主角周顺昌原是一个级别不低的中央官吏，因反对魏忠贤被革职返里，本很引人注目，而他偏偏还要以强烈的行动表明态度。他一听说反对魏忠贤的另一位官员文元起也被罢官遣返，很快就去拜访，走在路上，苏州的人民都已知道他去干什么了。例如他在郊外的路上遇到两个轿夫，轿夫认出了他———
轿夫：原来是周老爷。嗄!周老爷是去望文老爷了。
周顺昌：你这两个人，怎么晓得我去拜文爷?
轿夫：昨日文老爷北京回来，到竹坞去了，今日周老爷自然去的。
周顺昌：倒亏你们猜得着。
这段小小的对话表明，这些汇集在苏州的反对魏忠贤的政治势力，一举一动都被社会所关心，他们的脾性和遭遇，已被周围的百姓所熟知。事实上，他们处于这么一场关乎朝廷去向的政治斗争中，确也不断地以自己的情感和意志推动着事态的发展。周顺昌在拜访文元起之后，又到江边去守候另一位反魏忠贤的官吏魏大中被押的船只，他们两个人，竟当着押解校尉的面，畅议朝政，诉说冤情，周顺昌更是直截了当地把魏忠贤骂作“阉狗”。听说魏大中被逮捕之后心中只是挂念着小孙子，周顺昌立即决定把自己的女儿嫁给那个小孙子。这也就是表明，他愿意与生命岌岌可危的志士结成一家骨肉，他愿意用自己的身家性命来守护危难中的正义。他的这个决定，把在旁监听的校尉惹笑了：
校尉甲：好笑得紧，他是个钦犯，怎么与他联姻结党?
校尉乙：厂爷（即魏忠贤）知道，不是当耍的。
周顺昌：唗！狗头，谁要你多管！你回去，就说与那阉狗知道，我周顺昌不是怕死的人。……
校尉甲：我们也是好话，周爷几个只管寻死。……
周顺昌果真是“寻死”，但他毫不畏惧，还大骂魏忠贤的“生祠”，想以自己的骂声和死亡来换得皇帝的明察。周顺昌很快如他自己所预料的被逮捕了，于是引起了以火暴性子颜佩韦为代表的营救周顺昌的群众运动。于是，事情从官场扩大到市民，从忠谏发展成示威，从屋内怒骂发展为街市喧哗。广大市民百姓先是哭、求，然后是骂、打，第十一折《闹诏》所写，实在是展现了中国戏剧文化史上罕见的群众政治场面。这次大闹的指挥者，就是颜佩韦和杨念如等社会地位较低的市民。他们不久就英勇就义了，周顺昌也被处死狱中。他们失败了，但他们的浩然正气在客观上表明，在与为害广泛的奸佞官僚进行斗争的时候，官僚集团中希冀维持正常封建统治秩序的士大夫和广大人民能够结成互相支持的精神联盟；在这种联盟中，士大夫们会因与人民利益突然有了勾连而更加理直气壮，而一时还不能完全理解自己斗争性质的人民则会在这些士大夫中间寻找政治寄托，两相融合，可以汇成一股在封建主义容许的标尺下达到最高极限的精神洪流。《清忠谱》之所以能够通体雄壮，也是以此为凭借的。
由于苏州市民反对魏忠贤的斗争并没有构成自己独立的思想领导，更由于李玉受封建正统观念的束缚，《清忠谱》过于固执地坚守着“整肃朝纲”、“奠安社稷”的轨道，造成了全剧在内在思想脉络上的贫弱，并由此带来了一系列艺术上的缺陷。例如周顺昌的形象就未免过多地滞留于外部呈示，而对他内在的心理活动却缺少切实可信的梳理。虽然李玉也为他安排了一些家属关系，让他在采取行动的前后别妻嘱儿，但这仍然是一些表露，至于他们所采取的行动在个人思想上的具体根据，则始终显得空泛。真实的周顺昌虽然基本上也是一个忠臣的形象，但却是一个活生生的人，一定有自己个人方面的苦恼和思虑，他之所以采取如此决绝的行动，一定包含着使普通的观众（对政治斗争未必关心的观众、异代的观众）也能理解的具体动机。但是，在魏忠贤倒台之后，周顺昌被封为一个凛然巍然的英雄，根据封建统治集团的需要，他变成了一心忠于朝廷、没有其它思想的人物。这么一个周顺昌，与真实的周顺昌甚有距离，而《清忠谱》则显然深受影响，把周顺昌写得过于单一化、概念化和浮面化。相比之下，颜佩韦比较真实，因为较鲜明地写出了他采取这些行动在个人性格方面的原因：
俺生来心性痴呆，一味介肝肠慷慨。不贪着过斗钱财，也不恋如花女色，单只是见弱兴怀。猛可也逢凶作怪，遇着这毒豺狼，狠驽骀。凭着他掣电轰雷，俺只索翻江搅海。
