五月壬午朔，河道总督杨方兴进瑞麦。上曰：“岁丰民乐，即是祯祥，不在瑞麦。当惠养元元，益加抚辑。”癸未，以旱谕刑部虑囚。命内三院大学士冯铨、洪承畴、李建泰、范文程、刚林、祁充格等纂修明史。丙戌，多铎师至扬子江，故明镇海伯郑鸿逵等以舟师分守瓜洲、仪真，我军在江北，拜尹图、图赖、阿山率舟师自运河潜济，梅勒章京李率泰乘夜登岸，黎明，我军以次毕渡，敌众咸溃。丁亥，以王志正为延绥巡抚。免高密元年额赋。赐诸王以下及百官冰，著为令。己丑，宣府妖民刘伯泗谋乱伏诛。庚寅，以王文奎为淮扬总督，赵福星为凤阳巡抚。丙申，多铎师至南京，故明福王朱由崧及大学士马士英遁走太平，忻城伯赵之龙、大学士王铎、礼部尚书钱谦益等三十一人以城迎降。兴平伯高杰子元照、广昌伯刘良佐等二十三人率马步兵二十三万馀人先后来降。丁酉，以郝晋为保定巡抚。免平度、寿光等六州县元年额赋。戊戌，命满洲子弟就学，十日一赴监考课，春秋五日一演射。故明中书张朝聘输木千章助建宫殿，自请议叙。谕以用官惟贤，无因输纳授官之理，令所司给直。庚子，免章丘、济阳京班匠价，并令直省除匠籍为民。甲辰，定叔父摄政王仪注，凡文移皆曰皇叔父摄政王。乙巳，免皇后租，并崇文门米麦税。庚戌，宣平定江南捷音。乾清宫成，复建太和殿、中和殿、位育宫。
六月癸丑，免兴济县元年额赋。甲寅，免近畿圈地今年额赋三之二。乙卯，以丁文盛为山东巡抚。丙辰，谕南中文武军民薙发，不从者治以军法。是月，始谕直省限旬日薙发如律令。辛酉，豫亲王多铎遣军追故明福王朱由崧於芜湖。明靖国公黄得功逆战，图赖大败之，得功中流矢死。总兵官田雄、马得功执福王及其妃来献，诸将皆降。免永宁等四县元年荒赋。丙寅，申薙发之令。免深、衡水等七州县元年荒赋。丁卯，陕西妖贼胡守龙倡乱，孟乔芳讨平之。戊辰，皇太妃薨。辛未，何洛会率师驻防西安。命江南於十月行乡试。己卯，诏曰：“本朝立国东陲，历有年所，幅员既广，无意并兼。昔之疆场用兵，本冀言归和好。不幸寇凶极祸，明祚永终，用是整旅入关，代明雪愤。犹以贼渠未殄，不遑启居，爰命二王，誓师西讨。而南中乘衅立君，妄窃尊号，亟行乱政，重虐人民。朕夙夜祗惧，思拯穷黎，西贼既摧，乃事南伐。兵无血刃，循汴抵淮。甫克维扬，遂平江左。金陵士女，昭我天休。既俘福藩，南服略定，特弘大赉，嘉与维新。其河南、江北、江南官民絓误，咸赦除之。所有横徵逋赋，悉与蠲免。大军所过，免今年额赋之半，馀免三之一。”
闰六月甲申，阿济格败李自成於邓州，穷追至九江，凡十三战，皆大败之。自成窜九宫山，自缢死，贼党悉平。故明宁南侯左良玉子梦庚、总督袁继咸等率马步兵十三万、船四万自东流来降。丙戌，定群臣公以下及生员耆老顶戴品式。己丑，河决王家园。庚寅，诏阿济格等班师。辛卯，改江南民解漕、白二粮官兑官解。壬辰，谕曰：“明季台谏诸臣，窃名贪利，树党相攻，眩惑主心，驯致丧乱。今天下初定，百事更始，诸臣宜公忠体国，各尽职业，毋蹈前辙，自贻颠越。”定满洲文武官品级。癸巳，命大学士洪承畴招抚江南各省。甲午，定诸王、贝勒、贝子、宗室公顶戴式。乙未，除割脚筋刑。癸卯，命吴惟华招抚广东，孙之獬招抚江西，黄熙允招抚福建，江禹绪招抚湖广，丁之龙招抚云、贵。多铎遣贝勒博洛及拜尹图、阿山率师趣杭州，故明潞王出降，淮王自绍兴来降。嘉兴、湖州、严州、宁波诸郡悉平。分遣总兵官吴胜兆克庐州、和州。乙巳，改南京为江南省，应天府为江宁府。命陕西於十月行乡试。
秋七月庚戌朔，享太庙。壬子，命贝勒勒克德浑为平南大将军，同固山额真叶臣等往江南代多铎。设明太祖陵守陵太监四人，祀田二千亩。癸丑，故明东平侯刘泽清率所部降。乙卯，以刘应宾为安庐巡抚，土国宝为江宁巡抚。丙辰，命谢弘仪招抚广西。戊午，禁中外军民衣冠不遵国制。己未，以何鸣銮为湖广巡抚，高斗光为偏沅巡抚，潘士良抚治郧阳。甲子，上太祖武皇帝、孝慈武皇后、太宗文皇帝玉册玉宝於太庙。乙丑，免西安、延安本年额赋之半，馀免三之一。戊辰，西平贼首刘洪起伏诛，汝宁州县悉平。河决兖西新筑月堤。己巳，诏自今内外章奏由通政司封进。丁丑，以陈锦提督操江，兼管巡抚。故明总漕田仰陷通州、如皋、海门，凤阳巡抚赵福星、梅勒章京谭布等讨平之。己卯，以杨声远为登莱巡抚。