初，崇德元年，设蒙古衙门，置承政、参政各官。三年，更名理藩院，定承政，左、右参政，各一人，副理事官八人，启心郎一人。顺治元年，改承政为尚书，参政为侍郎，满、蒙参用。副理事官为员外郎，置二十有一人，康熙二十年增满、蒙八人。乾隆四十二年省蒙古一人，四十九年改满洲二人为蒙缺。后满、蒙司官增减不一。启心郎三人，满洲一人，汉军二人。十五年省。堂主事二人，康熙二十八年增汉文一人。司务二人，满、蒙各一人。康熙三十八年省。雍正十年复故。汉副使一人。从八品。五年，增置汉院判、正六品。知事正八品。自副使以下，俱康熙三十八年省。各一人。四年，置唐古忒学教习一人。给六品俸。后改司业。其助教以他官兼。乾隆五年定为额缺，寻省。十六年，定以礼部尚书衔掌院事，侍郎衔协理院事。越二年，以隶礼部未合旧制，停兼衔，依六部例，令入议政，班居工部后。并设录勋、宾客、柔远、理刑四司，置满、蒙郎***十有一人，乾隆四十二年增蒙古一人。四十九年改满洲二人为蒙缺。员外郎二十有一人，康熙二十年增满、蒙八人。乾隆四十二年省蒙古一人。四十九年改满洲六人为蒙缺。主事满、汉各四人。康熙二十八年省汉缺。乾隆四十九年改满洲二人为蒙缺。康熙二十年，增蒙古文主事二人。三十八年，析柔远司为二，曰前司，曰后司。四十六年，设银库，初制，蒙古王、台吉等入朝，由户、工二部及光禄寺庀器用，具廪饩。至是始创设。置郎中、员外郎各一人，司员内奏派。司库一人，库使四人。雍正元年，始命王、公、大学士领院事，省库使二人。乾隆二十二年，改录勋司为典属，宾客司为王会，柔远后司为旗籍，前司仍曰柔远。二十六年，合旗籍、柔远为一，增设徕远一司。明年，仍析旗籍、柔远为二。二十九年，改典属司为旗籍，旧旗籍为典属。嘉庆四年，改满洲郎中、员外郎各一人为宗室员缺。咸丰五年，定伊犁塔尔巴哈台通商章程，始司外交职务。见第十七款。十年，定中俄续约，以军机处及本院典外交文移。见第九款。后归外部。光绪三十二年，更院为部，拟设殖产、边卫二司。嗣先设编纂、调查二局，隶领办处，以汉档房、俸档房、督催所改并。汉档房主事缺未省。寻置员外郎、主事各一人。蒙古房改。俱蒙缺。宣统三年，改尚书为大臣，侍郎为副大臣，额外侍郎如故。
理藩一职，历古未有专官，唯《周官·大行人》差近之。秦、汉以降，略存规制。遐荒绝漠，统治王官，为有清创制。自译署设，职权渐替已。
都察院左都御史，初制，满员一品，汉员二品。顺治十六年并改二品。康熙六年仍升满员为一品，九年并定正二品。雍正八年升从一品。左副都御史，正三品。俱满、汉二人。其属：经历司经历，正六品。都事厅都事，正六品。俱满、汉一人。笔帖式四十有二人。十五道掌印监察御史，初制，满洲、汉军三品，顺治十六年改七品。康熙六年升四品，九年复为七品。雍正七年，改由编、检、郎员授者正五品。由主事、中、行、评、博授者正六品。乾隆十七年并定从五品。满、汉各一人。监察御史，京畿、江西、浙江、福建、湖广、河南、山西、陕西八道，满、汉各一人，江南道满、汉各三人，山东道满、汉各二人。
左都御史掌察覈官常，参维纲纪。率科道官矢言职，率京畿道纠失检奸，并豫参朝廷大议。凡重辟，会刑部、大理寺定谳。祭祀、朝会、经筵、临雍，执法纠不如仪者。左副都御史佐之。十五道掌弹举官邪，敷陈治道，各覈本省刑名。京畿道分理院事，及直隶、盛京刑名，稽察内阁、顺天府、大兴、宛平两县。河南道照刷部院诸司卷宗，稽察吏部、詹事府、步军统领、五城。江南道稽察户部、宝泉局、左右翼监督、京仓、总督漕运，磨勘三库奏销。浙江道稽察礼部及本院。山西道稽察兵部、翰林院、六科、中书科、总督仓场、坐粮厅、大通桥监督、通州二仓。山东道稽察刑部、太医院、总督河道，催比五城命盗案牍缉捕之事。陕西道稽察工部、宝源局，覆勘在京工程。湖广道稽察通政使司、国子监。江西道稽察光禄寺。福建道稽察太常寺。四川道稽察銮仪卫。广东道稽察大理寺。广西道稽察太仆寺。云南道稽察理藩院、钦天监。贵州道稽察鸿胪寺。其祭祀、监礼、侍班纠仪，科道同之。经历掌董察吏胥。都事掌缮写章奏。其分摄者：巡视五城御史，满、汉各一人，科道中简用。一年更替。掌绥靖地方，釐剔奸弊。兵马司指挥、正六品。副指挥、正七品。吏目，未入流。自正指挥以下俱汉员。五城各一人，掌巡缉盗贼，平治道路，稽检囚徒，火禁区为十坊领之。