上遣将军达素、闽浙总督李率泰分兵出漳州、同安，规取厦门。成功使陈鹏守高崎，族兄泰出浯屿，而与周全斌、陈辉、黄庭次海门。师自漳州薄海门战，成功将周瑞、陈尧策死之，迫取辉舟，辉焚舟。战方急，风起，成功督巨舰冲入，泰亦自浯屿引舟合击，师大败，有满洲兵二百降，夜沈之海。师自同安乡高崎，鹏约降。其部将陈蟒奋战，师以鹏已降，不备，亦败，成功收鹏杀之，引还。十七年，命靖南王耿继茂移镇福建，又以罗讬为安南将军，讨成功。十八年，用黄梧议，徙滨海居民入内地，增兵守边。
成功自江南败还，知进取不易；桂王入缅甸，声援绝，势日蹙，乃规取台湾。台湾，福建海中岛，荷兰红毛人居之。芝龙与颜思齐为盗时，尝屯於此。荷兰筑城二：曰赤嵌、曰王城，其海口曰鹿耳门。荷兰人恃鹿耳门水浅不可渡，不为备。成功师至，水骤长丈馀，舟大小衔尾径进，红毛人弃赤嵌走保王城。成功使谓之曰：“土地我故有，当还我；珍宝恣尔载归。”围七阅月，红毛存者仅百数十，城下，皆遣归国。成功乃号台湾为东都，示将迎桂王狩焉。以陈永华为谋主，制法律，定职官，兴学校。台湾周千里，土地饶沃，招漳、泉、惠、潮四府民，辟草莱，兴屯聚，令诸将移家实之。水土恶，皆惮行，又以令严不敢请，铜山守将郭义、蔡禄入漳州降。是岁，圣祖即位，戮芝龙及诸子世恩、世荫、世默。
成功既得台湾，其将陈豹驻南澳，而令子锦居守思明。康熙元年，成功听周全斌谗，遣击豹，豹举军入广州降。恶锦与乳媪通，生子，遣泰就杀锦及其母董。会有讹言成功将尽杀诸将留厦门者，值全斌自南澳还，执而囚之，拥锦，用芝龙初封，称平国公，举兵拒命。成功方病，闻之，狂怒咬指，五月朔，尚据胡床受诸将谒，数日遽卒，年三十九。
成功子十，锦其长也，一名经。成功既卒，台湾诸将奉其幼弟世袭为招讨大将军，使於锦告丧。锦出全斌使为将，以永华为咨议，冯锡范为侍卫，引兵至台湾。诸将有欲拒锦立世袭者，全斌力战破之，锦乃入，嗣为延平王。世袭走泉州降。二年，锦还思明。泰尝与台湾诸将通书，锦得之，遂杀泰。泰弟鸣骏、赓，子纟赞绪亦走泉州降。诏封鸣骏遵义侯、缵绪慕恩伯，世袭、赓皆授左都督。诸将蔡鸣雷、陈辉、杨富、何义先后举军降。锦渐弱。
耿继茂、李率泰大发兵规取金、厦，出同安；马得功将降卒，并徵红毛兵，出泉州；黄梧、施琅出海澄。锦令全斌当得功，遇於金门外乌沙，得功舟三百，红毛夹板船十四，全斌以二十舟入阵冲击，红毛炮皆不中，诸舟披靡，得功战死；而同安、海澄二道兵大胜，直破厦门。琅复进克金门、浯屿，锦退保铜山。三年，锦将杜辉以南澳降。铜山粮垂尽，全斌亦出降，封承恩伯。锦与其将黄廷坚守。继茂等复以水师出八尺门，廷与诸将翁求多等以三万人降，遂拔铜山，焚之，得仗舰无算。锦与永华及洪旭引馀众，载其孥尽入台湾。改东都为东宁国，置天兴、万年二州，仍以永华综国政。
诏授施琅靖海将军，周全斌、杨富为副，督水师攻台湾，阻飓，不得进。四年，廷议罢兵。李率泰请遣知府慕天颜谕降，假卿衔，赍敕往。锦请称臣入贡如朝鲜，上未之许。六年，徵琅入京师。撤降兵分屯诸省，严戍守界，不复以台湾为意。锦兵亦不出。相安者数年，滨海居民渐复业。
十二年，耿精忠将以福建叛应吴三桂，使约锦为援。十三年，精忠遂反，锦仍称永历年号。以永华辅长子克犭翏居守，与诸将冯锡范等督诸军渡海而西，入思明，取同安。锦以族人省英知思明，省英，芝筦子也。集舟航，整部伍，方引军复出，而精忠与争泉州。泉州兵内乱，精忠所遣守将溃围走，迎锦师入，复攻下漳州。精忠遣兵围潮州，潮州总兵刘进忠降於锦，锦遣其将赵得胜入潮州，击破精忠兵。
锦更定军制，以锡范及参军陈绳武赞画诸政，诸将刘国轩、薛进思、何祐、许辉、施福、艾祯祥分领各军。省英为宣慰使，督各郡钱粮，令人月输银五分，曰“毛丁”；船计丈尺输税，曰“樑头”。盐司分筦盐场，盐石值二钱，徵饷四钱；饷司科杂税给军。复开互市，英圭黎、暹罗、安南诸国市舶并至，思明井里烟火几如承平时。
十四年，精忠使贺年，锦亦报礼，自是复相结。永春民吕花，保所居村曰“马跳”，不应徵索，使进忠围之，三月不下，诱花降而杀之。续顺公沈瑞屯饶平，进忠攻之，何祐击破援兵，遂执瑞及其孥归於台湾。海澄公黄梧卒，子芳度保漳州。锦自海澄移军万松关，祐亦自潮州攻平和，降守将赖升。芳度孤守漳州，围合，总兵吴淑以城降，芳度死之，其孥皆殉。