元贞元年，改商议省事为平章军国重事。从一品。
大德三年，复置左丞相。七年，诏中书省设官，自左右丞相以下，平章二员，左右丞各一员，参知政事二员，定为八府。
至大二年，再立尚书省，置尚书省左、右丞相各一员，平章政事三员，左、右丞各一员，参知政事二员；中书省增平章政事为五员，左丞二员，左丞三员。四年，尚书省并入中书省，尚书省丞相以下诸官并罢；中书省左、右丞相为四员，参知政事三员。
至顺元年，定平章政事为四员，右丞一员，左丞一员，参知政事二员。三年，以燕铁木儿专权，专任一相，不设左丞相。自后，左丞相或置或不置。
元统三年，命右丞相伯颜独长台司。
后至元五年，加右丞相伯颜为大丞相。八年，命脱脱为右丞相，复置左丞相。
至正七年，置议事平章四员。十二年，以贾鲁为添设左丞，悟良合台为添设参知政事，又以杜秉彝为添设参政，哈麻为添设右丞。十四年，以吕思诚为添设左丞。二十七年，以蛮子为添设第三平章，帖里帖木儿为添设左丞相。
参议中书省事，中统元年始置一员，至元二十二年累增至六员，大德元年省为四员。其治曰参议府、左右司，中统元年置，后改绐事中、中书舍人，校正等官。至元九年，仍设左右司，并为一司。十五年，分置两司。至大二年，并左右司为一。四年，仍分置如旧制。
照磨，中统元年置二员，至元八年省为一员。
管勾，中统元年置二员，至元三年省为一员。
架阁库管勾，至元三年始置二员，其后增置员数不一，至顺初定为二员。
断事官，正三品。元初职行最重，以御位下及中宫、东宫诸王各投下怯薛丹等人为之。中统元年，十六位下置三十一员。至元六年，十七位下置三十四员。七年，十八位下置三十五员。二十八年，分立两省断事官，随省并置。二十九年，十八位下置三十六员，并人中书省。三十一年，复增二员。后定置，自御位下及诸王位下共四十一员。
经历一员，从七品。
知事一员。从八品。
客省使。正五品。使四员，正五品。副使二员，正六品。掌直省舍人、宣使等选举差遣之事。
检校官四员，正七品。掌检校左右司、六部公事程期、文牍稽失之事。
至元九年，置客省使二员，一员兼通使，一员不兼。二十八年，置中书省检校官二员，考核户工部文案疏缓者，大德元年，增置使四员，副使二员，检校官四员。至元七年，置直省舍人二员，后增置三十三员，掌给使差遣之役，无品级，与宜使等。至大二年，置尚书客省使、副各一员，尚书省罢，应与同罢。
详定使司：正三品。使二员，正三品。副使二员，正四品；掌书记二员。正七品。掌详定四方献言，择其善者以闻于上。至正十七年置，以中书官提调之。
吏部：尚书三员，正三品。侍郎二员，正四品。郎中二员，从五品。员外郎二员。从六品。掌官吏选授调补之政令，及勋封爵邑之制，考课殿最之法。中统三年，以吏户礼为左三部，尚书二员，侍郎二员，郎中四员，员外郎六员。至元二年，吏礼自为一部，尚书三员，侍郎仍二员，郎中仍四员，员外郎三员，三年复为左三部，吏部仍设考功郎中、员外郎、主事正七品。各一员。五年，又合为吏礼部，尚书仍二员，侍郎、郎中、员外郎各一员。七年，始分六部，吏部尚书一员，侍郎一员，郎中二员，员外郎二员。八年，复为吏礼部，尚书、侍郎、郎中各一员，员外郎二员。十三年，分置吏部，尚书增置七员，侍郎三员，郎中二员、员外郎四员。十九年，尚书减为二员，侍郎一员，郎中一员，员外郎二员。二十一年，增尚书一员。案旧史本纪：二十一年，升六部尚书为二品，未知何时复降三品。二十三年，定六部尚书、寺郎、郎中、员外郎各二员。二十八年，增尚书为三员，主事三员。大德元年，增吏部尚书一员。至大二年，增郎中、员外郎、主事各一员。四年，罢增贸之员，如旧制。后至元三年，考功郎中、员外郎、主事各设一员。至正元年，置司绩一员。正七品。掌考察百官行止，以凭叙用。
户部：尚书三员，侍郎二员，郎中二员，员外郎三员。品秩同前。掌天下户口、钱稂、田土之政令，及贡赋之出纳，金币之转通，府藏之委积。中统元年，以吏户礼为左三部尚书。至元二年，分立户部，尚书三员，侍郎、郎中四员，员外郎三员。三年，复为左三部。五年又分为户部、尚书一员，侍郎、郎中各一员，员外郎二员。七年，增尚书一员，侍郎、郎中一员。十三年，又增尚书一员。十九年，郎中、员外郎俱增至四员。二十一年，省泉府司入户部。至元十六年，置泉府司。《元典章，泉府大卿，从二品；泉府司富藏库使，从七品。二十三年，六部尚书、侍郎、郎中、员外郎定以二员为额。明年，以户部所掌繁剧，增尚书二员。大德五年，省尚书一员、员外郎一员置主事八员，至大二年。增侍郎、员外郎各一员，四年，罢增置之员，如旧制。至正元年，设司计官四员，依至元二十八年例添设二员。正七品。共属附见于后：《元典章》：户部尚书规措应昌运粮事，正三品。