内侍郑谌落致仕，得兵官。本中言："陛下进临江浒，将以有为，今贤士大夫未能显用，岩穴幽隐未能招致，乃起谌以统兵之任，何邪？"命遂寝。引疾乞祠，直龙图阁、知台州，不就，主管太平观。召为太常少卿。
八年二月，迁中书舍人。三月，兼侍讲。六月，兼权直学士院。金使通和，有司议行人之供，本中言："使人之来，正当示以俭约，客馆刍粟若务充悦，适启戎心。且成败大计，初不在此，在吾治政得失，兵财强弱，愿诏有司令无乏可也。"
初，本中与秦桧同为郎，相得甚欢。桧既相，私有引用，本中封还除目，桧勉其书行，卒不从。赵鼎素主元祐之学，谓本中公著后，又范冲所荐，故深相知。会《哲宗实录》成，鼎迁仆射，本中草制，有曰："合晋、楚之成，不若尊王而贱霸；散牛李之党，未如明是以去非。"桧大怒，言于上曰："本中受鼎风旨，伺和议不成，为脱身之计。"风御史萧振劾罢之。提举太平观，卒。学者称为东莱先生，赐谥文清。
有诗二十卷得黄庭坚陈师道句法，《春秋解》一十卷、《童蒙训》三卷、《师友渊源录》五卷，行于世。
论曰：《传》有之："不有君子，其何能国。"绍兴之世，吕颐浩、秦桧在相位，虽有君子，岂得尽其忠，宋之不能图复中原，虽曰天命，岂非人事乎？若常同、张致远、薛徽言、陈渊、魏矼、潘良贵、吕本中，其才猷皆可以经邦，其风节皆可以厉世，然皆论议不合，奉祠去国，可为永慨矣。