三月戊申，申禁河南豫徵钱粮。辛亥，命崇厚回三口通商大臣任。壬子，命刘长佑节制直隶诸军。谕沈葆桢办交涉当持平，毋令绅民生衅。癸丑，谕曾国藩统筹江北军务。乙卯，陕南粤匪陷紫阳，旋复之。云南迤西逆匪犯昆明，潘铎死之。以贾洪诏为云南巡抚。丙辰，李鸿章军克福山口。命英将戈登约束常胜军。丁巳，捻匪陷麻城，戊午，偪武昌省垣。饬楚、豫合军攻剿。己未，蠲浙江西安钱粮二年。庚申，丹国遣使拉斯那弗议立商约。洋将达耳第福阵亡，优恤。回匪围平凉。以甘肃剿贼迁延，褫署提督定安职，逮问。甲子，耆龄迁福州将军。以左宗棠为闽浙总督，节制两省军务。以曾国荃为浙江巡抚，仍统兵规金陵，宗棠兼署之。停福建本年例贡。乙丑，命王大臣覆覈胜保情罪。宁国粤匪窜东流、建德。予秦儒毛亨、明儒吕枬从祀文庙。丙寅，蒙城捻首贾文彬伏诛。陕南粤匪陷沔县。贵州总兵罗孝连军复定番、长寨、独山、荔波。丁卯，曾国藩以失守江浦等城镌级，褫李世忠帮办。实授吴棠漕运总督，仍节制江北军务。谕拊循江北难民。己巳，万寿节，停受贺。庚午，苗沛霖复叛。官文等截剿蕲州窜贼。癸酉，褫徐之铭职，逮问。予潘铎世职。以雨泽稀少，诏清理庶狱。甲戌，命福济、景纹查办西藏启衅事。乙亥，李鸿章军复太仓。隆德回匪乱。黄国瑞军平沂州棍匪。丙子，诏察恤陕、甘殉难被害良善回众，寻诏云南亦如之。是月，上连诣大高殿祈雨。
夏四月戊寅，御史吴台寿以疏奏袒胜保，褫职。苗沛霖陷怀远。山东匪刘得培踞淄川。己卯，官军剿畿南匪，张锡珠等窜高唐，寻伏诛。庚辰，粤、捻各匪窜扰庐江、桐、舒及黄州。谕曾国藩驻守安庆，勿撤金陵之围。壬午，多隆阿军克孝义匪巢。饬刘蓉统军援陕。免浙江被陷各地额粮。甲申，苗沛霖围寿州、六安，趣僧格林沁讨之。粤匪踞太平、石埭，左宗棠、沈葆桢会防。多隆阿军克仓头匪巢，陕东肃清。苗沛霖陷颍上，犯蒙城。命刘长佑督办直、鲁、豫交界剿匪事务。乙酉，刘典军复黟县。命侍郎薛焕在总理各国事务衙门办事。戊子，允英桂回驻太原。庚寅，刘长佑言匪首杨明岭等投诚。甘肃回匪陷盐茶，犯静宁，马德昭赴庆阳进剿。壬辰，赣军败贼祁门，逆酋胡鼎文伏诛。癸巳，李续宜请开署缺，允之。以唐训方为安徽巡抚。李鸿章遣程学启等军薄昆山。泾州军击回匪，胜之。甲午，礼部议定先贤、先儒祀典位次，颁行各省。乙未，开垦直隶新城一带稻田。阎敬铭赴淄川督剿。捻匪回窜河南，总兵余际昌等死之，命张曜接统其军。丁酉，以皖匪纷窜江、鄂，安庆可虞，诏曾国藩搘拄艰难，倍加谨慎。左宗棠军复黟县。以劳崇光为云贵总督。逮治田兴恕以谢法人。庚子，粤、捻各匪犯凤台、定远，官军击退之。辛丑，赐翁曾源等二百人进士及第出身有差。停四川亩捐。癸卯，程学启等军复昆山、新阳。官军败贼酋李秀成於石涧埠。乙巳，回匪复犯西安，击退之。是月，连祈雨。免太仓等州县额赋。
五月戊申，苗沛霖围蒙城。己酉，鲍超军复巢县。庚戌，赏郎中李云麟京卿，节制汉南防兵及川省援兵。壬子，粤、捻合犯天长，官军击败之。甲寅，命江忠义统军援江西。丁巳，邹县教匪平，获匪首刘双印。粤匪陷古州。戊午，俄兵入科布多境，执台吉。壬戌，雨。癸亥，粤匪扰富阳，官军击退之，总兵熊建益等阵没。官军援平凉失利，趣多隆阿分军速援。乙丑，宁夏抚回再叛。鲍超军复克巢、和、含山。召晏端书来京，以毛鸿宾为两广总督，惲世临为湖南巡抚。予明臣方孝孺从祀文庙。戊辰，谕购置轮船归曾国藩、李鸿章节制。己巳，曾国藩为弟国荃辞浙江巡抚，上褒勉，不允所辞。西宁回句结撒匪攻丹噶尔厅。惠远回匪乱，官军捕诛之。定丹国通商条约。壬申，彭玉麟等军复江浦、浦口及九洑洲。乙亥，广西军复浔州。
六月丙子朔，黔军复普安、安南。丁丑，命明谊赴塔城会明绪等办分界事。戊寅，诏曾国藩、左宗棠等议减江苏常、镇，浙江杭、嘉、湖属漕粮。庚辰，以复城池功，赏李朝斌等及宋国永等黄马褂。停陕西例贡。丁亥，川军剿贼於大渡河，获石达开，诛之。晋骆秉章太子太保衔，擢总兵唐友耕提督。辛卯，平罗回众复叛。瓦亭回匪围隆德，击退之。河决开州、考城、菏泽。甲午，苗沛霖陷寿州，知州毛维翼死之。乙未，陕军复宁羌。己亥，以俄人强占住牧，趣常清等定界，劝俄兵撤回，抚绥求内附之哈萨克、布鲁特。壬寅，官军复淄川，获刘得培等诛之。甲辰，宝庆土匪平。命四川布政使刘蓉督办汉南军务。是月，免福建顺昌等县属被扰额赋，江西义宁等州县属逋赋杂课。