历河北、陕西都转运使。时边用不足，以解盐、市马别为一司，外台不得与。永奏曰："盐、马，国之大计，使主者专其柄，既无以统隶，苟为非法，孰从而制之？"
加龙图阁直学士、知秦州。王韶以布衣入幕府，建取熙河策，永折之曰："边陲方安静，无故骚动，恐变生不测。"会新筑刘家堡失利，众请戮偏裨以塞责。永曰："居敌必争之地，军孤援绝，兵法所谓不得而守者也。尤人以自免，於我安乎？"竟用是降天章阁待制、知和州，以详定编敕知审官东院召还，神守问："青苗、助役之法，於民便否？"对曰："法诚善，然强民出息输钱代徭，不能无重敛之患。若用以资经费，非臣所知也。"时仓法峻密，庾吏受百钱，则黥为卒，府史亦如之。神宗又问："此法既下，吏尚为奸乎？"对曰："强盗罪死，犯者犹众，况配隶邪？使人畏法而不革心，虽在府史，臣亦不敢必其无犯也。"议复肉刑，事下永。永奏曰："刻人肌肤，深害仁政，汉文帝所不忍，陛下忍之乎？"神宗曰："事固未决，待卿始定耳。"不果行。
复学士，知瀛州。河决，于贝、瀛、冀尤甚，民租以灾免者，州县惧常平法，征催如故。永连章论止，神宗从之，仍命发廪粟以振。白沟巡检赵用以辽人渔界河，擅引兵北度，荡其族帐，辽持此兆衅，数暴边上，神宗遣使问故，永请正用罪以谢，未报，辽屯兵连营互四十里，永好谕之曰："疆吏冒禁，已置之狱矣，今何为者？"敌意解，但求醪糒犒师而旋。
进枢密直学士、知开封府。吕嘉问言，吏欲使都人列肆输钱以免直。下府询究，曹椽以为便。永占书纸尾，不暇省。既乃行市易抵当法，贷民钱而为之期，有不能偿而死者。神宗颇知之，嘉问妄变其名以罔听。神宗虑立法未尽，诏永及韩维究实。永奏言："市算下逮锥刀，为人患苦。"御史张琥劾永弃同即异，罢为提举中太一宫。
元丰中，判军器监。有司病皮革不给，严隐匿之科，亡赖辈肆情为讦，至妇人冠饰亦不免。永请听人以所藏之善者售于官，得贷其馀，讦讼既息，国用亦济。出知太原，且行，神宗访以时务，永言："近者造戎器倍常，外间谓将有事於征讨。兵非轻用之物，原轸不戢自焚之戒。"神宗曰："此备豫不虞，若四方安平，岂有轻动之理？卿言是也。"忻、代产盐，苦恶不堪食，转运使必欲理之，以盗贩阑越之罪罪兵吏。永言："盐，民食也，不可禁；兵，武备也，不可阙。顾以恶盐累防兵，非计也。"诏弛其禁。
入判将作，进端明殿学士。病不能朝，神宗遣上医调视，六命近侍问安否，至虚枢密位以待。辞去益力，提举崇福宫。逾年，起知陈州，徙颍昌。永裕起陵，许、汝当运粟数十万斛於陵下，调民牛数万，永请而免。哲宗召拜工部尚书。太皇太后下诏求言，永陈保马、保甲、免役三事最敝，愿一切罢去，复修监牧、保伍、差徭之法。太皇太后皆纳之。元祐元年，迁吏部，又属疾，改资政殿学士兼侍读，提举中太一宫，未拜而卒，年六十八。赠银青光禄大夫，赙金帛二千，谥曰康简。
永外和内劲，论议常持平，不求诡异。事或悖于理，虽逼以势，亦不为屈。未尝以矫亢形于色辞，与人交，终身无怨仇。范纯仁、苏颂皆称之为国器。
论曰："宋之衰也，人才尚多。梁焘、王岩叟尽忠事上，凡有过举，知无不言，虽或从或违，而隐然有虎豹在山之势矣。第以新州之举，於是为过。故他日绍圣复以藉口，使元祐众贤皆罹其祸，由是再变而为宣、政之奸臣，国日危矣。郑雍易其所守，肆击刘挚，波及者三十人，欲结章惇以取容，然而终亦不免。小人反覆，专务自全，竟何益哉？孙永之为人，庶得其中焉。