二年五月，谕：“马嘉理案，叠经王大臣与英使威妥玛辩论未洽，命李鸿章商办早结。”六月，命鸿章为全权大臣，赴烟台，与威妥玛会商，相持者逾月，议始定。七月，鸿章奏称：“臣抵烟台，威妥玛坚求将全案人证解京覆讯，其注意尤在岑毓英主使。臣与反复驳辨，適俄、德、美、法、日、奥六国使臣及英、德水师提督均集烟台，往来谈宴，因於万寿圣节，邀请列国公使、提督至公所燕饮庆贺，情谊联洽。翌日，威使始允另议办法，将条款送臣查核。其昭雪滇案六条，皆总理衙门已经应允，惟偿款银数未定。其优待使臣三条：一，京外两国官员会晤，礼节仪制互异，欲订以免争端；一，通商各口会审案件；一，中外办案观审，两条可合并参看。观审一节，亦经总署於八条内允行。至通商事务原议七条：一，通商各口，请定不应抽收洋货釐金之界，并欲在沿海、沿江、沿湖地面，添设口岸；一，请添口岸，分作三项，以重庆、宜昌、温州、芜湖、北海五处为领事官驻紥，湖口、沙市、水东三处为税务司分驻，安庆、大通、武穴、陆溪口、岳州、玛斯六处为轮船上下客商货物；一，洋药准在新关并纳税釐；一，洋货半税单，请定划一款式，华、洋商人均准领单，洋商运土货出口，商定防弊章程；一，洋货运回外国，订明存票年限；一，香港会定巡船收税章程；一，各口未定租界，请再议订。以上如洋药釐税由新关并徵，既免偷漏，亦可随时加增；土货报单严定章程，冀免影射冒骗诸弊；香港妥议收税办法，均尚於中国课饷有益。其馀亦与条约不背。英使又拟明年派员赴西藏探路，请给护照，因不便附入滇案、优待、通商三端之内，故列为专条。免定口界、添设口岸两事，反覆争论，乃允免定口界，仅於租界免抽洋货釐金，且指明洋货、土货仍可抽收。将来洋药加徵，稍资拨补，似於大局无甚妨碍。至添口岸一节，总署已允宜昌、温州、北海三处，赫德续请添芜湖口，亦经奏准。今仍坚持前议，准添四口，作为领事官驻紥处所。其重庆派英员驻寓，总署已於八条内议准，未便即作口岸，声明俟轮船能上驶时，再行议办。至沿江不通商口岸上下客商货物一节，自长江开码头后，轮船随处停泊，载人运物，因未明定章程，碍难禁阻。英使既必欲议准，似不在停泊处所之多寡，要在口岸内地之分明。臣今与订‘上下货物，皆用民船起卸，仍照内地定章，除洋货税单查验免釐外，有报单之土货，只准上船，不准卸卖，其馀应完税釐，由地方官一律妥办’等语，是与民船载货查收釐金者一律，只须各地方关卡员役查察严密耳。英使先请湖口等九处，臣与釐定广东之水东系沿海地方，不准骤开此禁，岳州距江稍远，不准绕越行走，姑允沿江之大通、安庆、湖口、武穴、陆溪口、沙市六处，轮船可暂停泊，悉照内地抽徵章程。臣复与德国使臣巴兰德议及德国修约添口，即照英国议定办理。威妥玛请半年后，开办口岸租界，免洋货釐，洋药并纳釐税，须与各国会商，再行开办，因准另为一条。至派员赴西藏探路一节，条约既准游历，亦无阻止之理。臣於原议内由总理衙门、驻藏大臣查度情形字样，届时应由总理衙门妥慎筹酌。迨至诸议就绪，商及滇案偿款。英使谓去冬专为此事，调来飞游帮大兵船四只，保护商民，计船费已近百万。臣谓两国并未失和，无认偿兵费之例，嘱其定数。英使谓吴淞铁路正滋口舌，如臣能调停主持，彼即担代，仍照原议作二十万，遂定议。因於二十六日，将所缮会议条款华、洋文四分，彼此画押盖印互换。至滇边通商，威使面称拟暂缓开办，求於结案谕旨之末，豫为声明。”疏入，报闻。鸿章仍回直督本任。约成互换，是为烟台条约。约分三端：一曰昭雪滇案，二曰优待往来，三曰通商事务。又另议专案一条。是年，遣候补五品京堂刘锡鸿持玺书往英，为践约惋惜滇案也。
三年，英窥喀什噶尔，以护持安集延为词。陕甘总督左宗棠拒之。英人欲中国与喀什噶尔划地界，又请入西藏探路，皆不行。是年始於英属地星嘉坡设领事。四年秋八月，福建民毁英乌石山教堂，英人要求偿所失乃已。五年，英欲与中国定釐税并徵确数。总署拟仍照烟台原议条款，税照旧则，釐照旧章。
七年十月，李鸿章复与威妥玛议洋药加徵税釐。初，洋药税釐并徵之议，始发於左宗棠，原议每箱徵银一百五十两。其后各督抚往来商议，讫无成说。滇案起，鸿章乃与威妥玛议商洋药加徵税釐。威妥玛谓须将进出口税同商，定议进口税值百抽十，而出口税以英商不原加税为辞，并主张在各口新关釐税并加，通免内地釐金。鸿章以欲通免釐金，当於海关抽税百二十两，须加正税三倍。如不免釐金，则须增加一倍至六十两。既，威妥玛接到本国拟定鸦片加税章程数条：“一，釐税并徵增至九十两；二，增正税至五十两，各口釐金仍照旧收；三，拟由中国通收印度鸦片，而印度政府或约於每年减种鸦片，或由两国商定当减年限，至限满日停种，至每石定价，或按年交还，或另立付价，时候亦由两国订明，其价或在香港拨还，或在印度交兑，其事则官办商办均可；四，拟立专办洋药英商公司，每箱应偿印度政府一定价值，应纳中国国家一定釐税，至缴清此项釐税后，其洋药在中国即不重徵，印度政府约明年限，将鸦片逐渐裁止。”初，威妥玛於进口已允值百抽十，至是因洋药税釐未定，又翻。又欲於各口租界外，酌定二三十里之界，免收洋货釐。鸿章以租界免釐，载在条约，业经开办有年，何得复议推广？拒之。威妥玛又请由香港设电线达粤省，其上岸祗准在黄埔轮船停泊附近之处，由粤省大吏酌定。