神宗即位初，诏曰："狱者，民命之所系也。比闻有司岁考天下之奏，而多瘐死。深惟狱吏并缘为奸，检视不明，使吾元元横罹其害。《书》不云乎：'与其杀不辜，宁失不经。'其具为令：应诸州军巡司院所禁罪人，一岁在狱病死及二人，五县以上州岁死三人，开封府司、军巡岁死七人，推吏、狱卒皆杖六十，增一人则加一等，罪止杖一百。典狱官如推狱，经两犯即坐从违制。提点刑狱岁终会死者之数上之，中书检察。死者过多，官吏虽已行罚，当更黜责。"
未几，复诏："失入死罪，已决三人，正官除名编管，贰者除名，次贰者免官勒停，吏配隶千里。二人以下，视此有差。不以赦降、去官原免。未决，则比类递降一等；赦降、去官，又减一等。令审刑院、刑部断议官，岁终具尝失入徒罪五人以上，京朝官展磨勘年，幕职、州县官展考，或不与任满指射差遣，或罢，仍即断绝支赐。"以前法未备，故有是诏。又尝诏："官司失入人罪，而罪人应原免，官司犹论如法，即失出人罪。若应徒而杖，罪人应原免者，官司乃得用因罪人以致罪之律。"
帝以国初废大理狱非是，元丰元年诏曰："大理有狱尚矣。今中都官有所劾治，皆寓系开封诸狱，囚既猥多，难于隔讯，盛夏疾疫，传致瘐死，或主者异见，岁时不决，朕甚愍焉。其复大理狱，置卯一人，少卿二人，丞四人，专主鞫讯；检法官二人，主簿一人。应三司、诸寺监吏犯杖、笞不俟追究者，听即决，余悉送大理狱。其应奏者，并令刑部、审刑院详断。应天下奏按亦上之。"五年，分命少卿左断刑、右治狱。断刑则评事、检法详断，丞议，正审；治狱则丞专推劾，主簿掌按劾，少卿分领其事，而卿总焉。六年，刑部言："旧详断官分公按讫，主判官论议改正，发详议官覆议。有差失问难，则书于检尾，送断官改正，主判官审定，然后判成。自详断官归大理为评事、司直，议官为丞，所断按草，不由长贰，类多差忒。"乃定制："服评事、司直与正为断司，丞与长贰为议司。凡断公按，正先详其当否，论定则签印注日，移议司覆议，有辨难，乃具议改正，长贰更加审定，然后判成录奏。
元祐初，三省言："旧置纠察司，盖欲察其违慢，所以谨重狱事，罢归刑部，无复纠察之制。请以纠察职事委御史台刑察兼之，台狱则尚书省右司纠察之。"
三年，罢大理寺狱。初，大理置狱，本以囚系淹滞，俾狱事有所统，而大理卿崔台符等不能奉承德意，虽士大夫若命妇，狱辞小有连逮，辄捕系。凡逻者所探报，即下之狱。傅会锻炼，无不诬服。至是，台符等皆得罪，狱乃罢。
八年，中书省言："昨诏同外，岁终具诸狱囚死之数。而诸路所上，遂以禁系二十而死一者不具，即是岁系二百人，许以十人狱死，恐州县弛意狱事，甚非钦恤之意。诏刑部自今不许辄分禁系之数。绍圣二年，户部如三司故事，置推勘检法官，应在京诸司事干钱谷当追究者，从杖已下即定断。
三年，复置大理寺右治狱，官属视元丰员，仍增置司直一员。大理卿路昌衡请："分大理寺丞为左、右推，若有翻异，自左移右。再变，即命官审问，或御史台推究。不许开封府互勘及地分探报，庶革互送挟仇之弊。徒已上罪移御史台。命官追摄者，悉依条。若探报涉虚、用情托者，并收坐以闻。"
初，法寺断狱，大辟失入有罚，失出不坐。至是，以失出死罪五人比失入一人，失出徒、流罪三名，亦如之。著为令。元符三年，刑部言："祖宗重失入之罪，所以恤刑。夫失出，臣下之小过；好生，圣人之大德。请罢失出之责，使有事谳议之间，务尽忠恕。"诏可。政和三年，臣僚言："远方官吏，文法既疏，刑罚失中，不能无冤。愿委耳目之官，季一分录所部囚禁，遇有冤抑，先释而后以闻。岁终较所释多寡，为之殿最。其徼功故出有罪者，论如法。"诏令刑部立法：诸入人徒、流之罪已结案，而录问官吏能驳正，或因事而能推正者，累及七人，比大辟一名推赏。
绍兴六年，令诸鞫勘有情款异同而病死者，提刑司研究之，如冤，申朝廷取旨。十二年，令诸推究翻异狱，毋差初官、荫子及新进士，择曾经历任人。二十七年，令监察御史每冬夏点狱，有鞫勘失实者，照刑部郎官，直行移送。二十九年，令杀人无证、尸不经验之狱，具案奏裁，委提刑审问。如有可疑及翻异，从本司差官重勘，案成上本路，移他监司审定，具案闻奏。否则监司再遣官勘之，又不伏，复奏取旨。先是，有司建议："外路狱三经翻异，在千里内者移大理寺。"三十一年，刑部以为非祖宗法，遂厘正之。乾道中，诸州翻异之囚，既经本州，次檄邻路，或再翻异，乃移隔路，至有越两路者。官吏旁午于道，逮系者困于追对。四年，乃令："鞫勘本路累尝差官犹称冤者，惟檄邻路，如尚翻异，则奏裁。"淳熙三年，令县尉权县事，毋自鞫狱，即令丞、簿参之。全阙，则于州官或邻县选官权摄之。