成功谋举兵，兵寡，如南澳募兵，得数千人。会将吏盟，仍用唐王隆武号，自称“招讨大将军”。以洪政、陈辉、杨才、张正、余宽、郭新分将所部兵，移军鼓浪屿。成功年少，有文武略，拔出诸父兄中，近远皆属目，而彩奉鲁王以海自中左所改次长垣，进建国公，屯厦门。彩弟联，鲁王封为侯，据浯屿，相与为犄角。成功与彩合兵攻海澄，师赴援，洪政战死。成功又与鸿逵合兵围泉州，师赴援，围解。鸿逵入揭阳，成功颁明年隆武四年大统历。五年，成功陷同安，进犯泉州。总督陈锦师至，克同安，成功引兵退。六年，成功遣其将施琅等陷漳浦，下云霄镇，进次诏安。明桂王称帝，号肇庆，至是已三年。成功遣所署光禄卿陈士京朝桂王，始改用永历号，桂王使封成功延平公。鲁王次舟山，彩与鲁王贰，杀鲁王大学士熊汝霖及其将郑遵谦。七年，成功攻潮州，总兵王邦俊御战，成功败走。攻碣石寨，不克，施琅出降。成功袭厦门，击杀联，夺其军，彩出驻沙埕。鲁王将张名振讨杀汝霖、遵谦罪，击彩，彩引馀兵走南海，居数年，成功招之还，居厦门。卒。
八年，桂王诏成功援广州，引师南次平海，使其族叔芝筦守厦门。福建巡抚张学圣遣泉州总兵马得功乘虚入焉，尽攫其家赀以去。成功还，斩芝筦，引兵入漳州。提督杨名高赴援，战於小盈岭，名高败绩，进陷漳浦。总督陈锦克舟山，名振进奉鲁王南奔，成功使迎居金门。九年，陷海澄，锦赴援，战於江东桥，锦败绩。左次泉州，成功复取诏安、南靖、平和，遂围漳州。锦师次凤凰山，为其奴所杀，以其首奔成功。漳州围八阅月，固山额真金砺等自浙江来援，与名高兵合，自长泰间道至漳州，击破成功。成功入海澄城守，金砺等师薄城，成功将王秀奇、郝文兴督兵力御，不能克。
上命芝龙书谕成功及鸿逵降，许赦罪授官，成功阳诺，诏金砺等率师还浙江。十年，封芝龙同安侯，而使赍敕封成功海澄公、鸿逵奉化伯，授芝豹左都督。芝龙虑成功不受命，别为书使鸿逵谕意，使至，成功不受命，为书报芝龙。芝豹奉其母诣京师。成功复出掠福建兴化诸属县。十一年，上再遣使谕成功，授靖海将军，命率所部分屯漳、潮、惠、泉四府。
成功初无意受抚，乃改中左所为思明州，设六官理事，分所部为七十二镇；遥奉桂王，承制封拜，月上鲁王豚、米，并厚廪泸、溪、宁、靖诸王，礼待诸遗臣王忠孝、沈佺期、郭贞一、卢若腾、华若荐、徐孚远等，置储贤馆以养士。名振进率所部攻崇明，谋深入，成功嫉之，以方有和议，召使还。名振俄遇毒死。成功讬科饷，四出劫掠，蔓及上游。福建巡抚佟国器疏闻，上密敕为备。李定国攻广东急，使成功趣会师。成功遣其将林察、周瑞率师赴之，迁延不即进。定国败走，成功又攻漳州，千总刘国轩以城献，再进，复陷同安。其将甘辉陷仙游，穴城入，杀掠殆尽。至是和议绝。
上命郑亲王世子济度为定远大将军，率师讨成功。十二年，左都御史龚鼎孳请诛芝龙，国器亦发芝龙与成功私书，乃夺芝龙爵，下狱。成功遣其将洪旭、陈六御攻陷舟山，进取温、台，闻济度师且至，隳安平镇及漳州、惠安、南安、同安诸城，撤兵聚思明。济度次泉州，檄招降，不纳；易为书，成功依违答之。上又令芝龙自狱中以书招成功，谓不降且族诛，成功终不应。十三年，济度以水师攻厦门，成功遣其将林顺、陈泽拒战，飓起，师引还。
成功以军储置海澄，使王秀奇与黄梧、苏明同守。梧先与明兄茂攻揭阳未克，成功杀茂，并责梧。梧、明并怨成功，俟秀奇出，以海澄降济度。诏封梧海澄公，驻漳州，尽发郑氏墓，斩成功所置官。大将军伊尔德克舟山，击杀六御。成功攻陷闽安城牛心塔，使陈斌戍焉。十四年，鸿逵卒。师克闽安，斌降而杀之。成功陷台州。
十五年，谋大举深入，与其将甘辉、余新等率水师号十万，陷乐清，遂破温州，张煌言来会。将入江，次羊山，遇飓，舟败，退泊舟山。桂王使进封为王，成功辞，仍称招讨大将军。十六年五月，成功率辉、新等整军复出，次崇明，煌言来会，取瓜洲，攻镇江，使煌言前驱，溯江上。提督管效忠师赴援，战未合，成功将周全斌以所部陷阵，大雨，骑陷淖，成功兵徒跣击刺，往来剽疾，效忠师败绩。成功入镇江，将以违令斩全斌，继而释之，使守焉；进攻江宁，煌言次芜湖，庐、凤、宁、徽、池、太诸府县多与通款，腾书成功，谓宜收旁郡县，以陆师急攻南京。成功狃屡胜，方谒明太祖陵，会将吏置酒，辉谏不听。崇明总兵梁化凤赴援，江宁总管喀喀木等合满、汉兵出战，袭破新军，诸军皆奔溃，遂大败，生得辉杀之。成功收馀众犹数万，弃瓜洲、镇江，出海，欲取崇明。江苏巡抚蒋国柱遣兵赴援，化凤亦还师御之，成功战复败，引还。煌言自间道走免。