三月壬辰，官军击桂东贼，擒其渠赖龙。戊戌，免湖广襄阳、黄州、常德、岳州、永州、荆州、德安及辰、常、襄三卫，山东济南、东昌十年灾赋。辛丑，宁完我劾陈名夏罪，鞫实，伏诛。乙巳，以王永吉为左都御史。戊申，皇第三子玄烨生，是为圣祖。以蒋赫德为国史院大学士。乙卯，以多罗慧哲郡王额尔衮、多罗宣献郡王界堪、多罗通达郡王雅尔哈齐配享太庙。以孟明辅为兵部尚书。
夏四月壬戌，贼渠曹志攀犯饶州，官军击败之，志攀降。庚午，四川贼魏勇犯顺庆，官军击败之。壬申，地震。官军击故明将张名振等於崇明，败之。癸酉，免洛南上年灾赋三之一。己卯，幸南苑，赉所过农民金。乙酉，免保康等四县上年被寇灾赋。丁亥，以王永吉为秘书院大学士，秦世桢为浙江巡抚。戊子，江南寇徐可进、朱元等降。
五月壬辰，上还宫。甲午，幸西苑，赐大臣宴。庚子，以胡图为议政大臣。甲辰，免平凉卫上年灾赋。丙午，起党崇雅为国史院大学士，以龚鼎孳为左都御史。丁未，遣官录直省囚。庚戌，免兴安、汉阴、平利等州县上年灾赋。辛亥，太白昼见。丙辰，以杨麒祥为平南将军，驻防杭州。
六月己未朔，河决大王庙。丙寅，陕西地震。丁卯，以朱玛喇为靖南将军，征广东馀寇。甲戌，立科尔沁镇国公绰尔济女博尔济锦氏为皇后。庚辰，大赦。
秋七月戊子朔，封琉球世子尚质为中山王。壬辰，免秦州、朝邑、安定灾赋。戊申，免镇原、广宁二县灾赋。丙辰，以佟代为浙闽总督。
八月戊午朔，免延安府荒赋。己未，官军剿瑞金馀寇，诛伪都督许胜可等。庚申，罢直省恤刑官，命巡抚虑囚。辛酉，免真宁县十年灾赋。壬戌，山东濮州、阳穀等县地震有声。甲戌，以张中元为江宁巡抚。丙子，以张秉贞为兵部尚书。庚辰，以傅以渐为秘书院大学士，任濬为刑部尚书。壬午，故明乐安王朱议淜谋反，伏诛。
九月己丑，范文程以病罢。免西安、平凉、凤翔三府十年灾赋。庚寅，封线国安为三等伯。壬辰，申严隐匿逃人之禁。癸巳，免宣府、万全右卫灾赋。丙申，以董天机为直隶巡抚。壬子，以冯圣兆为延绥巡抚。
冬十月丁巳朔，享太庙。辛未，免庐、凤、淮、扬四府，徐、滁、和三州灾赋。丁丑，命重囚犯罪三法司进拟，仍令议政王、贝勒、大臣详议。壬午，赈畿辅被水州县。免祁阳等七县逋赋。李定国陷高明，围新会，耿继茂请益师。
十一月丁亥，以陈泰为吏部尚书，阿尔津为正蓝旗满洲固山额真。尚可喜遣子入侍。壬寅，诏曰：“朕缵承鸿绪，十有一年，治效未臻，疆圉多故，水旱叠见，地震屡闻，皆朕不德之所致也。朕以眇躬讬於王公臣庶之上，政教不修，疮痍未复，而内外章奏，辄以‘圣’称，是重朕之不德也。朕方内自省抑，大小臣工亦宜恪守职事，共弭灾患。凡章奏文移，不得称‘圣’。大赦天下，咸与更始。”癸卯，幸南苑。甲辰，耿继茂遣子入侍。
十二月辛酉，和硕承泽亲王硕塞薨。戊辰，免荆门、锺祥等六州县灾赋。己巳，免磁、祥符等三十六州县灾赋。壬申，以济度为定远大将军，征郑成功。尚可喜、耿继茂、朱玛喇败李定国於新会，定国遁走。乙亥，郑成功陷漳州，围泉州。丁丑，命明安达礼征罗刹。免西安五卫荒赋。江西贼霍武等率众降。
是年，朝鲜，琉球，厄鲁特部阿巴赖诺颜、诺门汗、额尔德尼达云绰尔济，索伦部索朗噶达尔汉，汤古忒部达赖喇嘛、谛巴班禅胡土克图均来贡。
十二年春正月戊子，官军败贼於玉版巢，又击藤县贼，破之。庚寅，免东平、济阳等十八州县上年灾赋。乙未，免直隶八府，河南彰德、卫辉、怀庆上年灾赋。戊戌，诏曰：“亲政以来，五年於兹。焦心劳思，以求治理，日望诸臣以嘉谟入告，匡救不逮。乃疆圉未靖，水旱频仍，吏治堕汙，民生憔悴，保邦制治，其要莫闻。诸王大臣皆亲见祖宗创业艰难，岂无长策，而未有直陈得失者，岂朕听之不聪，虚怀纳谏有未尽欤？天下之大，几务之繁，责在一人，而失所辅导。朕虽不德，独不念祖宗培养之泽乎！其抒忠荩，以慰朕怀。”辛丑，以韩岱为吏部尚书，伊尔德、阿喇善为都统。癸卯，以于时跃为广西巡抚。甲辰，命在京七品以上，在外文官知府、武官副将以上，各举职事及兵民疾苦，极言无隐。辛亥，修顺治大训。