帝不豫，勰内侍医药，外总军国之务，遐迩肃然，人无异议。徐謇，当世上医。先是，假归洛阳；及召至，勰引之别所，泣涕执手，祈请恳至。左右见者莫不鸣咽。及引入，謇便欲进药。勰以帝神力虚弱，唯令以食味消息。勰乃密为坛于汝水滨，依周公故事，告天地及献文，为帝请命，乞以身代。帝瘳损，自悬瓠幸邺，勰常侍坐舆辇，昼夜不离其侧，饮食必先尝之而后手自进御。车驾还京，会百僚于宣极堂，行饮至策勋之礼，以勰功为群将之最。寻以勰为司徒、太子太傅，侍中如故。
俄而齐将陈显达内寇，帝复亲讨之。诏勰持节、都督中外诸军事，总摄六师。时帝不豫，勰辞侍疾无暇，更请一王总当军要。帝曰："吾虑不济，安六军保社稷者，舍汝而谁？"帝至马圈，疾甚，谓勰曰："今吾当成不济。霍子孟以异姓受付，况亲贤，不可不勉也！"勰泣曰："士于布衣，犹为知己尽命，况臣托灵先皇，诚应竭股肱之力。但臣出入喉膂，每跨时要，此乃周旦遁逃，成王疑惑。臣非所以辞勤请逸，正欲仰成陛下日镜之明，下令愚臣获避退之福。"帝久之曰："吾寻思汝言，理实难夺。"乃手诏宣武曰："汝第六父勰，清规懋赏，与白云俱洁；厌荣舍绂，以松竹为心。吾少与绸缪，提携道趣，每请朝缨，恬真丘壑。吾以长兄之重，未忍离远，何容仍屈素业，长婴世网。吾百年之后，其听勰辞蝉舍冕，遂其冲挹之性也。"
帝崩于行宫，遏秘丧事，独与右仆射、任城王澄及左右数人为计，奉迁于安车中。勰等出入如平常，视疾进膳，可决外奏。累日，达宛城，乃夜进安车于郡厅事；得加敛榇，还载卧舆。六军内外，莫有知者。遣中书舍人张儒奉诏徵宣武会驾。梓宫至鲁阳，乃发丧行服。宣武即位，勰跪授遗敕数纸。咸阳王禧疑勰为变，停于鲁阳郡外，久之乃入。谓勰曰："汝非但辛勤，亦危险至极。"勰恨之。对曰："兄识高年长，故知有夷险。彦和掘蛇骑武，不觉艰难。"禧曰："汝恨吾后至耳。"自孝文不豫，勰常居中，亲侍医药，夙夜不离左右，至于衣不解带，乱首垢面。帝患久多忿，因之迁怒。勰每被诮詈，言至厉切；威责近侍，动将诛斩。勰承颜悉心，多所匡济。及帝升遐，齐将陈显达奔遁始尔，虑凶问泄漏，致有逼迫。勰内虽悲恸，外示吉容，出入俯仰，神貌无异。及至鲁阳，东宫官属多疑勰有异志，窃怀防惧；而勰推诚尽礼，卒无纤介之过。勰上谥议："协时肇享曰孝，五宗安之曰孝，道德博闻曰文，经纬天地曰文，上尊号为孝文皇帝，庙号高祖，陵曰长陵。"帝从之。
既葬，帝固以勰为宰辅。勰频口陈遗旨，请遂素怀。帝对勰悲恸，每不许之。频表恳切，帝难违遗敕，遂其雅情。犹逼以外任，乃以勰为都督、定州刺史。勰仍陈让，帝不许，乃述职。帝与勰书，极家人敬，请勰入京。景明初，齐豫州刺史裴叔业以寿春内属，诏勰都督南征诸军事，与尚书令王肃迎接寿春。复授司徒。又诏以本官领扬州刺史，进位大司马，领司徒。齐将陈伯之屯于肥口，胡松又据梁城。勰部分将士，频战破之。淮南平，征勰还朝。初，勰之定寿春，获齐汝阴太守王果、豫州中从事庾稷等数人。勰倾衿礼之，常参坐席。果承间求还江外，勰衿而许之。果又谢曰："果等今还，仰负慈泽，请听仁驾振旅，反迹江外。"至此乃还。其为远人所怀如此。
勰至京师，频表辞大司马、领司徒及所增邑，乞还中山，有诏不许。乃除录尚书，侍中、司徒如故，固辞不免。时咸阳王禧以骄矜，颇有不法，北海王详阴言于帝；又言勰大得人情，不宜久在宰辅，劝帝遵遗敕。禧等又出领军于烈为恒州，烈深以为忿。烈子忠常在左右，密令忠言于帝，宜早自览政。时将礿祭，王公并斋于庙东坊。帝遣于烈将壮士六十人召禧、勰、详等引见。帝谓勰曰："顷来南北务殷，不容仰遂冲操。恪是何人，而敢久违先敕？今遂叔父高蹈之意。"诏乃为勰造宅，务从简素，以遂其心。勰因是作《蝇赋》以喻怀。又以勰为太师，勰遂固辞。诏侍中敦喻，帝又为书于勰，崇家人之敬，勰不得已而应命。帝前后频幸勰第。及京兆、广平王暴虐不法，制宿卫队主率羽林、武贲幽守诸王于其第，勰上表切谏，帝不纳。时议定律令，勰与高阳王雍、八坐、朝士有才学者，五日一集，参论轨制应否之宜。凡所裁决，时彦归仰。又加侍中。勰敦尚文史，撰自古帝王贤达至于魏世子孙，族从为三十卷，名曰《要略》。