其月二十一日夜，诈作上诏，云："鲁秀谋反，汝可平明率众入。"因使超之等集素所养士二千余人皆被甲，云"有所讨"。宿召前中庶子右军长史萧斌及左卫率袁淑、中舍人殷仲素、左积弩将军王正见并入，告以大事，自起拜斌等，因流涕。并惊愕。明旦，劭以朱服加戎服上，乘画轮车，与萧斌同载，卫从如常入朝仪，从万春门入。旧制，东宫队不得入城，劭语门卫云："受诏有所收讨。"令后速来，张超之等数十人驰入云龙东中华门。及斋阁，拔刃径上合殿。上其夜与尚书仆射徐湛之屏人语，至旦烛犹未灭，门阶户席并无侍卫。上以几自鄣，超之行弑，上五指俱落，并杀湛之。劭进至合殿中阁，文帝已崩。出坐东堂，萧斌执刀侍直，呼中书舍人顾瑕。瑕惧，不时出，及至，问曰："欲共见废，何不早启。"未及答，斩之。遣人于崇礼闼，杀吏部尚书江湛。文帝左细仗主卜天与攻劭于东堂，见杀。又使人入杀潘淑妃，剖其心观其邪正。使者阿旨，答曰："心邪。"劭曰："邪佞之心，故宜邪也。"又杀文帝亲信左右数十人。急召始兴王浚率众屯中堂。
劭即伪位，百僚至者裁数十人，乃为书曰："徐湛之弑逆，吾勒兵入殿，已无所及。今罪人斯得，元凶克殄，可大赦，改元为太初。"素与道育所定也。萧斌曰："旧逾年改元。"劭以问侍中王僧绰，僧绰曰："晋惠帝即位便改年。"劭喜而从之。初使萧斌作诏，斌辞以不文，乃使王僧绰。始文帝未崩前一日甲夜，太史奏："东方有急兵，其祸不测，宜列万人兵于太极前殿，可以销灾。"上不从。及劭弑逆，闻而叹曰："几误我事。"乃问太史令曰："我得几年。"对曰"得十年"。退而语人曰："十旬耳。"劭闻而怒，殴杀之。
即位讫，便称疾还入永福省。然后迁大行皇帝升太极殿，以萧斌为尚书仆射，何尚之为司空。大行大敛，劭辞疾不敢出。先给诸处兵仗，悉收还武库。遣人谓鲁秀曰："徐湛之常欲相危，我已为卿除之。"使秀与屯骑校尉庞秀之对掌军队。以侍中王僧达为吏部尚书，司徒左长史何偃为侍中。
成服日，劭登殿临灵，号恸不自持。博访公卿，询求政道，遣使分行四方。分浙江以东五郡为会州，省扬州，立司隶校尉，以殷冲补之。以大将军江夏王义恭为太保，司徒南谯王义宣为太尉。荆州刺史始兴王浚进号骠骑将军，王僧绰以先豫废立见诛。长沙王瑾弟偕、临川王晔、桂阳侯觊、新渝侯玠，并以宿恨死。礼官希旨，谥文帝不敢尽美称，谥曰中宗景皇帝。及闻南谯王义宣、随王诞等起义师，悉聚诸王于城内。移江夏王义恭住尚书下舍，分义恭诸子住侍中下省。四月，立妻殷为皇后。
孝武檄至，劭自谓素习武事，谓朝士曰："卿等助我理文书，勿厝意戎阵。若有寇难，吾尝自出，唯恐贼虏不敢动耳。"中外戒严。防孝武世子于侍中省，南谯王义宣诸子于太仓空屋。劭使浚与孝武书，言"上亲御六师，太保又执钺临统，吾与乌羊相寻即道。上圣恩每厚法师，令在殿内住，想弟欲知消息，故及"。乌羊者，南平王铄；法师，孝武世子小名也。劭欲杀三镇士庶家口，江夏王义恭、何尚之说曰："凡举大事，不顾家口；且多是驱逼。今忽诛其余累，政足坚彼意耳。"劭乃下书，一无所问。
浚及萧斌劝劭勒水军自上决战，江夏王义恭虑义兵仓卒，船舫陋小，不宜水战。乃进策以为"宜以近待之，远出则京师空弱，东军乘虚，容能为患。不如养锐待期"。劭善其议。萧斌厉色曰："南中郎二十年少，业能建如此大事，岂复可量！"劭不纳。疑朝廷旧臣不为之用，厚抚王罗汉、鲁秀，悉以兵事委之，多赐珍玩美色以悦其志。罗汉先为南平王铄右军参军，劭以其有将用，故以心膂委焉。或劝劭保石头城者，劭曰："昔人所以固石头，俟诸侯勤王耳。我若守此，谁当见救，唯应力战决之。"日日自出行军，慰劳将士。使有司奏立子伟之为皇太子。
及义军至新亭，劭登朱雀门躬自督战。将士怀劭重赏，皆为之力战。将克，而鲁秀打退鼓，军乃止。为柳元景等所乘，故大败。褚湛之携二子与檀和之同归顺。劭惧，走还台城。其夜，鲁秀又南奔。二十五日，江夏王义恭单马南奔。劭遣浚杀义恭诸子，以辇迎蒋侯神像于宫内，乞恩，拜为大司马，封钟山郡王，苏侯为骠骑将军。使南平王铄为祝文，罪状孝武。二十七日，临轩，拜子伟之为皇太子，百官皆戎服，劭独衮衣，下书大赦，唯孝武、刘义恭、义宣、诞不在原例。