会治饷大臣福宁劾勒保月饷十二万两，视他路为多，所办贼有增无减；而天德复由大宁阑入湖北境，总督倭什布飞章告警。诏褫职，命尚书魁伦赴川勘问，以额勒登保代为经略。勒保能得军心，而八旗兵素骄，稍裁抑之，遂腾蜚语，及就逮，所部将士为之讼冤。魁伦窥帝怒不测，未以上闻，稍为申辨糜饷纵贼罪，卒坐以明亮、恒瑞不听调度；副都统讷音兵譁閧，不据实参奏；又贼犯楚境不即驰报，玩视军务，论大辟。帝念前功，改为斩监候，解部监禁。
五年春，额勒登保等剿贼陕西，魁伦专任川事，而将士不用命。天元、子聪合黄号徐万富、青号汪瀛、线号陈得俸，渡嘉陵江，魁伦退守潼河，事闻，起勒保赴川。三月至，贼已越潼河，赴中江截剿，连败之，诏逮魁伦，授勒保四川提督，兼署总督。时德楞泰已大破贼於马蹄冈，冉天元、陈得俸、雷世旺先后殄灭；合剿汪瀛於嘉陵江口，擒之。四月，击败高天升、马学礼，贼遁甘肃番境，五月，复犯龙安，罢提督，专任总督。六月，贼北走甘肃，遣副都统阿哈保追之，自率兵剿川东、川北诸贼。七月，与德楞泰合击白号苟文明、鲜大川於岳池新场，败之，大川走死，实授总督。
八月，白号贼与青号赵麻花合，进击，歼其党汤思举。麻花复合王珊向陕境，欲迎天德入川。勒保截之於江口，毙麻花，珊亦为德楞泰所诛。十二月，蓝号李彬、白号杨开第、黄号齐国谟自巴州窜仪陇，德楞泰击毙国谟，勒保亦斩开第，独彬遁走。六年正月，移师川东，败蓝号杨步青於大宁，而樊人杰、徐万富合蓝号王士虎、冉天士扰广元、苍溪。遣阿哈保往援，贼伪向仪陇，阴沿嘉陵江南下，欲潜渡；驰至南部与阿哈保合击，歼万富。二月，蓝号张士龙窜巴州，遣七十五击斩之；自击蓝号陈朝观、白号魏学盛，败之巫山、云阳间。贼北窜入陕、楚界，追至竹山。六月，贼回窜东乡，击败之，擒青号何子魁，歼蓝号苟文明、鲜俸先。七月，又擒徐天寿、王登高。八月，白号高见奇合魏学盛窜广元，邀击之，追至通江。適蓝号冉学胜自老林至与合，乘夜攻之，擒学胜。诏封三等男。九月，见奇、学盛分窜南江及陕西西乡。勒保抵南江，闻李彬方掠巴州、苍溪，恐逾嘉陵江，亟往，贼已东窜通江；乃移兵大竹，剿汤思蛟、刘朝选，追至太平，擒其党萧焜。
是冬，偕额勒登保、德楞泰疏言：“剿匪大局已定，请酌撤官兵。”诏以“巨贼未尽除，遽思将就了事”，严斥之。七年正月，复疏言：“川省自筑寨练团，贼势十去其九。拟分段驻兵，率团协力搜捕馀匪；遣熟谙军事之道、府，正、佐各员，分专责成。兵力所不到，民力助之；民力所不支，兵力助之：庶贼无所匿。”诏如议行。是月，擒青号何赞於忠州。二月，李彬窜南江，为建昌道刘清所擒。三月，张天伦、魏学盛扰川北，遣总兵田朝贵往剿，不利；亲率罗思举等继进，大败贼於巴州，天伦、学盛并就歼。五月，遣罗声皋、达斯呼勒岱剿擒白号庹向瑶；总兵张绩剿青号，擒徐天培；田朝贵剿蓝号，歼杨步青。七月，刘朝选纠青、蓝、黄号残匪窜大宁，勒保遣将击之，罗思举擒朝选，达斯呼勒岱歼赖飞陇，诏晋一等男。十月，罗思举擒张简，而汤思蛟败窜亦就获。十一月，思举擒黄号唐明万。时川中著名逆首率就擒歼；馀匪窜老林，不复成股。在陕、楚者亦多为额勒登保、德楞泰所歼。十二月，合疏驰奏蒇功，晋封一等伯爵，仍以“威勤”为号。
八年，搜捕馀匪，擒白号苟文富、宋国品、张顺，青号王青，招降黄号王国贤，偕额勒登保、德楞泰会奏肃清。未几，陕西南山馀孽复起，至九年八月始平。十年，入觐，诏曰：“自嘉庆四年，勒保在川省令乡民分结寨落，匪始无由焚劫，且助官军击贼。其后陕、楚仿行，贼势乃促。今三省闾阎安堵，实得力此策为多。加太子太保、双眼花翎，回镇四川，与民休息。”时解散乡勇，令入伍为兵。
十一年秋，陕西宁陕镇新兵倡乱，遣总兵唐文淑往援剿，叛将蒲大芳缚首逆乞降，德楞泰受之。勒保奏劾：“叛兵罪重於逆匪，率以纳降。不知畏威，安能悔罪？他兵从而生心，益骄难制。”帝韪其言，命赴陕西会治善后事宜。寻闻四川绥定新兵亦叛，桂涵捕擒首逆，磔之，馀党并论如律。十三年，凉山夷匪扰马边厅，剿平之。十四年，拜武英殿大学士，仍留总督任。
十五年，召来京供职。坐在四川隐匿名揭帖未奏，降授工部尚书，调刑部。十六年，出为两江总督。寻内召，复授武英殿大学士，管理吏部，改兵部，授领侍卫内大臣。十八年，充军机大臣，兼管理藩院。十九年，以病乞休，食威勤伯全俸。二十四年，卒，诏赠一等侯，谥文襄。