三月，准噶尔二千馀犯吐鲁番，成斌遣廷将四千人赴援，敌引退。四月，又以千馀人犯吐鲁番，别以二百馀人犯陶赖卡伦。六月，又以二千馀人围鲁谷庆城。吐鲁番回目额敏和卓等率所部奋击，杀二百馀人。锺琪议令元佐、勷及张存孝将三千人赴援。提督颜清如将二千人屯塔库，成斌将四千人防陶赖，俟我军进击乌鲁木齐，移回民入内地。上谕锺琪：“今年秋间袭击，是第一善策。援吐鲁番，乃不得已之举。若但筹画应援，而不计及袭击，是舍本而逐末也。”
鲁谷庆城围四十馀日不下，准噶尔移攻哈喇火州城，以梯登，回民击杀三百馀人。元佐等兵将至，敌引退。七月，准噶尔大举犯北路，傅尔丹之师大败於和通脑儿，锺琪请乘虚袭击乌鲁木齐。上谕锺琪：“贼既得志於北路，今冬仍往西路，且增添贼众，更多於侵犯北路，俱未可知。当先事图维，临时权变，勿贪功前进，勿坐失机宜。”并令略行袭击，即撤兵回营。锺琪自巴尔库尔经伊尔布尔和邵至阿察河，遇敌，击败之。逐至厄尔穆河，敌踞山梁以距。锺琪令元佐将步兵为右翼，成斌将马兵为左翼，勷及总兵王绪级自中路上山，参将黄正信率精锐自北山攻敌后，诸军奋进，夺所踞山梁，敌败走。谍言乌鲁木齐敌帐尽徙，乃引兵还。疏闻，上奖锺琪进退迟速俱合机宜。
十二月，上追举科舍图之役，责成斌怠忽，降沙州副将。十年正月，镜儿泉逻卒遇敌，杀其二，掠其一以去。锺琪劾副将马顺，上并以锺琪下部察议。俄，准噶尔三千馀人犯哈密，锺琪令勷、成斌将五千人自回落兔大坂，总兵纪豹将二千人自科舍图岭，分道赴援。又令副将军石云倬、常赉，镇安将军卓鼐分地设伏，待敌占天生圈山口，颜清如屯塔尔那沁，遣参将米彪、副将陈经纶分道御战，敌引去。勷等将至二堡，遇准噶尔五千馀人，即纵兵奋战一昼夜。敌登山，勷督兵围山，力战至午，敌溃遁。勷自二堡至柳拊泉，与经纶及副将焦景竑军会，乘夜追剿。锺琪使告云倬等，遣兵至无克克岭待敌，疏闻，上奖慰之。锺琪议城穆垒驻军，并命乘胜兴工。云倬等至无克克岭，锺琪令速赴梯子泉阻敌归路，卓鼐继其后。云倬迟发一日，敌自陶赖大坂西越向纳库山遁去。师至敌驻军处，馀火犹未息，云倬又令毋追袭。锺琪劾云倬偾事，夺官，逮京师治罪，以张广泗代为副将军。上谕曰：“岳锺琪素谙军旅，本非庸才，但以怀游移之见，致战守乖宜。前车之鉴，非止一端。嗣后当痛自省惕，壹号令，示威信，朕犹深望之！”大学士鄂尔泰等劾锺琪专制边疆，智不能料敌，勇不能歼敌。降三等侯，削少保，仍留总督衔，护大将军印。六月，锺琪疏报移军穆垒。寻召锺琪还京师，以广泗护印。广泗劾锺琪调兵筹饷、统驭将士，种种失宜。穆垒形如釜底，不可驻军。议分驻科舍图、乌兰乌苏诸地。上命还军巴尔库尔，尽夺锺琪官爵，交兵部拘禁。
十一年，以查郎阿署大将军，又论锺琪骄蹇不法，且劾成斌、元佐疏防，上命斩成斌，元佐降调。又劾勷纵贼，上命斩勷。十二年，大学士等奏拟锺琪斩决，上改监候。乾隆二年，释归。十三年，师征大金川，久无功。三月，高宗命起锺琪，予总兵衔。至军，即授四川提督，赐孔雀翎。时经略大学士讷亲视师，而广泗以四川总督主军事。大金川酋莎罗奔居勒乌围，其兄子郎卡居噶拉依。锺琪至军，讷亲令攻党坝。上以军事谘锺琪，锺琪疏言：“党坝为大金川门户，碉卡严密，汉、土官兵止七千馀。臣商诸广泗，请益兵三千，广泗不应。广泗专主自昔岭、卡撒进攻。此二处中隔噶拉依，距勒乌围尚百馀里。党坝至勒乌围仅五六十里，若破康八达，即直捣其巢。臣商诸广泗，广泗不谓然，而广泗信用土舍良尔吉及汉奸王秋等，恐生他虞。”讷亲亦劾广泗老师糜饷，诏逮治；亦罢讷亲大学士，傅恒代为经略。锺琪奏请选精兵三万五千，万人出党坝及泸河，水陆并进；万人自甲索攻马牙冈、乃当两沟，与党坝军合，直攻勒乌围；卡撒留兵八千，俟克勒乌围，前后夹攻噶拉依；党坝留兵二千护粮，正地留兵千防泸河，馀四千往来策应。期一年擒莎罗奔及郎卡。臣虽老，请肩斯任。”命傅恒筹议，傅恒用其策。
锺琪自党坝攻康八达山梁，大破贼。师进战塔高山梁，复屡破贼。锺琪初佐年羹尧定西藏，莎罗奔以土目从军；及为总督，以羹尧所割金川属寨还莎罗奔，且奏给印信、号纸，莎罗奔以是德锺琪。师入，莎罗奔惧，遣使诣锺琪乞降。锺琪请於傅恒，以十三骑从入勒乌围开谕。莎罗奔请奉约束，顶经立誓，次日，率郎卡从锺琪乘皮船出诣军前降。上谕奖锺琪，加太子少保，复封三等公，赐号曰威信。入觐，命紫禁城骑马，免西征追偿银七十馀万，官其子沺、淓侍卫，赐诗褒之。寻命还镇。十五年，西藏珠尔默特为乱，锺琪出驻打箭炉，事旋定。十七年，杂谷土司苍旺为乱，锺琪遣兵讨擒之。十九年，重庆民陈琨为乱，锺琪力疾亲往捕治，还，卒於资州，赐祭葬，谥襄勤。上以所封公爵不世袭，予一等轻车都尉，令其子瀞袭。