万历20年（1592），汤显祖北还故乡临川，因家中人口增多，他想找一静处另盖新居，老友高应芳得知，便将自己在临川县城沙井巷占地960平方米，闲置不用的废旧房屋转卖给汤显祖，供其建玉茗堂，兴建宅邸。新宅布局合理，中为玉茗堂书斋，左为寒光堂，右为兰省堂，前为芙蓉馆，后为清院楼，东有四梦台，全院共由6组建筑组合而成，精巧别致，美观大方，从此汤、高两家比邻而居。明万历21年（1593年），汤显祖被升任为浙江丽水地区遂昌县知县，汤显祖治政以教育为本，为办学兴县，他将奉禄捐出，兴办了一所“相圃书院”，意在造就将相之才。汤显祖在遂昌县6年，创尊经阁、启明楼，并于学中建象德堂、于射园置灭虎祠，种种美政，将一个贫穷落后的山区小县治理成为两浙的先进县。汤显祖在遂昌任上未取一文赎金，未监一个好人，未杖死一名囚徒，其治迹生平，为后人所称道。他自赋道：“杏花轻浅讼庭稀”；“市上无喧少斗鸡”。因此越民无不颂其德，然而吏部奖罚不明，始终不肯嘉奖汤显祖，朝廷选官制度的黑暗，使汤显祖更加认识到社会的腐败，明万历26年（1598年），愤然挂冠弃职，归隐临川。清康熙年，遂昌人民感念汤显祖之德，在遂昌为汤显祖建造了一座“遗爱祠”。
汤显祖回到故乡，于玉茗堂设帐讲学，又于四梦台编演其所编的新剧《紫钗记》、《南柯梦》、《邯郸记》、《还魂记》，统称临川四梦。汤显祖每写完一出，好友谢挺凉就协助他组织排练演唱，汤显祖领导的临川派戏曲，异军突起，以绝对的优势压倒了老戏曲派的吴江派，成为中国戏剧界的旗手。
汤显祖为了向社会证实自己的教育能力，在临川创办了一所崇儒书院，四方理学节义贤至，无不以听临川之音而为人生一大幸事；而禅伯词英对汤显祖诗词更是赞不绝口，莫不依风景附随，形成一股汤学之风。汤显祖的女婿刘同升承汤显祖制义之奇，于明崇祯丁丑科（1637年）蟾宫折桂登状元及弟；而其门徒陈际泰、罗万藻、艾南英、章世纯则继汤显祖理学文章，成为“江西四大家”；而司徒李太虚、御史傅朝佑、次子汤开远、义子汤维岳则承汤显祖刚直不阿之精神，皆以直声闻天下，不辱师名也。汤显祖居家教学、吟诗、唱戏好不快活，但他的朋友都为他不能出山为官而惋惜，漕运总督李三才，不忍见其英才被埋没于乡间，特致书礼聘汤显祖复出为幕，汤显祖无心复出，坚拒道：“独愧身与公等比肩事主，老而为客，亦非予所能也”。
汤显祖一生娶三妻，原配吴夫人生长子汤士蘧、次子汤大耆；继配傅氏是北京名门闺秀生三子汤开远、四子汤开先；而填房赵氏不育，过继侄子汤维岳为养子。汤显祖五子皆以文才有声士林，而尤以长子士蘧餐英披秀，凤冠人群，3岁能读经、5岁能背文、8岁能著诗，汤显祖赞道：“蘧儿原是王佐才，何但文心一路开”。故而汤显祖倾心造就蘧儿，并托友好董其昌荐士蘧入国子监，颇得祭酒郭正域的青睐。明万历28年（1600年）8月，士蘧参加南京乡试时病亡，使汤显祖颇受打击，为悼蘧儿，他作念诗32首，但仍不能从梦中复醒。汤显祖虽隐居乡里，侍奉两尊人，课教儿女而不问政治，但其文坛声望却愈演愈烈，吏部忌其名望日著，则以“浮躁”为名，于万历29年（1601年）将汤显祖追论削籍，想以此降低汤显祖的社会威望。然而汤显祖是一代伟人，他的名望非但未因此而下降，反而成为海内外知名的剧作家、教育家。
明万历43年（1616年）汤尚贤夫妇先后下世，汤显祖思双亲过度而一病不起，明万历44年9月21日（1617年7月29日），一代伟大的文学家、教育家、戏剧家汤显祖病逝于里，享年67岁。
汤显祖逝后，其子女将其回葬于文昌里汤家山，明崇祯年，汤显祖以子汤开远贵赠光禄寺丞、诰赠巡抚都察院衔，准祀乡贤祠、名宦祠。
汤显祖因与英国剧作家莎士比亚是同时代的东西两大戏剧家，因而日本戏剧评论家誉汤显祖为“东方的莎士比亚”。
清初临川因遭兵燹，汤显祖墓地被毁，清光绪29年（1903年），临川知县江召堂为纪念这位伟大的戏剧家，拨款重修了汤墓，并立碑纪之；文*之时，汤墓再次遭到毁墓之灾；1982年文化部、中国剧协、江西省文化局在抚州举办“汤显祖逝世366年纪念大会”，为瞻仰凭吊先贤，则于抚州人民公园内重建汤墓，墓东北为牡丹亭，墓西北是若土园，湖光岛色，浑然一体，汤显祖今得安寝，赖国家重视也。1992年汤显祖的故乡抚州专区为纪念先贤，在临川郄家山拓地190亩，创建了“汤显祖艺术中心暨汤显祖纪念馆”，这所由南京园林设计院设计的《汤馆》别具匠心，艺术的再现了汤显祖的《临川四梦》剧中情景，为汤显祖名垂千古，打下了坚实的基础。毛泽东主席阅读了汤显祖的《临川四梦》，并观看了其剧作《还魂记》的表演，称赞道：“《还魂记》演的好，它是明朝汤显祖写的。汤显祖是你们临川人，人称东方莎士比亚，除《还魂记》，还著有《紫钗记》、《南柯梦》、《邯郸记》，统称《临川四梦》，写的都很好”。毛泽东还亲书汤显祖诗句赠人。2000年在全国汤显祖学术研究工作者的呼吁下，国家民政部正式批准成立了全国性学术团体“汤显祖研究会”，同年８月在浙江遂昌县举办了全国学术界最为隆重的“汤显祖纪念大会”。
汤显祖一生著述颇多，其著有《问棘邮草》、《玉茗堂诗集》29卷、《玉茗堂文集》百卷、《艳异集》数十卷、《四书五经注》、《五侯鲭字海》20卷、《续虞初志》、《紫钗记》、《南柯梦》、《邯郸记》、《还魂记》、《紫箫记》、《别本茶经》、《玉茗堂尺牍》、《红泉逸草》、《雍藻》、《说海》、《万锦娇丽》等集，多为传世佳作。