拜户部尚书兼知临安府、浙西安抚使。帝谕丞相谢方叔趣入觐，乞严下海米禁，历陈京师艰食、和籴增价、海道致寇三害。加宝章阁直学士、沿江制置使、江东安抚使、知建康府兼行宫留守兼节制和州无为军安庆府三郡屯田使，加焕章阁，寻加宝章阁学士。始至官，即以常例公用器皿钱二十万缗支犒军民，减租税，养鳏寡孤疾无告之人，招兵置砦，给钱助诸军昏嫁。属县税折收丝绵绢帛，倚阁除免以数万计。兴学校，礼贤才，辟召僚属，皆极一时之选。
拜端明殿学士、荆湖制置、知江陵府，去而建康之民思之不已。帝闻，命以资政殿学士、沿江制置大使、江东安抚使再知建康，士女相庆。光祖益思宽养民力，兴废起坏，知无不为，蠲除前政逋负钱百余万缗，鱼利税课悉罢减予民，修建明道、南轩书院及上元县学。扌尊节费用，建平籴仓，贮米十五万石，又为库贮籴本二百余万缗，补其折阅，发籴常减于市价，以利小民。修饬武备，防拓要害，边赖以安。其为政宽猛适宜，事存大体。
公田法行，光祖移书贾似道言公田法非便，乞不以及江东，必欲行之，罢光祖乃可。进大学士兼淮西总领。召赴行在，迁提领户部财用兼知临安府、浙西安抚使。会岁饥，荣王府积粟不发廪，光祖谒王，辞以故，明日往，亦如之，又明日又往，卧客次，王不得已见焉。光祖厉声曰："天下孰不知大王子为储君，大王不于此时收人心乎？"王以无粟辞；光祖探怀中文书曰："某庄某仓若干。"王无以辞，得粟活民甚多。进同知枢密院事，寻差知福州、福建安抚使，以侍御史陈尧道言罢，以前职提举洞霄宫。再以沿江制置、江东安抚使知建康，郡民为建祠六所。乞致仕，不许。咸淳三年，拜参知政事。五年，拜知枢密院事兼参知政事，以监察御史曾渊子言罢。给事中卢钺复缴奏新命，以金紫光禄大夫致仕，卒，谥庄敏。
光祖之在外，练兵丰财；朝廷以之为京尹，则剸治浩穰，风绩凛然。三至建康，终始一纪，威惠并行，百废无不修举云。
论曰：吴渊才具优长，而严酷累之。余玠意气豪雄，而志不克信。贾似道不用汪立信之策，殆天夺其魄矣。向士璧卒厄于似道，宋之不足图存，盖可知也。胡颖好毁淫祠，非其中之无慊，不能尔也。冷应澄安边之才。曹叔远、王万皆正人端士。马光祖治建康，逮今遗爱犹在民心，可谓能臣已。