时西师未解，急于经费，中书进拟三司使，清臣初不在选中。帝曰："叶清臣才可用。"擢为起居舍人、龙图阁学士、权三司使公事。始奏编前后诏敕，使吏不能欺，簿帐之丛冗者，一切删去。内东门、御厨皆内侍领之，凡所呼索，有司不敢问，乃为合同以检其出入。清臣与宋庠、郑戩雅相善，为吕夷简所恶，出知江宁府。逾年，入翰林学士，知通进银台司、勾当三班院。丁父忧，言者以清臣为知兵，请起守边。及服除，宰相陈执中素不悦之，即除翰林侍读学士、知邠州。道由京师，因请对，改澶州，进尚书户部郎中、知青州。徙知永兴军，浚三白渠，溉田逾六千顷。
仁宗御天章阁，召公卿，出手诏问当世急务。清臣闻之，为条对，极论时政阙失，其言多劘切权贵。且曰："陛下欲息奔竞，此系中书。若宰相裁抑奔竞之流，则风俗惇厚，人知止足；宰相用憸佞之士，则贪荣冒进，激成浑波。向有职在管库，日趋走时相之门。入则取街谈巷言，以资耳目；出则窃庙谟朝论，以惊流辈。一旦皆擢职司，以酬所任。比日人士竞踵此风，出入权要之家，时有'三尸'、'五鬼'之号。乃列馆职，或置省曹。且台谏官为天子耳目，今则不然，尽为宰相肘腋。宰相所恶，则捃以微瑕，公行击搏；宰相所善，则从而唱和，为之先容。中书政令不平，赏罚不当，则箝口结舌，未尝敢言。人主纤微过差，或宫闱小事，即极言过当，用为讦直。供职未逾岁时，迁擢已加常等。宋禧为御史，劝陛下宫中畜犬设棘，以为守卫。削弱朝体，取笑四夷，不加诃谴，擢为谏官。王达两为湖南、江西转运使，所至苛虐，诛剥百姓，徒配无辜，特以宰相故旧，不次拔擢，遂有河北之行。如此，是长奔竞也。"其他所列利害甚众。
会河决商胡，北道艰食，复以为翰林学士、权三司使。旧制，有三司使、权使公事，而清臣所除，止言"权使"，自是分三等焉。以户部副使向传式不职，奏请出之。皇祐元年春，帝御便殿，访近臣以备边之策。清臣上对，略曰：
陛下临御天下，二十八年，未尝一日自暇自逸。而西夏、契丹频岁为患者，岂非将相大臣，不得其人，不能为陛下张威德而攘四夷乎？昔王商在廷。单于不敢仰视。郅都临代，匈奴不敢犯边。今内则辅相寡谋，纲纪不振；外则兵不素练，将不素蓄。此外寇得以内侮也。庆历，刘六符来，执政无术略，不能折冲樽俎，以破其谋。六符初亦疑大国之有人，藏奸计而未发。既见表里，遂肆陆梁。只烦一介之使，坐致二十万物，永匮膏血，以奉腥膻。此有识之士，所以为国长太息也。
今诏问："北使诣阙，以伐西戎为名，即有邀求，何以答之？"臣闻誓书所载，彼此无求。况元昊叛边，累年致讨，契丹坐观金鼓之出，岂有毫发之助？今彼国出师，辄求我助，奸盟违约，不亦甚乎？若使辩捷之人，判其曲直，要之一战，以破其谋，我直彼曲，岂不惮服。苟不知咎，或肆侵陵，方河朔灾伤之余，野无庐舍，我坚壁自守，纵令深入，其能久居？既无所因之粮，则亟当遁去。然后选择骁勇，遏绝归师，设伏出奇，邀击首尾，若不就禽，亦且大败矣。
诏问："辅翊之能，方面之才，与夫帅领偏裨，当今敦可以任此者。"臣以为不患无人，患有人而不能用尔。今辅翊之臣，抱忠义之深者，莫如富弼。为社稷之固者，莫知范仲淹。谙古今故事者，莫如夏竦。议论之敏者，莫如郑戩。方面之才，严重有纪律者，莫如韩琦。临大事能断者，莫如田况。刚果无顾避者，莫如刘涣。宏达有方略者，莫如孙沔。至于帅领偏裨，贵能坐运筹策，不必亲当矢石，王德用素有威名，范仲淹深练军政，庞籍久经边任，皆其选也。狄青、范全颇能驭众，蒋偕沉毅有术略，张亢倜傥有胆勇，刘贻孙材武刚断，王德基纯悫劲勇，此可补偏裨者也。
诏谓："朔方灾伤，军储缺乏。"此则三司失计置，转运使不举职，固非一日。既往固已不咎，来者又复不追，臣未见其可也。且如施昌言承久弊之政，方欲竭思虑、办职事，一与贾昌朝违戾，遂被移徙，军储何由不乏？自去年秋八月，计度市籴，而昌朝执异议，仲春尚未与夺，财赋何缘得丰？先朝置内帑，本备非常。今为主者之吝，自分彼我，缓急不以为备，则臣不知其所为也。至如粒食之重，转徙为难，莫若重立爵等，少均万数，豪民诖误，使得入粟，以免杖笞，必能速办。夫能俭啬以省费，渐致于从容。德音及此，天下之福也。比日多以卑官躐请厚奉，或身为内供奉而有遥刺之给，或为观察使便占留后之封，幸门日开，赐予无艺，若令有司执守，率循旧规，庶几物力亦获宽弛。