八月癸巳朔，金声桓、王得仁寇赣州，官军击走之。己亥，陈泰、李率泰等败郑彩於长乐，又败之於连江，复兴化。己巳，命和硕英亲王阿济格、多罗承泽郡王硕塞等讨天津土贼。丁未，禁民间养马及收藏军器。己酉，以王一品为凤阳巡抚。壬子，令满、汉官民得相嫁娶。乙卯，以夏玉为天津巡抚，张学圣为福建巡抚。
九月壬戌朔，官军获故明巡抚吴江等於南康湖口，斩之。甲子，和硕英亲王阿济格讨曹县土贼，平之。己巳，封贝勒勒克德浑为多罗顺承郡王，博洛为多罗端重郡王。壬申，和硕郑亲王济尔哈朗为定远大将军，讨湖广贼李锦。丁丑，封贝勒尼堪为多罗敬谨郡王。
冬十月壬寅，和硕礼亲王代善薨。甲辰，佟图赖复宝庆。丙辰，降将刘泽清结曹县贼叛，泽清及其党李洪基等俱伏诛。
十一月甲子，广东叛将李成栋据南雄，结峒蛮犯赣州，巡抚刘武元等击走之。丙寅，总兵官任珍击贺珍，破之。戊辰，祀天於圜丘，以太祖武皇帝配。追尊太祖以上四世：高祖泽王为肇祖原皇帝，曾祖庆王为兴祖直皇帝，祖昌王为景祖翼皇帝，考福王为显祖宣皇帝；妣皆为皇后。上诣太庙上册宝。辛未，以配天及上尊号礼成，御殿受贺，大赦。辛未，和硕英亲王阿济格、多罗端重郡王博洛、多罗承泽郡王硕塞等帅师驻大同，备喀尔喀。
十二月辛卯朔，命郡王瓦克达，贝子尚善、吞齐等诣阿济格军。调八旗游牧蒙古官军之半，戍阿尔齐土苏门哈达。癸巳，姜瓖以大同叛，总督耿焞走阳和。丙申，免平山、隆平、清丰灾赋。戊戌，阿济格围大同。辛丑，复遣梅勒章京阿喇善、侍郎噶达浑诣阿济格军。癸卯，免大同灾赋。壬子，杨捷等复都昌，获故明兵部尚书余应桂，斩之。丁巳，以佟养量为宣大总督。
是岁，苏尼特、紥鲁特等部来朝。朝鲜，喀尔喀部俄木布额尔德尼、戴青讷门汗喇嘛、塞尔济额尔德尼魏正、硕雷汗、迈达理胡土克图、紥萨克图汗下额尔德尼哈谈巴图鲁，厄鲁特部顾实汗、锡勒图绰尔济、诺门汗，索伦部阿济布，鄂尔多斯部单达，苏尼特部腾机忒，科尔沁贝勒张继伦，归化城固伦第瓦胡土克图、丹津喇嘛额尔德尼寨桑，土默特部古禄格，乌思藏阐化王王舒克，汤古特达赖喇嘛俱来贡。朝鲜、厄鲁特顾实汗、汤古特达赖喇嘛再至。
六年春正月壬戌，官军复罗源、永春、德化等县。癸亥，命多罗敬谨郡王尼堪等征太原。戊辰，谕曰：“朕欲天下臣民共登衽席，日夕图维，罔敢怠忽。往年流寇作乱，惨祸已极，入关讨贼，士庶归心。乃迩年不轨之徒，捏作洗民讹言。小民无知轻信，惶惑逃散，作乱者往往而有。朕闻不嗜杀人，能一天下。书云：‘众非元后何戴，后非众罔与守邦。’君残其民，理所蔑有。自元年来，今六年矣，宁有无故而屠戮民者。民苟思之，疑且冰释。至於自甘为贼，乐就死地，必有所迫以致此。岂督、抚、镇、按不得其人，有司朘削，民难自存欤？将蠲免赋税，有名无实欤？内外各官其确议兴利除弊之策，朕次第酌行之。”辛未，姜瓖党姚举等杀冀宁道王昌龄，陷忻州，固山额真阿赖破走之。乙亥，谕曰：“设关征税，原以讥察奸宄，非与商贾较辎铢也。其各以原额起税，毋得横征以充私橐，违者罪之。”谕山西大同军民，无为姜瓖胁诱，来归者悉予矜免。戊寅，行保举连坐之法。庚辰，谕言官论事不实者，廷臣集议，毋辄下刑部。辛巳，以金廷献为偏沅巡抚。壬午，谭泰、何洛会复南昌，金声桓投水死，王得仁伏诛，九江、南康、瑞州、临江、袁州悉平。癸未，山西贼党刘迁寇代州，阿济洛遣军破走之。
二月癸卯，摄政王多尔衮征大同。免直隶省六年以前荒赋、四川商民盐课。辛亥，故明宗室朱森釜等犯阶州，吴三桂击斩之。
三月癸亥，多尔衮拔浑源州。丙寅，汉羌总兵官张天福平贼渠覃一涵，获故明山阴王等斩之。丁卯，土贼王永强陷延安、榆林等十九州县，延绥巡抚王正志等死之。己巳，应州、山阴降，多尔衮旋师，留阿济格於大同。辛未，进封多罗承泽郡王硕塞、多罗端重郡王博洛、多罗敬谨郡王尼堪为亲王。王永强陷同官。壬申，广信府知府杨国桢等复玉山县。宁夏官军克临河等堡。乙亥，甘、凉逆回米喇印、丁国栋复作乱，甘肃巡抚张文衡等死之。丁丑，辅政和硕德豫亲王多铎薨，摄政王多尔衮师次居庸，还京临丧。甲申，减隐匿逃人律。谭泰、何洛会破贼於南康，进克信丰，叛将李成栋走死，复抚州、建昌。江西平。丙戌，博洛遣鳌拜等大破姜瓖於大同北山。吴三桂击败王永强，复宜君、同官。