同治二年，复省兰仪、仪睢、睢宁、商虞、曹考五厅。六月，漫上南各厅属，水由兰阳下注，直、东境内涸出村庄，复被淹没。菏泽、东明、濮、范、齐河、利津等州县，水皆逼城下。署河督谭廷襄上言：“河已北行，拦水惟恃民埝，从未议疏导，恐渐次淤垫，海口稍有扞格阻滞，事更为难。查濮、范一带旧有金堤，前臣任东抚时，设法修筑，未久复被冲缺，上游毗连直隶开州处亦有冲缺。开州不修，濮、范筑亦无益。东、长之埝，开、濮之堤，须设法集赀督民修筑，庶可以卫城池而保庐墓。此外既未专设河员，要在沿河地方官督率修理，并劝助裒集，以助民力之不逮。请饬下直督、东抚迅将兰阳下游漫溢地方，拣员会同该州县妥办。”从之。十二月又言：“今年夏秋阴雨，来源之盛，迥异寻常。一股直下开州，一股旁趋定陶、曹、单。豫省以有堤坝，幸获保全。直、东则无，不能不听其汎滥。迄今半载，直隶未闻如何经画。开州缺口，亦未兴工。至山东被害尤深。或欲培筑堤埝，或欲疏濬支河，议无一定。濮州金堤，亦因开未动工。不能兴办。瞬届春汛，何以御之？臣遣运河道宗稷辰履勘，直至利津之铁门关，测量水势，深至六七丈，去路不为不畅，而上游仍到处旁溢，则大清河身太狭不能容纳之故。如蒲台、齐东、济阳、长清、平阴、肥城民埝缺口，宽数丈或数十丈，不下三四十处，不加修筑，则来岁依然漫淹。是欲求下游永奠，必先开支渠以减涨水，而后功有可施。必将附近徒骇、马颊二河设法疏濬，庶水有分泄，再堵各缺口，并筑坝以护近水各城垣，此大清河下游之当先料理者也。至开、濮金堤及毗连菏泽之史家堤，当先堵筑，并加培旧堰，择要接修，此大清河上游之当先经画者也。”复下直督刘长佑、东抚阎敬铭会筹。明年三月，以濮州当河冲，允敬铭请，移治旧城，并筑堤捍御。
五年七月，决上南厅胡家屯。长佑言：“溜势趋重西北，新修金堤，概被冲刷。开州冲开支河数道，自开、滑之杜家寨至开、濮界之陈家庄，险工五段，长九千六百馀丈，均须加厚培高，方资捍御。惟上游在豫，下游在东，非直隶一省所能办理。应会同三省统筹全修，再行设汛，拨款备料，庶可一劳永逸。自河流改道，直隶堤工应并归河督管辖，作豫、直、东三省河督，以专责成。”疏入，命河督苏廷魁履勘，会同三省督抚筹议。
七年六月，决荥泽十堡，又漫武陟赵樊村，水势下注颍、寿入洪泽湖。侍郎胡家玉言：“不宜专塞荥泽新口、疏兰阳旧口，宜仿古人发卒治河成法，饬各将领督率分段挑濬旧河，一律深通，然后决上游之水，掣溜东行，庶河南之患不移於河北，治河即所以治漕。”下直督曾国藩、鄂督李瀚章、江督马新贻、漕督张之万，及河督，江苏、河南、山东、安徽各巡抚妥议。国藩等言：“以今日时势计之，河有不能骤行规复者三。兰阳漫决已十四年，自铜瓦厢至云梯关以下，两岸堤长千馀里，岁久停修，堤塌河淤，今欲照旧时挑深培高，恐非数千万金不能蒇事。且厅营久裁，兵夫星散，一一复设，仍应分储料物，厢办埽坝，并预筹防险之费，又岁须数百万金。当此军务初平，库藏空虚，安从筹此钜款？一也。荥泽地处上游，论形势自应先堵荥泽，兰工势难并举。使荥口掣动全黄，则兰工可以乾涸。今荥口分溜无多，大溜仍由兰口直注利津入海，其水面之宽，跌塘之深，施工之难，较之荥工自增数倍。荥工堵合无期，兰工更无把握。原奏决放旧河，掣溜东行，似言之太易。且瞬交春令，兴工已难。二也。汉决酸枣，再决瓠子，为发卒治河之始。元、明发丁夫供役，亦以十数万计。现在直、东、江、豫捻氛甫靖，而土匪游勇在在须防。所留勇营，断难尽赴河干，亦断不敷分挑之用。若再添募数十万丁夫，聚集沿黄数千里间，驾驭失宜，滋生事端，尤为可虑。三也。应俟国库充盈，再议大举。因时制宜，惟有赶堵荥工，为保全豫、皖、淮扬下游之计。”上然之。八年正月，荥泽塞。
十年八月，决郓城侯家林，东注南旺湖，又由汶上、嘉祥、济宁之赵王、牛朗等河，直趋东南，入南阳湖。时廷魁内召，命新河督乔松年会同东抚丁宝桢勘办。宝桢方以病在告，乃偕护抚文彬至工相度。文彬言：“河臣远在豫省，若往返咨商，恐误要工。一面飞咨河臣遴派掌坝，并管理正杂料厂员弁，及谙习工程之弁兵工匠，带同器具，於年内来东，一面由臣筹购应需料物，以期应手。”上责松年剋期兴工，松年言已饬原估委员并熟习工程人员赴东听遣，并饬购备竹缆，及觅雇綑镶船只备提用。惟已交立春，春水瞬生，办工殊无把握。并移书文彬主持其事。文彬不能决。宝桢力疾视事，上言；“河臣职司河道，疆臣身任地方，均责无旁贷。乃松年一概诿之地方，不知用意所在。现在已过立春，若再候其的信以定行止，恐误要工。且此口不堵，必漫淹曹、兖、济十馀州县。若再向南奔注，则清、淮、里下河更形吃重。松年既立意诿卸，臣若避越俎之嫌，展转迁延，实有万赶不及之势。惟有力疾销假，亲赴工次，择日开工，俟松年所遣员弁到工，即责成该工员等一手经理，剋期完工，保全大局。应请破格保奖，以昭激劝。倘敢阳奉阴违，有心贻误，一经验实，应请便宜行事，即将该员弁正法工次，以为罔上殃民者戒。”上嘉其勇於任事，并谕松年当和衷共济，不遽加责也。