至元二十二年，安童复入相，言于帝曰：“阿合马颛政十年，亲故迎合者，往往骤进，据显位；独刘宣、张孔孙二人，恬守故常，终始如一。”乃除宣吏部尚书，孔孙礼部侍郎。寻升孔孙礼部尚书，擢燕南提刑按察使。二十八年，提刑按察司改肃政廉访司，仍为使，莅治于大名，一以所没赃籴粟五千斛赈饥民。拜佥河南江北行中书省事。亡何，除大名路总管，兼府尹，大兴学校。有献故河堤三百余里于太后者，即上章，谓宜悉还细民，从之。擢淮东道肃政廉访司使，因谳狱盐场，民尹执中兄弟诬伏为强盗，平反之。召还，拜集贤大学士、中奉大夫，商议中书省事。丞相完泽卒，孔孙与陈天祥上封事，荐和礼霍孙可为相。
会地震，诏间弭灾之道，孔孙条对八事，其略曰：蛮夷诸国，不可穷兵远讨；滥官放谴，不可复加任用；赏善罚恶，不可数赐赦宥；献鬻宝货，不可不为禁绝；供佛无益，不可虚费财用；上下豪侈，不可不从俭约；官冗吏繁，不可不为裁减；太庙神主，不可不备祭享。帝悉嘉纳之，赐钞五千贯。又累疏言：“凡七十致仕者，宜加一官；丁忧服阕者，宜待起复；宿卫之冒滥者，必当革；州郡之职，必当遴选，久任达鲁花赤，宜量加迁转；又宜增给官吏俸禄；修建京师庙学，设国子生徒，给赐曲阜孔庙洒扫户；相位宜参用儒臣，不可专任文吏；故相安童、伯颜、和礼霍孙与廉希宪等，各宜赠谥。”久之，请老还家，拜翰林学士承旨、资善大夫，致仕，集贤大学士如故。大德十一年卒，年七十有五。
孔孙素以文学名，且善琴，工画山水竹石，而骑射尤精。及其立朝，谠言嘉论，有可观者，士论服之。