焘感上知遇，论事益切，每集议，众莫敢发言，独条陈可否无所避。近臣复举其次子塾应制科，以阁试不中程黜。垕偶考上舍试卷，发策问制科，为御史所劾，语连及焘，垕罢，焘亦知常德府。
初，政和末，澧、辰、沅、靖四州置营田刀弩手，募人开边，范世雄等附会扰民，建炎罢之。乾道间，有建请复置者，焘为转运使，尝奏不当复，已而提刑尹机迫郡县行之，田不能给。焘至是又申言之，请度田立额，且约帅臣张栻列奏，诏从之。境多茶园，异时禁切商贾，率至交兵，焘曰："官捕茶贼，岂禁茶商？"听其自如，讫无警。
累表乞闲，提举兴国宫。秋，明堂大礼成，以其首议，复除敷文阁待制。顷之，垕垕塾继亡，上欲以吏事纾焘忧，起知遂宁府。
七年，《长编》全书成，上之，诏藏秘阁。焘自谓此书宁失之繁，无失之略，故一祖八宗之事凡九百七十八卷，卷第总目五卷。依熙宁修《三经》例，损益修换四千四百余事，上谓其书无愧司马迁。焘尝举汉石渠、白虎故事，请上称制临决，又请冠序，上许之，竟不克就。
又奏："陛下即位二十余年，志在富强，而兵弱财匮，与'教民七年可以即戎者'异矣。"一日，召对延和殿，讲臣方读《陆贽奏议》，焘因言："贽虽相德宗，其实不遇。今遇陛下，可谓千载一时。"遂举贽所言切于今可举而行者数十事，劝上力行之。上有功业不足之叹，焘曰："功业见乎变通，人事既修，天应乃至。"进敷文阁直学士，提举佑神观兼侍讲、同修国史。荐尤袤、刘清之十人为史官。
十年七月，久旱，进祖宗避殿减膳求言故事，上亟施行。丁丑雨。一日宣对，焘言："外议陛下多服药，罕御殿，宫嫔无时进见，浮费颇多。"上曰："卿可谓忠爱，顾朕老矣，安得此声。近惟葬李婕妤用三万缗，他无费也。"遂因转对，乞用祖宗故事召宰执赴经筵。
太史言十一月朔，日当食心八分。焘复条上古今日食是月者三十四事，因奏之曰："心，天王位，其分为宋。十一月于卦为复，方潜阳时，阴气乘之，故比他食为重，非小人害政，即敌人窥中国。"明日对延和殿，又及晋何曾讥武帝无经国远图。
十一年春，乞致仕，优诏不允。上数问其疾增损，给事中宇文价传上旨，焘曰："臣子恋阙，非老病，忍乞骸骨。"因叩价时事，勉以忠荩。又闻四川乞减酒课额，犹手札赞庙堂行之。
病革，除敷文阁学士，致仕。命下，喜曰："事了矣。"口占遗表云："臣年七十，死不为夭，所恨报国缺然。愿陛下经远以艺祖为师，用人以昭陵为则。"辞气舒徐，乃卒，年七十。
上闻嗟悼，赠光禄大夫。他日谓宇文价曰："朕尝许焘大书'续资治通鉴长编'七字，且用神宗赐司马光故事，为序冠篇，不谓其止此。"
焘性刚大，特立独行。早著书，桧尚当路，桧死始闻于朝。暨在从列，每正色以订国论。张栻尝曰："李仁甫如霜松雪柏。无嗜好，无姬侍，不殖产。平生生死文字间。"《长编》一书用力四十年，叶适以为《春秋》以后才有此书。
有《易学》五卷，《春秋学》十卷，《五学传授》、《尚书百篇图》、《大传杂说》、《七十二子名籍》各一卷，《文集》五十卷，《奏议》三十卷，《四朝史稿》五十卷，《通论》十一卷，《南北攻守录》三十卷，《七十二候图》、《陶潜新传》并《诗谱》各三卷，《历代宰相年表》、《唐宰相谱》、《江左方镇年表》、《晋司马氏本支》、《齐梁本支》、《王谢世表》、《五代将帅年表》合为四十一卷。
谥文简，累赠太师、温国公。子垕、（缺）、塾、壁、｛直土｝。垕著作郎，（缺）夔州路提点刑狱，壁、｛直土｝皆执政，别有传。
论曰：执羔宿德雅度，在经筵，忠忱启沃，以口舌相高为戒。希吕刚直恳切，有古引裾风。良佑力止泛使，惧开衅端，忤旨窜斥而甘心焉。李浩独不造秦熺，陈橐以呈身为耻，文若讥休兵，胡沂斥阉宦，其清风苦节，终始弗渝。高、孝之世，李焘耻读王氏书，掇拾礼文残缺之余，粲然有则，《长编》之作，咸称史才，然所掇拾，或出野史，《春秋》传疑传信之法然欤！