孙嘉淦，字锡公，山西兴县人。嘉淦故家贫，耕且读。康熙五十二年，成进士，改庶吉士，授检讨。世宗初即位，命诸臣皆得上封事。嘉淦上疏陈三事：请亲骨肉，停捐纳，罢西兵。上召诸大臣示之，且曰：“翰林院乃容此狂生耶？”大学士朱轼侍，徐对曰：“嘉淦诚狂，然臣服其胆。”上良久笑曰：“朕亦且服其胆。”擢国子监司业。雍正四年，迁祭酒，命在南书房行走。六年正月，署顺天府府尹。丁父忧，服未阕，召还京，仍授府尹。进工部侍郎，仍兼府尹、祭酒。十年，调刑部侍郎，寻兼署吏部侍郎。
嘉淦为祭酒，荐其弟扬淦为国子监丞。教习宋镐、方从仁等期满引见，嘉淦言镐等皆可用；上诘之，又言从仁实不堪用。上乃大怒，斥嘉淦反覆欺罔，夺职，交刑部治罪，当挟诈欺公律拟斩。上语诸大臣曰：“孙嘉淦太戆，然不爱钱。”命免罪，在户部银库效力行走。嘉淦出狱，径诣库。果亲王允礼时领户部，疑嘉淦故大臣，被黜，不屑会计事；又闻蜚语谓嘉淦沽名，收银皆不足。乃莅视，嘉淦方持衡称量，与吏卒杂坐均劳苦。询所收银，则别置一所，覆之，无丝毫赢绌。事上闻，上愈重嘉淦。十二年，命署河东盐政。
十三年八月，高宗即位，召嘉淦来京，以侍郎候补。九月，授吏部侍郎。十一月，迁都察院左都御史，仍兼吏部。嘉淦以上初政，春秋方盛，上疏言：“臣本至愚，荷蒙皇上圣恩，畀以风纪重任。日夜悚惶，思竭一得之虑；而每月以来，捧读圣训，剀切周详，仁政固已举行，臣愚更无可言。所欲言者，皇上之心而已。皇上之心，仁孝诚敬，明恕精一，岂复尚有可议？而臣犹欲有言者，正於心无不纯、政无不善之中，窃鳃鳃私忧过计而欲预防之也。治乱之循环，如阴阳之运行。阴极盛而阳生，阳极盛而阴姤。事当极盛之地，必有阴伏之机。其机藏於至微，人不能觉；及其既著，积重而不可返。此其间有三习焉，不可不慎戒也。主德清则臣心服而颂，仁政行则民身受而感，出一言而盈廷称圣，发一令而四海讴歌，在臣民本非献谀，然而人主之耳则熟於此矣。耳与誉化，非誉则逆，始而匡拂者拒，继而木讷者厌，久而颂扬之不工者亦绌矣。是谓耳习於所闻，则喜谀而恶直。上愈智则下愈愚，上愈能则下愈畏，趋跄谄胁，顾盻而皆然，免冠叩首，应声而即是。此在臣工以为尽礼，然而人主之目则熟於此矣。目与媚化，非媚则触，故始而倨野者斥，继而严惮者疏，久而便辟之不巧者亦忤矣。是谓目习於所见，则喜柔而恶刚。敬求天下之事，见之多而以为无足奇也，则高己而卑人；慎辨天下之务，阅之久而以为无难也，则雄才而易事；质之人而不闻其所短，返之己而不见其所失。於是乎意之所欲，信以为不逾，令之所发，概期於必行矣。是谓心习於所是，则喜从而恶违。三习既成，乃生一弊。何谓一弊？喜小人而厌君子是也。今夫进君子而退小人，岂独三代以上知之哉？虽叔季之君，孰不思用君子？且自智之君，各贤其臣，孰不以为吾所用者必君子而决非小人？乃卒之小人进而君子退者，无他，用才而不用德故也。德者君子之所独，才则君子小人共之，而且小人胜焉。语言奏对，君子讷而小人佞谀，则与耳习投矣。奔走周旋，君子拙而小人便辟，则与目习投矣。即课事考劳，君子孤行其意而耻於言功，小人巧於迎合而工於显勤，则与心习又投矣。小人挟其所长以善投，人主溺於所习而不觉，审听之而其言入耳，谛观之而其颜悦目，历试之而其才称乎心也，於是乎小人不约而自合，君子不逐而自离。夫至於小人合而君子离，其患可胜言哉？而揆厥所由，皆三习为之蔽焉。治乱之机，千古一辙，可考而知也。我皇上圣明临御，如日中天，岂惟并无此弊，抑且并无此习。然臣正及其未习也而言之，设其习既成，则或有知之而不敢言，抑或言之而不见听者矣。今欲预除三习，永杜一弊，不在乎外，惟在乎心，故臣原言皇上之心也。语曰：‘人非圣人，孰能无过？’此浅言也。夫圣人岂无过哉？惟圣人而后能知过，惟圣人而后能改过。孔子谓五十学易，可无大过。文王视民如伤，望道如未之见。是故贤人之过，贤人知之，庸人不知也。圣人之过，圣人知之，贤人不知也。欲望人绳愆纠谬而及於其所不知，难已。故望皇上圣心自懔之也。反之己真知其不足，验之世实见其未能，故常欿然不敢自是。此不敢自是之意，流贯於用人行政之间，夫而后知谏争切磋，爱我良深，而谀悦为容者，愚己而陷之阱也；夫而后知严惮匡拂，益我良多，而顺从不违者，推己而坠之渊也。耳目之习除，取舍之极定，夫而后众正盈朝，太平可睹矣。不然，自是之根不拔，则虽敛心为慎，慎之久而觉其无过，则谓可以少宽；厉志为勤，勤之久而觉其有功，则谓可以少慰。此念一转，初亦似於天下无害，而不知嗜欲燕安功利之说，渐入耳而不烦，而便辟善柔便佞者，亦熟视而不见其可憎。久而习焉，或不自知而为其所中，则黑白可以转色，而东西可以易位。所谓机伏於至微而势成於不可返者，此之谓也。大学言‘见贤而不能举，见不贤而不能退’，至於好恶拂人之性；而推所由失，皆因於骄泰，骄泰即自是之谓也。由此观之，治乱之机，转於君子小人之进退；进退之机，握於人主之一心；能知非则心不期敬而自敬，不见过则心不期肆而自肆。敬者君子之招而治之本也，肆者小人之媒而乱之阶也。然则沿流溯源，约言蔽义，惟望我皇上时时事事常守此不敢自是之心，而天德王道举不外乎此矣。”疏上，上嘉纳，宣示。迁刑部尚书，总理国子监事。河南郑州有疑狱，命使者往勘，仍不得实。上命嘉淦往讯，得其冤状十馀人尽脱之。乾隆三年四月，迁吏部尚书，仍兼管刑部事。九月，直隶总督李卫劾总河朱藻贪劣误工，命偕尚书讷亲往鞫，得实，论如律。