额勒登保战绩为诸军最，湖北道员胡齐仑治饷餽送诸将，事发，独无所受，诏嘉其“忠勇公清，为东三省人杰”。八月，勒保以罪逮，命代为经略，授领侍卫内大臣，补都统。疏陈军事曰：“臣前数年止领一路偏师，今任经略，当筹全局。教匪本属编氓，宜招抚以散其众，然必能剿而后可抚，必能堵而后可剿。从前湖北教匪多，胁从少；四川教匪少，胁从多。今楚贼尽逼入川，其与川东巫山、大宁接壤者，有界岭可扼，是湖北重在堵而不在剿。川、陕交界，自广元至太平，千馀里随处可通，陕攻急则入川，川攻急则入陕，是汉江南北剿堵并重。川东、川北有嘉陵江以限其西南，馀皆崇山峻岭，居民近皆扼险筑寨，团练守御；而川北形势更便於川东，若能驱各路之贼偪川北，必可聚而歼旃：是四川重在剿而不在堵。但使所至堡寨罗布，兵随其后，遇贼迎截夹击，以堵为剿，事半功倍，此则三省所同。臣已行知陕、楚，晓谕修筑，并定赏格，以期兵民同心蹙贼。至从征官兵，日行百十里，旬月尚可耐劳，若阅四五年之久，骡马尚且踣毙，何况於人？续调新募者，不习劳苦，更不如旧兵。臣一军尚能得力者，以兵士所到之处，亦臣所到之处；兵士不得食息，臣亦不得食息。自将弁以及士卒，无不一心一力，而各路不能尽然。近日不得已，将臣兵与各提镇互相更调，以期人人精锐。”又言：“军中出力人员，应随时鼓励，令各路领兵大员，自行保奏，以免咨送迟延。”帝并韪之。
时徐天德败於湖北，折回川东，渐衰弱；而王登廷与冉天元、苟文明合阮正漋窜广元，贼势重在川北。九月，率杨遇春歼正漋於云雾山。十一月，登廷、天德、天元及樊人杰会合抗拒，叠战於巴州何家院、东君坝，擒贼目贾正举、王国安，追至苍溪猫儿垭。额勒登保以天元善战，令杨遇春、穆克登布合左右翼力击。穆克登布轻进，为天元所乘，伤亡甚众；贼萃攻经略中营，血战竟夜，贼始退，次日，登廷在南江为乡团所擒。额勒登保以实闻，诏嘉其不讳败，不攘功，不媿大臣。天元窜开县，额勒登保病留太平，遣杨遇春、穆克登布追之。将与德楞泰夹击，而杨开甲、辛聪、王廷诏、高天升、马学礼诸贼以川北守御严，无所掠，乘间由老林窜陕西城固、南郑，提督王文雄不能御，前路贼且入甘肃。额勒登保疏请以川事付魁伦、德楞泰，自力疾赴陕，而德楞泰先已西行赴援，不及回军。
五年春，天元纠胁日众，乘魁伦初受事，遂夺渡嘉陵江，朱射斗战死。未几，潼河复失守，川中震动。诏逮魁伦，起勒保与德楞泰同办川贼，责额勒登保与那彦成专剿陕贼。时那彦成破南山馀贼於陇山、伏羌，德楞泰追王廷诏、杨开甲於成县。额勒登保亦至，乃令德楞泰回川西，自与那彦成分三路，遏贼入川及北窜之路。杨遇春、穆克登布破张天伦於岷州，庆成等破张世龙於洮河。廷诏、开甲合犯大营，击走之，分兵追贼。大军移剿高天升、马学礼，迭败之，贼逾渭北窜，寻要之於巩昌，又要廷诏、开甲於岷州。诸贼并逼回渭南，而张世龙等走秦州，将趋北栈。留那彦成追高、马二贼，自率杨遇春、岱森保回陕，令王文雄及总兵索费英阿等分扼南北栈。张汉潮已为明亮所歼，馀党留陕者纠合复众。张世龙、张天伦为大兵所驱，窜滇安，皆注汉北山中，东向商、雒，贼复蔓延。严诏诘责，召那彦成回京。闰四月，额勒登保率杨遇春连败贼於商、雒、两岔河，令遇春扼龙驹寨，使不得犯河南。贼乃回窜，留后队缀官军，连破之洵阳大、小、中溪，设伏溪口，擒斩三千馀，毙蓝号刘允恭、刘开玉，於是汉潮馀党略尽，晋封三等子。杨开甲、辛聪、张世龙、张天伦、伍金柱、戴仕杰等皆西窜。五月，令杨遇春等追击金柱等於汉阴手扳崖，阵毙贼目庞洪胜等。进攻杨开甲等於洋县茅坪，贼踞山巅，诱之出战，伏兵绕贼后夹击，阵斩开甲。六月，贼窜甘肃徽县、两当，蓝号陈杰偷越栈道，擒之。八月，遇春斩伍金柱於成县，毙宋麻子於两当，贼复回窜陕境。疏陈军事，略谓：“贼踪飘忽，时分时合，随杀随增，东西回窜，官军受其牵缀，稍不慎即堕术中，堵剿均无速效，自请治罪。”又言：“地广兵单，请将防兵悉为剿兵，防堵责乡勇，促筑陕、楚寨堡以绝掳掠。”温诏慰劳，以剿捕责诸将，防堵责疆吏，分专其任。会贼逼武关，截击走之。
六年春，奏设宁陕镇为南山屏障，如议行。二月，杨遇春擒王廷诏於川、陕交界鞍子沟，擒高天德、马学礼於宁羌龙洞溪，三贼皆最悍。诏晋二等子，复双眼花翎。时贼之著者，陕西冉学胜、伍怀志，湖北徐天德、苟文明，四川樊人杰、冉天泗、王士虎等，尚不下十馀股。四月，剿学胜於渭河南岸，又蹙之於汉南，贼遁平利。张天伦纠合五路屯洵阳高塘岭、刘家河，令杨遇春击走之。五月，穆克登布擒伍怀志於秦岭。七月，遇春擒冉天泗、王士虎於通江报晓垭，徐天德、冉学胜并为他师所歼；而姚之富子馨佐及白号高见奇、辛斗等方扰宁羌，督诸将进剿，逼入川北。九月，总兵杨芳等擒辛斗於通江。十月，丰伸、桑吉斯塔尔擒高见奇於达州。於是贼首李元受、老教首阎天明等各率众降，贼势穷蹙。条上搜捕事宜，诏嘉奖，晋封三等伯。十一月，苟文明合各路残匪窜阶州，裹胁复众，回窜广元、通江。十二月，败之於瓦山溪，文明窜开县大宁。七年正月，斩黄号辛聪於南江，文明由西乡偷渡汉江。额勒登保自请罪，降一等男，诏以川匪责德楞泰、勒保等，额勒登保兼西安将军，仍专办陕贼。二月，文明窜入南山，与宋应伏、刘永受合，督师入山搜剿。六月，歼其众於龚家湾，文明仅以身免，刘永受潜遁，为乡民所歼。七月，歼文明於宁陕花石岩，晋一等伯。疏陈军事将竣，请撤东三省及直隶、两广兵，远地乡勇分别遣留。遂穷搜南山馀匪，八月，擒苟文齐，毙张芳。赴平利与德楞泰会剿楚匪，五战，擒斩过半。十月，毙青号熊方青於达州，尽歼竹溪股匪。十一月，令穆克登布追贼通江铁镫台，擒景英、蒲添香、赖大祥，及湖北老教首崔连乐，晋三等侯。著名匪首率就歼，零匪散窜老林。十二月，疏告蒇功，诏嘉额勒登保：“运筹决策，悉中机宜，躬亲行阵，与士卒同甘苦，厥功最伟。”晋封一等侯，世袭罔替，授御前大臣，加太子太保，赐用紫缰。馀论封行赏有差。