十一月辛丑，凤翔、邠宁之众攻兴元府，陷之。山南西道节度使杨守亮与前左军中尉杨复恭、判官李巨川突围而遁，将奔太原。李茂贞表其子继密权知兴元府事。十二月辛未朔，华州节度使韩建奏于乾元县遇兴元溃散兵士，击败之。其杨守亮、杨复恭并已处斩讫，皆传首京师。
二年春正月辛丑朔，制以权知剑南东川兵马留后顾彦晖检校尚书右仆射，兼梓州刺史、御史大夫，充剑南东川节度观察等使。时王建连年攻彦晖，李茂贞欲与建争东川，故表请彦晖正授旄钺，示修好也。
二月庚午朔，太原李克用以兵攻镇州，师出井陉，王镕惧，再求救于幽州。甲申，李匡威复来赴援，太原之军还邢州。
三月庚子，制以捧日都头陈珮为广州刺史、岭南东道节度使，扈跸都头曹诚为黔州刺史、黔中节度使，耀德都头李鋋为润州刺史、镇海军节度使，宣威都头孙惟晟为江陵尹、荆南节度使，并加特进、同平章事。各令赴镇，并落军权。时朝议以茂贞傲侮王命，武臣难制，欲用杜让能及亲王典禁兵，故罢五将之权，兼以平章事悦其心。太尉杜让能册拜，加食邑至六千户。是月，幽州节度使李匡威弟匡筹据幽州，自称留后，以符追行营兵，兵皆还幽州。匡威既无归路，遣判官李贞抱入奏，请朝觐。王镕感匡威援助之惠，乃筑第于恒州，迎匡威处之。四月己巳，汴将王重师、牛存节陷徐州，节度使时溥举家自燔而死。朱全忠遣将庞师古守徐州。
六月丁酉朔。乙卯，幽州节度使李匡威谋害王镕而夺其帅，恒州三军攻匡威，杀之。戊午，制太尉、门下侍郎、平章事、晋国公杜让能加食邑至九千户。门下侍郎、吏部尚书、平间事崔昭纬进阶光禄大夫，中书侍郎、平章事郑延昌兼刑部尚书，并加食邑至千户。以祠部郎中、知制诰陆扆为中书舍人，仍前翰林学士。幽州节度使李匡筹遣使檄王镕，讯杀匡威之罪。二藩结怨，朱全忠遣判官韦震使幽州和解之。七月，李克用兴兵攻镇州，败王镕军于平山。镕惧，乞盟，请以兵粮助攻邢州，许之，克用遂旋军襄国。癸未，制以凤翔陇州节度使、检校太尉、中书令、凤翔尹、上柱国、岐王、食邑四千五百户李茂贞为兴元尹、山南西道节度等使。以中书侍郎、同平章事徐彦若检校尚书左仆射、同平章事，兼凤翔尹，充凤翔陇州节度使。时茂贞恃兵求兼领山南节度，昭宗久之不行，茂贞表章不逊，深诋时政，上不能容，将加兵问罪，故以彦若代之。
八月丙申朔，以嗣覃王为京西招讨使，神策大将军李鐬副之。
九月丙寅朔，以武胜军防御使钱镠为镇海军节度、浙江西道观察处置等使，仍移镇海军额于杭州。乙亥，覃王率扈驾五十四军进攻岐阳，屯于兴平。李茂贞以兵逆战，屯于盭厔。壬午，岐军进迫兴平，王师自溃。茂贞乘胜逼京师，进屯三桥。甲申，昭宗御安福门，斩观军容使西门君遂、内枢密使李周潼，遣中使赐茂贞诏，令收兵归镇。茂贞陈兵临皋驿，数宰臣杜让能之罪，请诛之。制贬太尉、平章事、晋国公杜让能为雷州司户。十月乙未，赐杜让能自尽，其弟户部侍郎弘徽坐让能赐死。
十一月，制以凤翔节度使李茂贞守中书令，进封秦王，兼兴元尹、山南西道节度使。邠州节度使王行瑜赐号"尚父"，赐铁券。以门下侍郎、吏部尚书、平章事、监修国史崔昭纬兼尚书左仆射，充诸道盐铁转运等使；以特进、行右仆射韦昭度为司空、门下侍郎、同平章事、弘文馆大学士、太清宫使、延资库使。中书侍郎、刑部尚书、平章事、判度支郑延昌罢知政事，守尚书左仆射，以病求罢故也。以新除凤翔节度使徐彦若复知政事。户部侍郎、判户部事王搏本官同平章事。
乾宁元年春正月乙丑朔，上御武德殿受朝，宣制大赦，改元乾宁。凤翔李茂贞来朝，大陈兵卫，献妓女三十人，宴之内殿，数日还藩。时茂贞有山南梁、洋、兴、凤、岐、陇、秦、泾、原等十五余郡，甲兵雄盛，凌弱王室，颇有问鼎之志。
二月，汴人大败兖、郓之军于东阿，瑄、瑾势蹙，求援于太原，李克用出师援之。
三月甲子朔，太原军攻邢州，陷之，执其逆将李存孝，槛送太原，裂之。克用以大将马师素权知邢洺团练事。
五月，蔡贼孙儒部将刘建锋攻陷潭州，自称湖南节度使。以翰林学士、中书舍人陆扆为户部侍郎、知制诰，充职。
六月壬辰，李克用攻陷云州，执大同防御使赫连铎，以其牙将薛志勤守云中。十月庚寅，以中书侍郎、平章事王搏为湖南节度使。以翰林学士承旨、礼部尚书、知制诰李磎为户部侍郎、同平章事。宣制之日，水部郎中、知制诰刘崇鲁出班而泣，言磎奸邪，党附内官，不可居辅弼之地，由是制命不行。戊申，制御史中丞崔胤为兵部侍郎、同平章事。是月，李克用以太原之众进攻幽州。十二月，幽州节度使李匡筹溃围而遁。克用陷幽州，以李匡威故将刘仁恭为幽州兵为留后。是月，李匡筹南奔赴关，至景城，为沧州节度使卢彦威所杀。