三年辛亥春正月庚子朔，以山海关外防疫，天寒道阻，谕陈夔龙、锡良安置各省工作人。丙午，冯煦奏察勘徐、淮灾状。己酉，免江苏长洲等四十厅州县田地银粮。庚戌，赈江苏高邮、宝应、清河、安东、山阳、阜宁等县水灾。甲寅，度支部上全国豫算章程。丙辰，释服。御史胡思敬劾宪政编查馆，言新官不可滥设，旧官不可尽裁；起草应用正人，颁行当采众议。下其章於政务处。庚申，调志锐为伊犁将军，广福为杭州将军。乙丑，除非刑。凡遣、流以下罪，毋用刑讯。法部奏上已革绥远城将军贻穀罪论死。诏改戍新疆效力赎罪。乙巳，命周树模会勘中俄边界。是月，直隶、山东民疫。
二月庚午朔，予故大学士、前湖南巡抚王文韶於湖南省城建祠。冯煦请濬睢河。民政部上编订户籍法。壬申，谕所司防疫，毋藉端骚扰，并命民政部、步军统领衙门、顺天府以保卫民生之意谕人民。乙亥，四川德格、春科、高日三土司改设流官，置边北道，登科府，德化、白玉二州，石渠、同普二县。定应遣新疆军台人犯改发巴、藏。丙子，免云南昆明等三州县被灾田地条粮银米。丁丑，免浙江仁和等三十州县，杭、严二卫，衢、严二所荒地钱粮漕米。戊寅，改陆军部、海军部大臣、副大臣为正都统、副都统，仍以荫昌、寿勋、载洵、谭学衡为之。英人占片马。癸未，命李家驹撰拟讲义轮班进呈。丙戌，裁驻藏帮办大臣，设左右参赞。丁亥，颁浙江惠兴女学堂“贞心毅力”扁额。己丑，外务部上勋章赠赏章程。命度支部右侍郎陈邦瑞、学部右侍郎李家驹、民政部左参议汪荣宝协纂宪法。以诚勋为广州将军，溥颋为热河都统。以贝子溥伦为农工商部尚书，世续为资政院总裁，李家驹副之，刘若曾为修订法律大臣。壬辰，禁洋商运盐入口。改设英属槟榔屿正领事官。
三月庚子，以刘锐恒为云南提督。裁稽察守卫处，置管理前锋、护军等营事务处，三旗护军仍隶内务府。陆军部奏，东三省测量局员焦滇贿卖秘密地图，诛之。辛丑，裁奉天承德、锦二县。壬寅，裁四川川北、重庆二镇总兵官。癸卯，颁尽忠节、守礼节、尚武勇、崇信义、敦朴素、重廉耻六条训谕军人。丁未，赏陆军各镇、协统制、统领等官何宗莲、李奎元等陆军副都统衔、协都统有差。戊申，吉林濬图们江航路通於海。己酉，命出使义国大臣吴宗濂充专使，贺义大利立国庆典。庚戌，革命党人以药弹击杀署广州将军孚琦。壬子，以萨镇冰为海军副都统。赵尔丰奏平三岩野番，改孔撒、麻书两土司，设流官。甲寅，授张鸣岐两广总督。乙卯，度支部尚书载泽与英美德法四国银行缔结借款契约。丙辰，赏伊犁将军志锐尚书衔，伊犁地方文武各官受节制。免浙江仁和等三十七州县并卫所田塘宣统二年银粮。戊午，以江、皖、豫灾，命冯煦会三省督抚筹春赈。己未，和兰开禁烟会於海牙，命出使德国大臣梁诚往与会。赈科布多札哈沁蒙古游牧灾。庚申，锡良以疾免，调赵尔巽为东三省总督，授钦差大臣，兼管三省将军事。加直隶热河道提法使衔。辛酉，命赵尔丰署四川总督，王人文为川滇边务大臣。予哀毁殉亲前浙江巡抚聂缉椝孝行宣付使馆。癸亥，汉儒赵岐、元儒刘因俱从祀文庙。华商创立大同学校於日本横滨，颁“育才广学”扁额。丁卯，革命党人黄兴率其党於广州焚总督衙署，击走之。
夏四月辛未，杨文鼎请缓裁湖南绿营及防军。甲戌，赏游学毕业生锺世铭、汪爔芝等法政科进士、举人，工科举人有差。丙子，赵尔巽奏请用人行政便宜行事，从之。丁丑，裁山东抚、镇标营官。戊寅，诏改立责任内阁。颁内阁官制。授庆亲王奕劻为内阁总理大臣，大学士那桐、徐世昌俱为协理大臣。以梁敦彦为外务大臣，善耆为民政大臣，载泽为度支大臣，唐景崇为学务大臣，荫昌为陆军大臣，载洵为海军大臣，绍昌为司法大臣，溥伦为农工商大臣，盛宣怀为邮传大臣，寿耆为理藩大臣。复命内阁总、协理大臣俱为国务大臣，内阁总理大臣、协理大臣均充宪政编查馆大臣，庆亲王奕劻仍管理外务部。置弼德院，以陆润庠为院长，荣庆副之。罢旧内阁、办理军机处及会议政务处。大学士、协办大学士仍序次於翰林院。裁内阁学士以下官。置军谘府，以贝勒载涛、毓朗俱为军谘大臣，命订府官制。赵尔巽会陈夔龙、张人骏、瑞澂、李经羲与宪政编查馆大臣商订外省官制。己卯，庆亲王奕劻、大学士那桐、徐世昌俱辞内阁总理、协理，不许，趣即任事。重申鸦片烟禁，谕民政、度支二部，各省督抚剋期禁绝。诏定铁路国有。先是，给事中石长信疏论各省商民集股造路公司弊害，宜敕部臣将全国幹路定为国有，自馀枝路准各省绅商集股自修，上韪之，下邮传部议。至是，奏言：“中国幅员广袤，边疆辽远，必有纵横四境诸大幹路，方足以利行政而握中枢。从前规画未善，致路政错乱纷歧，不分枝幹，不量民力，一纸呈请，辄准商办。乃数载以来，粤则收股及半，造路无多。川则倒帐甚钜，参追无着。湘、鄂则开局多年，徒供坐耗。循是不已，恐旷日弥久，民累愈深，上下交受其害。应请定幹路均归国有，枝路任民自为。晓谕人民，宣统三年以前各省分设公司集股商办之幹路，应即由国家收回。亟图修筑，悉废以前批准之案。”故有是诏。辛未，吉林火灾，发帑银四万两赈之。癸未，赠恤署广州将军副都统孚琦。丁亥，资政院请预算借款两事归院会议，不许。戊子，起端方以侍郎候补，充督办粤汉、川汉铁路大臣。谕裁缺候补人员毋得奏事。谕本年秋季调集禁卫军及近畿各镇陆军於直隶永平府大操。己丑，恭亲王溥伟以疾免禁烟大臣，以顺承郡王讷勒赫代之。庚寅，邮传大臣盛宣怀与英德法美四国银行缔结借款契约成。辛卯，庞鸿书罢，以沈瑜庆为贵州巡抚。壬辰，命督抚晓谕人民，铁路现归官办，起降旨之日，川、湘两省租股，并停罢之。宣统三年四月以前所收者，应由邮传部、督办铁路大臣会督抚查奏。地方官敢有隐匿不报者诘治。杨文鼎奏湘省自闻铁路幹路收归国有谕旨，群情汹惧，譁噪异常，遍发传单，恐滋煽动。谕严行禁止，傥有匪徒从中煽惑，意在作乱者，照惩治乱党例，格杀勿论。朱家宝奏江、淮交会为匪党出没之区，比岁荐饥，盗风尤炽。请援鄂、蜀惩办会匪、土匪章程，犯者以军法从事。丙申，移税务司附属之邮政归邮传部管理。除云南昆明县官用田地额赋。丁酉，赈山东滕、峄二县灾。