙亥，诏封太祖子邕为辅城公，宪为安城公，邑各二千户。茹茹乙旃达官寇广武。
五月，遣柱国赵贵追击之，斩首数千级，收其辎重而还。秋七月，太祖西狩至于原州。梁元帝遣使请据旧图以定疆界，又连结于齐，言辞悖慢。太祖曰："古人有言'天之所弃，谁能兴之'，其萧绎之谓乎。"冬十月壬戌，遣柱国于谨、中山公护、大将军杨忠、韦孝宽等步骑五万讨之。十一月癸未，师济于汉。中山公护与杨忠率锐骑先屯其城下，据江津以备其逸。丙申，谨至江陵，列营围守。辛亥，进攻城，其日克之。擒梁元帝，杀之，并虏其百官及士民以归。没为奴婢者十余万，其免者二百余家。立萧詧为梁主，居江陵，为魏附庸。梁将王僧辩、陈霸先于丹阳立梁元帝第九子方智为主。
魏氏之初，统国三十六，大姓九十九，后多绝灭。至是，以诸将功高者为三十六国后，次功者为九十九姓后，所统军人，亦改从其姓。
二年，梁广州刺史王琳寇边。冬十一月，遣大将军豆卢宁帅师讨之。
三年春正月丁丑，初行《周礼》，建六官。以太祖为太师、大冢宰，柱国李弼为太傅、大司徒，赵贵为太保、大宗伯，独孤信为大司马，于谨为大司寇，侯莫陈崇为大司空。初，太祖以汉魏官繁，思革前弊。大统中，乃命苏绰、卢辩依周制改创其事，寻亦置六卿官，然为撰次未成，众务犹归台阁。至是始毕，乃命行之。夏四月，太祖北巡狩。秋七月，度北河。王琳遣使来附，以琳为大将军、长沙郡公。魏帝封太祖子直为秦郡公，招为正平公，邑各一千户。九月，太祖有疾，还至云阳，命中山公护受遗辅嗣子。冬十月乙亥，崩于云阳宫，还长安发丧。时年五十二。甲申，葬于成陵，谥曰文公。孝闵帝受禅，追尊为文王，庙曰太祖。武成元年，追尊为文皇帝。
太祖知人善任使，从谏如流，崇尚儒术，明达政事，恩信被物，能驾驭英豪，一见之者，咸思用命。沙苑所获囚俘，释而用之，河桥之役，率以击战，皆得其死力。诸将出征，授以方略，无不制胜。性好朴素，不尚虚饰，恒以反风俗、复古始为心。
史臣曰：水历将终，群凶放命，或威权震主，或衅逆滔天。咸谓大宝可以力征，神物可以求得，莫不窥窬九鼎，睥睨两宫，而诛夷继及，亡不旋踵。是知巨君篡盗，终成建武之资；仲颍凶残，实启当途之业。天命有底，庸可慆乎。太祖田无一成，众无一旅，驱驰戎马之际，蹑足行伍之间。属与能之时，应启圣之运，鸠集义勇，纠合同盟，一举而殄仇雠，再驾而匡帝室。于是内询帷幄，外仗材雄，推至诚以待人，弘大顺以训物。高氏籍甲兵之众，恃戎马之强，屡入近畿，志图吞噬。及英谋电发，神旆风驰，弘农建城濮之勋，沙苑有昆阳之捷。取威定霸，以弱为强。绍元宗之衰绪，创隆周之景命。南清江汉，西举巴蜀，北控沙漠，东据伊瀍。乃摈落魏晋，宪章古昔，修六官之废典，成一代之鸿规。德刑并用，勋贤兼叙，远安迩悦，俗阜民和。亿兆之望有归，揖让之期允集。功业若此，人臣以终。盛矣哉！非夫雄略冠时，英姿不世，天与神授，纬武经文者，孰能与于此乎。昔者，汉献蒙尘，曹公成夹辅之业；晋安播荡，宋武建匡合之勋。校德论功，绰有余裕。至于渚宫制胜，阖城孥戮；茹茹归命，尽种诛夷。虽事出于权道，而用乖于德教。周祚之不永，或此之由乎。