大德六年，从参知政事张文彪言，海边运粮万户府官属，听本府自行举保。文彪瑄之子也。是年，户部言：“船户节次逃亡，究其源由，益因漕司失于拘钤。纵纲宫人等恣意侵渔，或将有力之家影占，不令上船当役，或将招伏逃户不申官起遣，以致靠损在船人户。合令漕司取勘实在船户，委官点勘，有缺役者先行着落。纲官雇人代替，须拘本户到官断罪，受赃者验庄追断，仍除名。”中书省议从之。七年，张瑄、朱清坐飞语论死，并籍其家，事瑄等传。中书省奏：“前者海过运粮，立万户府四，复并为二，且委付万户六员，前孛可孙札刺儿斛沙的为之长，建庆路达鲁花赤阿里之子日忽都鲁拙剌儿次之。余万户四员以先所委色目、汉人、南人内谨慎有才者如旧。仍带虎符。”又奏：“万户下，合委千户，镇抚、首领七十员内，受宣命金牌六十有七员，就带者三十有九，创降金牌者二十有八，受敕者三员。”并从之。
至大二年，江浙行省言：“曩左者朱清、张瑄岁漕四五十万石至百余万石，时船多粮少，雇直均平。比岁赋敛横出，漕户困乏，迩亡者有之。今岁运稂三百万石。漕船不足，遣人于浙江、福建等处和雇民船，百姓骚动。本省左丞沙不丁言其弟合八失及马合谋但的、澉浦杨家等皆有船，且深知漕事，宜以为海追运粮都漕万户府，以私力输运官稂。万户、千户并如军官例承袭，宽恤漕户，增绐雇直，庶有成功。”诏以马合谋但的为遥授右丞、海外诸番宜慰使都元帅，领海边运粮万户府事。设千户百户所十，每所设达鲁花赤一，千户三，副千户二，百户四。
三年，以朱清子虎，张瑄子文龙往治海漕，以所籍定一区田百顷给之。
四年，中书省奉皇太子旨，遣刑部田侍郎、万户王仲温至江浙行省议海运事。时江东宁国、池、饶十太平等处及湖广、江西等处运粮至真州泊水湾，勒令海船从扬子江逆流而上，至泊水湾装发。海船重大底小，江流湍急，又多石矶，走沙涨浅，粮船损坏岁岁有之。于是以嘉兴、松江二属秋粮并江淮、江浙二总管府岁办粮充运，而免宁国、池、饶及湖广、江西等粮运，惟办运香糯米。旧例在直沽交卸后，万户朱虞龙将香糯米船直赴大都醴源仓送纳转交。河船般剥、偷窃、搀杂，交剖短少，船户困于赔累。请仍在直沽交卸。部议以醴源仓收纳行之已久，难于更易。沮其事不行。
至正八年，漕运使贾击陈便宜二十余事，从其八事：一日京畿和籴，二日优恤漕司，三日接运委官，四曰通州总治预定委员，五日船户困于坝夫，清粮坏于坝户，六日疏浚运河，七日临清运粮万户府当隶漕司，八曰宜以宜忠船户付本司节制。盖历岁久，积弊深，公私困惫，鲁之所言区区补缀而已，无当于运漕之本计也。凡岁运之数：
至元二十年，运粮四万六千五十石，运到四万二千一百七十二石，事故粮八百七十七石。
二十一年，运粮一十万石，运到九万七百七十一石，事故粮九千二百二十八石。
二十三年，运粮五十七万八千五百三十石。运到四十三万三千九百五石。事故粮一十四万四千六百一十四石。
二十四年，运粮三十万石，运到二十九万七千五百四十六石，事故粮二千四百五十三石。
二十五年，运粮四十万石，运到三十九万七千六百五十五石，事故粮二千三百四十四石。
二十六年，运粮九十三万五十石，运到九十一万九千九百四十三石，事故粮一万五千五十七石。
二十七年，运粮一百五十九万五千石，运到一百五十一万三千八百五十六石，事故粮八万一千一百四十三石。
二十八年，运粮一百五十二万七千二百五十石。运到一百二十八万一千六百一十五石，事故粮二十四万五千六百三十五石。
二十九年，运粮一百四十万七千四百石，运到一百三十六万一千五百一十三石，事故粮四万五千八百八十六石。
三十年，运粮九十万八千石，运到五十万三千五百三十四石，事故粮一万九百九十九石。
元贞元年，运粮三十四万五百石俱到。
二年，运粮三十四万五百石，运到三十三万七千二十六石，事故粮三千四百七十三石。
大德元年，运粮六十五万八千三百石，运到六十四万八千一百三十六石，事故粮一万一百六十三石。二年，运粮七十四万二千五百一十石，运到七十万五千九百五十四石，事故粮三万六千七百九十六石。