万岁登封元年腊月甲申，上登封于嵩岳，大赦天下，改元，大酺九日。丁亥，禅于少室山。己丑，又制内外官三品已上通前赐爵二等，四品已下加两阶。洛州百姓给复二年，登封、告成县三年。癸巳，至自嵩岳。甲午，亲谒太庙。春三月，重造明堂成。夏四月，亲享明堂，大赦天下，改元为万岁通天，大酺七日。以天下大旱，命文武官九品以上极言时政得失。五月，营州城傍契丹首领松漠都督李尽忠与其妻兄归诚州刺史孙万荣杀都督赵文翙，举兵反，攻陷营州。尽忠自号可汗。乙丑，命鹰扬将军曹仁师、右金吾大将军张玄遇、右武威大将军李多祚、司农少卿麻仁节等二十八将讨之。秋七月，命春官尚书、梁王三思为安抚大使，纳言姚璹为之副。制改李尽忠为尽灭，孙万荣为万斩。秋八月，张玄遇、曹仁师、麻仁节与李尽灭战于西硖石黄獐谷，官军败绩，玄遇、仁节并为贼所虏。九月，命右武卫大将军、建安王攸宜为大总管以讨契丹。并州长史王方庆为鸾台侍郎，与殿中监李道广并同凤阁鸾台平章事。吐蕃寇凉州，都督许钦明为贼所执。庚申，王方庆为凤阁侍郎，仍依旧知政事。李尽灭死，其党孙万斩代领其众。
冬十月，孙万斩攻陷冀州，刺史陆宝积死之。十一月，又陷瀛州属县。
二年正月，亲享明堂。凤阁侍郎李元素、夏官侍郎孙元亨坐与綦连耀谋反，伏诛。原州都督府司马娄师德为凤阁侍郎、同凤阁鸾台平章事。春二月，王孝杰、苏宏晖等率兵十八万与孙万斩战于硖石谷，王师败绩，孝杰没于阵，宏晖弃甲而遁。夏四月，铸九鼎成，置于明堂之庭，前益州大都督府长史王及善为内史。五月，命右金吾大将军、河内王懿宗为大总管，右肃政御史大夫娄师德为副大总管，右武威卫大将军沙吒忠义为前军总管，率兵二十万以讨孙万斩。
六月，内史李昭德、司仆少卿来俊臣以罪伏诛。孙万斩为其家奴所杀，余党大溃。魏王承嗣、梁王三思并同凤阁鸾台三品。秋八月，纳言姚璹为益州大都督府长史。九月，以契丹李尽灭等平，大赦天下，改元为神功，大酺七日。娄师德为纳言。冬十月，前幽州都督狄仁杰为鸾台侍郎，司刑卿杜景俭为凤阁侍郎，并同凤阁鸾台平章事。圣历元年正月，亲享明堂，大赦天下，改元，大酺九日。春三月，召庐陵王哲于房州。夏五月，禁天下屠杀。突厥默啜上言，有女请和亲。秋七月，令淮阳王武延秀往突厥，纳默啜女为妃。遣右豹韬卫大将军阎知微摄春官尚书，赴虏庭。
八月，突厥默啜以延秀非唐室诸王，乃囚于别所，率众与阎知微入寇妫、檀等州。命司属卿高平王重规、右武威卫大将军沙吒忠义、幽州都督张仁亶、右羽林卫大将军李多祚等率兵二十万逆击，乃放延秀还。己丑，默啜攻陷定州，刺史孙彦高死之，焚烧百姓庐舍，遇害者数千人。魏王承嗣卒。庚子，梁王三思为内史，狄仁杰为纳言。九月，建昌王攸宁同凤阁鸾台平章事。默啜攻陷赵州，刺史高睿遇害。丙子，庐陵王哲为皇太子，令依旧名显，大赦天下，大酺五日。令纳言狄仁杰为河北道行军元帅。辛巳，皇太子谒太庙。天官侍郎苏味道凤阁侍郎、同凤阁鸾台平章事。癸未，默啜尽杀所掠赵、定州男女万余人，从五回道而去，所至残害，不可胜纪。
冬十月，夏官侍郎姚元崇、麟台少监李峤并同凤阁鸾台平章事。是月，阎知微自突厥叛归，族诛之。
二年春二月，封皇嗣旦为相王。初为宠臣张易之及其弟昌宗置控鹤府官员，寻改为奉宸府，班在御史大夫下。左肃政御史中丞魏元忠为凤阁侍郎，吉顼为天官侍郎，并同凤阁鸾台平章事。戊子，幸嵩山，过王子晋庙。丙申，幸缑山。丁酉，至自嵩山。
夏四月，吐蕃大论赞婆来奔。秋七月，上以春秋高，虑皇太子、相王与梁王武三思、定王武攸宁等不协，令立誓文于明堂。八月，王及善为文昌左相，豆卢钦望为文昌右相，仍并同凤阁鸾台三品。冬十月乙亥，幸福昌县。王及善薨。
三年正月戊寅，梁王三思为特进，天官侍郎吉顼配流岭表。腊月辛巳，封皇太子男重润为邵王。狄仁杰为内史。戊寅，幸汝州之温汤。甲戌，至自温汤、造三阳宫于嵩山。春三月，李峤为鸾台侍郎，知政事如故。
夏四月戊申，幸三阳宫。五月癸丑，上以所疾康复，大赦天下，改元为久视，停金轮等尊号，大酺五日。六月，魏元忠为左肃政御史大夫，仍旧知政事。是夏大旱。秋七月，至自三阳宫。天官侍郎张锡为凤阁侍郎、同凤阁鸾台平章事；其甥凤阁鸾台平章事李峤为成均祭酒，罢知政事。壬寅，制曰："隋尚书令杨素，昔在本朝，早荷殊遇。禀凶邪之德，有谄佞之才，惑乱君上，离间骨肉。摇动冢嫡，宁唯握蛊之祸；诱扇后主，卒成请蹯之衅。隋室丧亡，盖惟多僻，究其萌兆，职此之由。生为不忠之人，死为不义之鬼，身虽幸免，子竟族诛。斯则奸逆之谋，是为庭训；险薄之行，遂成门风。刑戮虽加，枝胤仍在，何得肩随近侍，齿列朝行？朕接统百王，恭临四海，上嘉贤佐，下恶贼臣。常欲从容于万机之余，褒贬于千载之外，况年代未远，耳目所存者乎！其杨素及兄弟子孙已下，并不得令任京官及侍卫。"九月，内史狄仁杰卒。冬十月甲寅，复旧正朔，改一月为正月，仍以为岁首，正月依旧为十一月，大赦天下。韦巨源为地官尚书，文昌左丞韦安石为鸾台侍郎、同凤阁鸾台平章事。丁卯，幸新安，曲赦其县。壬申，至自新安。十二月，开屠禁，诸祠祭令依旧用牲牢。