是年，喀尔喀部额尔德尼诺穆齐台吉、门章墨尔根楚虎尔台吉、伊世希布额尔德尼台吉、额尔克戴青台吉来朝。朝鲜，喀尔喀部毕席勒尔图汗、俄木布额尔德尼、泽卜尊丹巴胡土克图、丹津喇嘛、车臣汗、土谢图汗、土谢图汗下喇嘛塔尔达尔汉诺颜，厄鲁特部杜喇尔浑津台吉、都喇尔浑津阿里录克三拖因、阿巴赖诺颜、鄂齐尔图台吉、噶尔丹霸，索伦部马鲁凯，讷墨礼河头目伊库达，黑龙江头目库拜，班禅胡土克图，俄罗斯察幹汗遣使均来贡。朝鲜三至。厄鲁特阿巴赖、鄂齐尔图台吉再至。
十三年春正月庚辰朔，幸南苑。癸未，谕修通鉴全书、孝经衍义。丙申，免汉中、凤翔、西安上年灾赋。己亥，郑成功将犯台州，副将马信以城叛，降於贼。庚子，免广德上年灾赋十之一。甲辰，免富阳等六县上年灾赋。乙巳，免江西八年逋赋。
二月戊午，免荆州、安陆、常德、武昌、黄州上年灾赋。庚申，免广平上年灾赋。丙寅，免岢岚、五台上年灾赋。戊辰，命两广总督移驻梧州。官军败李定国於南宁。庚午，定部院满官三年考满、六年京察例。以李率泰为浙闽总督，王国光为两广总督。甲戌，以赵布泰为镶黄旗固山额真。丙子，幸南苑，较射。免东平、濮、长山上年灾赋。己卯，大学士冯铨致仕。
三月庚辰，幸瀛台。癸未，免景陵等九县上年灾赋。癸巳，以费雅思哈为议政大臣，马之先为川陕三边总督。乙未，陈之遴有罪，以原官发盛京閒住。癸卯，谕曰：“朝廷立贤无方，比来罢谴虽多南人，皆以事论斥，非有所左右也。诸臣毋歧方隅，毋立门户，毋挟忿肆诬，毋摭嫌苛讦，庶还荡平之治。”丙午，谕曰：“朕亲政以来，夙夜兢业，每期光昭祖德，蚤底治平，克当天心，以康民物。方睿王摄政，斥忠任奸，百姓怨嗟，望朕亲政。乃者冬雷春雪，陨石雨土，所在见告。六载之中，康乂未奏，灾祲时闻。是朕有负於百姓也。用是恐惧靡宁，冀昭告於上帝祖宗，实图省戒，有司其涓日以闻。”
夏四月辛亥，广西故明永安王朱华堧及土司等来降。乙卯，以灾变祭告郊庙。辛酉，官军破贼姚黄於夷陵。壬戌，太原阳曲地震。丁卯，以觉罗科尔坤为吏部尚书。庚午，免麟游荒赋。壬申，以梁清标为兵部尚书。丁丑，尚可喜复揭阳、普宁、澄海三县。
五月辛卯，免大宁荒赋。癸巳，幸南苑。己亥，以罗讬为镶蓝旗满洲固山额真。觉罗郎球免。命明安达礼为理藩院尚书。以张悬锡为宣大总督。免荆门、京山等十一州县，襄阳卫上年灾赋。
闰五月戊申，幸瀛台。丙辰，广西都康等府土官来降。己未，乾清宫、坤宁宫、交泰殿及景仁、永寿、承乾、翊坤、锺粹、储秀宫成。以郎廷佐为江南江西总督，刘汉祚为福建巡抚。丙寅，以张朝璘为江西巡抚。
六月己丑，谕曰：“满洲家人皆征战所得，故立严法以儆逋逃。比年株连无已，朕心恻焉。念此仆隶，亦皆人子。苟以恩结，宁不知感。若任情因辱，虽严何益。嗣后宜体朕意。”壬辰，莒州地震有声。庚子，免桃源上年荒赋。辛丑，容美土司田吉麟降。癸卯，命固山额真郎赛驻防福建。撤直省督催税粮满官。宁化贼帅黄素禾来降。
秋七月丁未朔，享太庙。戊申，官军败明桂王将龙韬於广西，斩之。己酉，和硕襄亲王博穆博果尔薨。庚戌，郑成功将黄梧等以海澄来降。壬子，上初御乾清宫。癸丑，大赦。戊午，以佟延年为甘肃巡抚。
八月戊寅，免广信、饶州、吉安上年灾赋。己丑，免莆田、仙游、兴平卫十一、十二两年灾赋。辛卯，赈畿辅。壬辰，封黄梧为海澄公。停满官榷关。癸巳，郑成功军陷闽安镇，进围福州，官军击却之。丁酉，免顺天比年灾赋。己亥，免靖远、洮岷等卫灾赋。辛丑，命三年大阅，著为令。乙巳，免大同上年灾赋。
九月丙午，官军败郑成功将於夏关，又败之於衡水洋，遂复舟山。癸亥，郑成功将官顾忠来降。壬申，追封和硕肃亲王豪格为和硕武肃亲王。
冬十月丁丑，以蒋国柱为安徽巡抚，提督操江。戊寅，设登闻鼓。己卯，免宣府灾赋，延绥镇神木县十之三。庚辰，四川贼帅邓希明、张元凯率众降。甲午，以胡全才为湖广总督。乙未，幸南苑。丙申，以张尚抚治郧阳。辛丑，官军复辰州。壬寅，免和顺县灾赋十之三。永顺土司彭弘澍率所属三州六司三百八十峒来降。癸卯，命陈之遴还京。