寻真除川陕总督。疏言：“土司承袭，文武吏往往索费，封其印数年不与，致番目专恣仇杀。请定限半年，仍令应袭者先行署理。土司有外支循谨能治事者，许土官详督抚给职衔，分辖其地，多三之一，少五之一，使势相维、情相安。”入觐，加兵部尚书衔。疏言：“察木多外鲁隆宗察哇、坐尔刚、桑噶、吹宗、衮卓诸部，距打箭炉远，不便遥制。请宣谕达赖喇嘛，令辖其地。中甸、里塘、巴塘及得尔格特、瓦舒霍耳诸地，并归内地土司。”又言：“巴塘隶四川，中甸隶云南，而巴塘所属木咱尔、祁宗、拉普、维西诸地偪近中甸，总会於阿墩子，实中甸门户。请改隶云南，与四川里塘、打箭炉互为犄角。”下王大臣议，如所请。四年春，请选西安满洲兵千人驻潼关。冬，请以陕、甘两省丁银摊入地亩徵收，自雍正五年始，著为定例。逾年，复疏言甘属河东粮轻丁多，河西粮多丁少，请将二属各自均派：河东丁随粮办，河西粮照丁摊。下部议行。四川乌蒙土知府禄万锺扰云南东川，镇雄土知府陇庆侯及建昌属冕山、凉山诸苗助为乱。上命锺琪与云贵总督鄂尔泰会师讨之。五年春，擒万锺，庆侯亦降。乌蒙、镇雄皆改土归流。冕山、凉山亦以次底定。
锺琪督三省天下劲兵处，疑忌众。成都讹言锺琪将反，锺琪疏闻，上谕曰：“数年以来，谗锺琪者不止谤书一箧，甚且谓锺琪为岳飞裔，欲报宋、金之仇。锺琪懋著勋劳，朕故任以要地，付之重兵。川、陕军民，受圣祖六十馀年厚泽，尊君亲上，众共闻知。今此造言之人，不但谤大臣，并诬川、陕军民以大逆。命巡抚黄炳、提督黄廷桂严鞫。”寻奏湖广人卢宗寄居四川，因私事造蜚语，无主使者，论斩。
六年，疏请以建昌属河西、宁番两土司及阿都、阿史、纽结、歪溪诸地改土归流，河东宣慰司以其地之半改隶流官，升建昌为府，领三县，并釐定营汛职制，及善后诸事。下部议，如所请。定新设府曰宁远，县曰西昌、冕宁、盐源，又请改岷州两土司归流。寻分疏请升四川达州，陕西秦、阶二县为直隶州。七年，又分疏请升甘肃肃州为直隶州，陕西子午谷隘口增防守官兵，里塘、巴塘诸地，置宣抚、安抚诸司至千百户，视流官例题补。俱议行。雷波土司为乱，遣兵讨平之。
靖州诸生曾静遣其徒张熙投书锺琪，劝使反。锺琪与设誓，具得静始末，疏闻。上褒锺琪忠，遣侍郎杭奕禄等至湖南逮鞫治，语详杭奕禄传。
罗卜藏丹津之败也，走投准噶尔，其酋策妄阿喇布坦纳之。策妄阿喇布坦死，子噶尔丹策零立，数侵掠喀尔喀诸部。上命傅尔丹为靖边大将军，屯阿尔泰山，出北路；锺琪为宁远大将军，屯巴里坤，出西路：讨之。加锺琪少保，以四川提督纪成斌等参赞军务。锺琪率师至巴里坤，筑东西二城备储胥，简卒伍为深入计。八年五月，召锺琪及傅尔丹诣京师授方略，锺琪请以成斌护大将军印。科舍图岭者，界巴密、巴里坤间，锺琪设牧厂於此。准噶尔闻锺琪方入觐，乘间以二万馀人入犯，尽驱驼马去。成斌使副参领查廪以万人护牧厂，寇至不能御，走过总兵曹勷垒呼救；勷以轻骑往赴，战败亦走。总兵樊廷及副将冶大雄等将二千人，转战七昼夜。总兵张元佐督所部夹击，拔出两卡伦官兵，还所掠驼马强半。成斌欲罪查廪，既而释之，以捷闻。上已遣锺琪还镇，上谓当於卡伦外筑城驻兵，出游兵击敌，俾不敢深入，令锺琪详议。寻谕奖廷、大雄、元佐功，赐金予世职，遣内务府总管鄂善赍银十万犒师。立祠安西，祀阵亡将士。上以酒三爵遥酹，亦俾鄂善赍往设祭。
九年春，锺琪请移兵驻吐鲁番、巴尔库尔，为深入计。上谕曰：“锺琪前既轻言长驱直入，又为敌盗驼马，既耻且愤，必欲进剿，直捣巢穴，能必胜乎？”九年正月，锺琪部兵有自敌中脱归者，言噶尔丹策零将移驻哈喇沙尔，以大队赴西路，而令其将小策零敦多卜犯北路。锺琪以闻，并言敌将自吐鲁番侵哈密，扰安西、肃州边界。我军众寡莫敌，当持重坚壁固守，告北路遣兵应援，并调兵自无克克岭三面夹击。上谕曰：“前以锺琪军寡，谕令持重坚守，今已有二万九千人。樊廷马步二千，敌彼二万，转战七昼夜，犹足相当。乃以二万九千人而云众寡莫敌，何懦怯至此？且前欲直捣伊犁，岂有贼至数百里内转坚壁而不出乎？贼果至巴尔库尔，即败逃，亦从科舍图直走伊尔布尔和邵而遁。无克克岭相去二三百里，安所得夹击？锺琪於地势军机，茫然不知，朕实为烦忧。”