八月己卯朔，向荣以称病规避夺职，遣戍新疆，寻留军自效。以福兴为广西提督。癸未，初举经筵。甲申，诏湖广督抚：“湖南之洞庭湖、湖北之大江，均有捕鱼小船及经商大船数千百只，亟宜收集，免为贼用。其各船水手习於风涛，堪充水勇，其即留心招集。”己丑，罗绕典、骆秉章奏，贼匪陷安仁、攸县，进图省城。敕赛尚阿速解省围。庚寅，命廷臣会筹军储。调常大淳为山西巡抚，以罗绕典为湖北巡抚，张芾署江西巡抚。甲辰，命暂免四川、江西商贩运往湖北米税。调福建、浙江兵一千名赴江西防堵。
九月己酉，诏赛尚阿视师无功，贻误封疆，褫职逮问，籍其家。辛亥，以载铨为步军统领，以讷尔经额为大学士，禧恩协办大学士。甲寅，获西宁番贼阿里克公住，斩之。命骆秉章暂留湖南会办。戊午，上谒东陵。恤湖南阵亡总兵福诚等世职。己未，常大淳奏贼将北窜，防御兵单。命徐广缙拨兵赴岳州助防。丁卯，上还京。
冬十月辛巳，上临赠大学士杜受田第赐奠，加其父杜堮礼部尚书衔。甲申，黄宗汉奏请浙江新漕改由海运，从之。壬辰，季芝昌免，以吴文镕为闽浙总督。
十一月丁未朔，日有食之。丁巳，贼陷岳州。戊午，起琦善署河南巡抚。辛酉，诏徐广缙分兵防守武昌、汉阳、荆州，陆建瀛、蒋文庆各就地势扼要严防。癸亥，以贼近湖北，敕琦善严防河南边境，诏张芾严防沿江要隘。甲子，以文庆为户部尚书。癸酉，贼陷汉阳，命陆建瀛驰赴上游防堵。乙亥，复向荣提督衔。诏在籍侍郎曾国藩督办团练。调福珠洪阿为江南提督。
十二月丁丑，敕各省绅士在籍办理团练。命四品京堂胜保从军河南。癸巳，贼陷武昌，巡抚常大淳死之。上切责督军大臣不筹全局，拥兵自卫，逮徐广缙治罪。以向荣为钦差大臣，督办军务，张亮基署湖广总督。以叶名琛为两广总督，柏贵为广东巡抚。癸卯，向荣奏贼连陷武、汉，搭有浮桥，必须多备炮船，将桥焚毁，方可进剿。得旨：“刑部郎中卢应翔所带炮船，曾在长沙击贼，即迅赴军前。”甲辰，吉林、黑龙江徵兵到京。得旨：“每起间二日起行，带兵官严守纪律，不得多索车辆，骚扰驿站。”祫祭太庙。
是岁，免直隶四十二州县、山西一府灾赋，浙江四十八州县缓徵银米各有差。朝鲜、暹罗入贡。
三年癸丑春正月丁未，调青州副都统常青兵移防豫、楚。戊申，张亮基奏，贼目萧朝贵实在长沙城外轰毙，起获尸身，验明枭剉。己酉，蒋文庆奏城薄兵单，移调东西梁山兵勇来城防御。癸丑，向荣奏，武昌踞贼抬炮上船，意欲逃窜。陆应穀奏，侦得贼匪开年有东窜安庆、江宁之信。敕向荣多方侦备，迎击兜剿。甲寅，敕步军统领、前锋统领整备军实，盘诘奸宄。甲子，贼陷九江，陆建瀛退守江宁。赛尚阿论斩，革其子崇绮等官职。丁卯，命工部左侍郎吕贤基回安徽办防，加周天爵侍郎衔，会办防务。壬申，陆建瀛褫职逮问，以祥厚为钦差大臣。癸酉，以山西、陕西、四川三省绅民捐输军饟，加乡试中额、生员学额。甲戌，贼陷安庆，蒋文庆死之，命周天爵署安徽巡抚。予江西阵亡总兵恩长世职。
二月丙子朔，诏：“京师八旗营兵十五万之多，该管大臣勤加训练。”赠恤湖北殉难学政冯培元加侍郎，谥文介，布政使梁星源谥敏肃，按察使瑞元谥端节，及知府以下官各予世职、建专祠，提督双福、总兵官王锦绣附常大淳祠。丁丑，释奠先师孔子。遣少卿雷以諴、侍讲学士晋康往南河，少詹事王履谦赴东河，会办防务。癸未，上临雍讲学，加衍圣公孔繁灏太子太保。丁亥，敕文臣三品以上养廉以四成、武臣二品以上以二成充军饟。户部请办商捐、户输，上不许。壬辰，贼陷江宁，将军祥厚、提督福珠洪阿等死之。以怡良为两江总督，命慧成驰赴江南防剿。调托明阿为江宁将军，文斌为绥远城将军，瑞昌为杭州将军，邓绍良为江南提督。丙申，命琦善会防淮扬。敕湖北行盐暂用川盐二千引。敕李僡查拿山东兖、沂、曹三府捻匪。命内阁学士胜保帮办江北防务。
三月乙巳，贼陷镇江、扬州。丙午，孝和睿皇后升祔太庙。辛亥，上耕耤田。壬子，命湖北按察使江忠源帮办江南军务。丙辰，敕侍郎奕经统密云兵赴山东会防。丁巳，敕各省团练格杀土匪勿论。以骆秉章复为湖南巡抚。敕江宁布政使陈启迈在徐州设立粮台。庚申，向荣击贼於江宁，败之。以施得高为福建水师提督。壬戌，以庐州为安徽省会。周天爵剿贼妥速，琦善进攻连获胜仗，均嘉赉之。敕直隶、奉天备防海口。丙寅，向荣奏迭胜城贼，进据锺山。上优奖之。命奕经、托明阿赴清江防剿。命瑞昌统盛京兵赴淮、徐会防，恩华统吉林兵驻防直隶。辛未，敕广东招募红单船，遴将带赴江南剿贼。以福济为漕运总督。