十月，授直隶总督。时畿辅酒禁甚严，罹法者众。嘉淦疏言：“前督李卫任内，一年中获私酿三百六十四案，犯者千四百馀名。臣抵任一月，获私酿七十八案，犯者三百五十馀名。此特申报者耳，府、厅、州、县自结之案，尚复不知凡几。吏役兵丁已获而贿纵者，更不知凡几。此特犯者之正身耳，其乡保邻甲、沿途店肆、负贩之属牵连受累者，又复不知凡几。一省如是，他省可知。皇上好生恤刑，命盗案自罹重辟，尚再三酌议，求一线可原之路。今以日用饮食之故，官吏兵役以私酿为利薮，百姓弱者失业，强者犯令，盐枭未靖，酒枭复起，天下骚然，殊非政体。臣前言酒禁宜於歉岁，不宜於丰年，犹属书生谬论。躬莅其事，乃知夺民之赀财而狼藉之，毁民之肌肤而敲扑之，取民之生计而禁锢之。饥馑之馀，民无固志，失业既重，何事不为？歉岁之不可禁，乃更甚於丰穰。周礼荒政，舍禁去讥，有由然也。且也酒禁之行，无论適以扰民，而实终不能禁。借令禁之不扰，且能永禁，而於贫民生计，米穀盖藏，不惟无益，抑且有损。夫作酒以糜穀，此为黄酒言也，其麹必用小麦，其米则需睟稉，皆五穀之最精。若烧酒则用高粱，佐以豆皮、黍壳、穀糠，麹以大麦为之，本非朝夕所食，而豆皮、黍壳、穀糠之属，原属弃物，杂而成酒，可以得价，其糟可饲六畜。化无用为有用，非作无益害有益也。今欲禁烧酒而并禁黄酒，则无以供祭祀、宾客、养老之用。若不禁黄酒止禁烧酒，省大麦、高梁之粗且贱者，而倍费小麦、睟稉之精且贵者，臣所谓无益於盖藏也。百工所为，皆需易之以粟，太贵则病末，太贱则伤农，得其中而后农末俱利。故农有歉荒，亦有熟荒，十年以内，歉岁三而丰岁七，则粟宜有所泄，非但积之不用而已。今北地不种高粱，则无以为薪、席、屋墙之用，种之而用其稭稈，则其颗粒宜有所售。烧锅既禁，富民不买高粱，贫民穫高粱，虽贱价而不售。高粱不售，而酒又为必需之物，则必卖米穀以买黄酒。向者一岁之内，八口之家，卖高粱之价，可得七八两，今止二三两矣；而买黄酒之价，则需费七八两。所入少而所出多，又加以粃糠等物堆积而不能易钱，自然之利皆失。日用所需，惟粜米麦。粜而售，则家无盖藏；粜而不售，则百用皆绌。臣所谓有损於生计者此也。小民趋利，如水就下。利所不在，虽赏不为。利之所在，虽禁弥甚。烧锅禁则酒必少，酒少则价必贵，价贵而私烧之利什倍於昔。什倍之利所在，民必性命争焉。孟子曰‘君子不以所养人者害人’，本为民生计，而滋扰乃至此，则立法不可不慎也。”疏上，诏弛禁。
民王宰谋得诸生马承宗产，贿太监刘金玉等投献贝勒允祐门下，嘉淦疏请交刑部具谳，上嘉其能执法。民焦韬被诬坐邪教，株连者数百人，嘉淦白其枉。民纪怀让食料豆汁染衣，会村有贼杀人，侦者以为血，诬服。决有日，正定知府陈浩廉得冤状，嘉淦亲鞫，雪怀让。
寻命兼管直隶河工，嘉淦议治永定河。初至官，即请於金门闸上下多建草坝，使河流渐复故道。四年正月，复疏请於金门闸下增设草坝一，引永定河归故道，自中亭、玉带达天津归海。得旨，偕总河顾琮悉心经理。嘉淦复疏言：“天津南北运河与淀河会於西沽以入於海河。南运河水浊，久必淤垫，况通省之水皆汇於此，秋潦时至，宣泄不及。大学士鄂尔泰曾奏准於静海独流疏引河，实下游治水之关键。但开河易，达海难，设中途梗阻，必更漫溢为患。且海口开深，又恐潮水倒灌。臣等现勘通省水道，凡众河交会及入淀、入海之路，有急宜修濬者，即於今夏兴修。”报闻。五月，晋太子少保。
五年九月，疏言：“直隶经流之大者，永定、子牙、南运、北运四河，与东西两淀。治永定河，拟於叶淀之东疏引河，由西沽北入海；治子牙河，拟濬新河，引上游诸水入淀，开旧河东堤，使渐由西沽南入海；治北运河，两岸去沙裁直，濬减河，培堤岸；治南运河，两岸筑遥堤，濬河使行正溜，安陵镇建闸，濬减河三十馀里，入老河口达於海；治西淀，拟开白沟河故道以入中亭，九桥南别疏一河，并濬青门河别派分流，下游已畅达，复将金门闸西引河改由东道，於苑家口叠道建木桥五，使沥水通行；治东淀，拟濬上游三岔河令宽深，杨家河、卞家河洼诸处疏引河，并行而东会於西沽，庶使四河顺轨，两淀畅泄。”又引永定河改归故道，各工俱全，上嘉之。时江南总督高斌入都，上命会同嘉淦议河务，十月，合疏言：“永定河当於固安南、霸州北顺流东下，接东淀达西沽入海，则上游涨水自消。霸州北当筑堤护城，保定县西新庄至城东路甿村堤根逼溜，应加宽厚，其路甿村东至艾头村接营田围埝约五十馀里，拟筑月堤作重障。”嘉淦方锐意引永定河归故道，河溢，傍河诸州县被水。六年正月，谕曰：“朕闻永定河经理未善，固安、良乡、涿州、雄县、霸州诸州县田亩往往被淹，孙嘉淦不能辞其责也。”於是命大学士鄂尔泰莅勘，请暂塞金门闸上游放水口，嘉淦奏：“旋开旋筑，实与放水本意相左，将来泥沙壅入玉带，恐为患更大。”谕曰：“此奏固是，然鄂尔泰慎重，欲筹万全，卿不必固执己见。卿此事自任甚力，而料理未善，朕不能为卿讳。然朕终以卿为是者，不似顾琮为游移巧诈之计耳。”其后上巡天津，阅中亭河工，赋诗纪事，犹病嘉淦之失计也。