五月庚子，用湖南京官大理寺少卿王世祺等言，停湖南因路抽收房捐及米盐捐。辛酉，杨文鼎奏湖南谘议局呈湘路力能自办，不甘借债，据情代奏，严饬之。恤墨西哥被害华侨银。壬寅，裁广西绿营都司、守备以下官及马步兵。癸卯，山东兖、沂、曹三府，济宁州灾，发帑银三万两赈之。四川谘议局以绅民自闻铁路国有之旨，函电纷驰，请缓接收，并请停刊謄黄，呈王人文代奏。人文以闻，诏切责之，仍命迅速刊刻謄黄，遍行晓谕，并剀切开导。乙巳，免珲春贫苦旗丁承领荒地价银。戊申，廷试游学毕业生进士江古怀等，叙官有差。乙卯，孙宝琦奏宗支不宜豫政，饬之。壬子，起复那桐，仍授文渊阁大学士。丙辰，广东因收回路事，倡议不用官发纸币，持票取银。谕张鸣岐防范。丁巳，资政院上修改速记学堂章程。戊午，度支、邮传二部会奏川、粤、汉幹路收回办法。请收回粤、川、湘、鄂四省公司股票，由部特出国家铁路股票换给。粤路发六成。湘、鄂路照本发还。川路宜昌实用工料之款四百馀万，给国家保利股票，其现存七百馀万两，或仍入股，或兴实业，悉听其便。诏端方迅往三省会各督抚照行之。丁宝铨以疾免，以陈宝琛为山西巡抚。庚申，命于式枚总理礼学馆。甲子，内阁上内阁属官官制、法制院官制，诏颁布之。置内阁承宣厅，制诰、叙官、统计、印铸四局。设阁丞、厅长、局长各官。并置内阁法制院院使。罢宪政编查馆、吏部、中书科、稽察钦奉上谕事件处、批本处，俱归其事於内阁。以繙书房改隶翰林院。陆军部奏，简各省督练公所军事参议官。乙丑，翰林院进检讨章梫所纂康熙政要。
六月丁卯，命资政院会内阁改订院章。赈湖南武陵、龙阳、益阳三县水灾。保定陆军军械局火药库、陆军第二镇演武厅火药库俱火。庚辰，安徽水，无为州五里碑、九连等处圩坏。辛巳，以荣庆为弼德院院长，邹嘉来副之。陆润庠免禁烟大臣，陈宝琛免山西巡抚，以侍郎候补。伊克坦免都察院副都御史，以副都统记名。裁兼管顺天府府尹。壬午，以陆锺琦为山西巡抚。癸未，赵尔丰奏收巴塘得荣地方，户民请纳粮税，浪庄寺喇嘛千馀人许还俗。又奏巴塘临卡石户民投诚，拨隶三壩厅管理。乙酉，伊克昭盟紥萨克固山贝子三济密都布旗灾，发帑银一万两赈之。丙戌，丹噶尔厅及西宁县匪党纠众为乱，官军击散之，首犯李旺、李统春、李官博俭等伏诛。辛卯，置典礼院，设掌院大学士、副掌院学士、学士、直学士各官。以李殿林为典礼院掌院学士，郭曾炘为副。壬辰，四川绅民罗纶等二千四百馀人，以收路国有，盛宣怀、端方会度支部奏定办法，对待川民纯用威力，未为持平，不敢从命，呈请裁察。王人文以闻，诏以一再渎奏，切责之。增设和属爪哇岛总领事，泗水、苏门答腊正领事。甲午，湖南常德府大雨河溢，浸属县，坏田庐，发帑银六万两赈之。丙申，以禁烟与英使续订条件，重申厉禁，谕中外切实奉行。
闰六月己亥，命宝熙充禁烟大臣。庚子，恩寿以疾免，以余诚格为陕西巡抚。癸卯，安徽大雨，江潮暴发，滨江沿河各州县涝灾，发帑银五万两赈之。庚戌，调余诚格为湖南巡抚，杨文鼎为陕西巡抚。壬子，诏本年调集禁卫军及近畿各镇军於永平府大操，命军谘大臣贝勒载涛恭代亲临监军。癸丑，命贝子溥伦、镇国公载泽会宗人府纂拟皇室大典。乙卯，革命党人以药弹道击广东水师提督李准，伤而免。前吉林将军铭安卒。丙辰，命载振、陆润庠、增祺、陈宝琛、丁振铎、姚锡光、沈云沛、诚勋、清锐、朱祖谋俱充弼德院顾问大臣，国务大臣奕劻、那桐、徐世昌、梁敦彦、善耆、载泽、唐景崇、荫昌、载洵、绍昌、溥伦、盛宣怀、寿耆及宗人府宗令世铎、总管内务府大臣奎俊、继禄俱兼任弼德院顾问大臣。丁巳，调善耆为理藩大臣，以桂春署民政大臣。调凤山为广州将军，以寿耆为荆州将军。川路股东会会长颜楷等呈劾邮传部，赵尔丰以闻，不报。辛酉，裁各省府治首县，改置地方审判厅。乙丑，内阁请修订法规。
七月壬申，赵尔丰奏铁路收归国有，川民仍多误会，相率要求。谕邮传部、督办铁路大臣清理路股，明示办法，以释群疑。甲戌，命瑞澂、张鸣岐、赵尔丰、余诚格各於辖境会办铁路事宜。命端方赴四川按查路事。丁丑，以四川人心浮动，宜防鼓惑，谕提督田振邦严束营伍弹压之，趣端方速赴四川，许带兵队。赵尔丰、玉昆率提督、司、道奏，川民争路激烈，请交资政院议决仍归商办，不许，仍责赵尔丰弹压解散。己卯，江苏各属大雨，圩堤溃决，田禾淹没，发帑银四万两赈之。永定河决。端方入川，水陆新旧诸军听调遣。调陆徵祥为出使俄国大臣，刘镜人为出使和国大臣。辛巳，忠瑞免，以桂芳为科布多办事大臣。溥睘免，以萨荫图为科布多参赞大臣。壬午，四川乱作，赵尔丰执谘议局议长蒲殿俊、副议长罗纶、保路同志会长邓孝可、股东会长颜楷、张澜及胡嵘、江三乘、叶秉诚、王铭新九人。寻同志会聚众围总督署，击之始散。赈浙江杭、嘉、湖、绍四府灾。癸未，帝入学，大学士陆润庠、侍郎陈宝琛授读，副都统伊克坦教习国语清文。赈湖北水灾。甲申，广东澄海县堤决，发帑银四万两赈之。四川旅京人民以争路开会，具呈资政院乞代奏。命捕代表刘声元解归籍。谕学部约束学生勿预外事，并敕所司禁聚众开会。丁亥，山东济南及东西路各州县水灾，黄河上游民埝复决，发帑银五万两赈之。赈福建水灾。戊子，命前两广总督岑春煊往四川，会赵尔丰办理剿抚事宜。己丑，监国摄政王阅禁卫军。癸巳，以四川民乱，谕赵尔丰督饬诸军迅速击散，仍分别良莠剿抚，被胁者宥之。甲午，波密野番投诚。