明年，迁校书郎，以亲老乞补外，乃知嘉定府。行次江陵，蜀大将吴曦以四川叛，了翁策其必败。又明年，曦诛，蜀平，了翁奉亲还里。侂胄亦以误国诛。朝廷收召诸贤，了翁预焉。会史弥远入相专国事，了翁察其所为，力辞召命。丁生父忧，解官心丧，筑室白鹤山下，以所闻于辅广、李燔者开门授徒，士争负笈从之。由是蜀人尽知义理之学。
差知汉州。汉号为繁剧，了翁以化善俗为治。首蠲积逋二十余万，除科抑卖酒之弊，严户婚交讦之禁，复为文谕以厚伦止讼，其民敬奉条教不敢犯。会境内桥坏，民有压死者，部使者以闻，诏降官一秩、主管建宁府武夷山冲佑观。未数月，复元官、知眉州。眉虽为文物之邦，然其俗习法令，持吏短长，故号难治。闻了翁至，争试以事。乃尊礼耆耇，简拔俊秀，朔望诣学宫，亲为讲说，诱掖指授，行乡饮酒礼以示教化，增贡士员以振文风。复蟆颐堰，筑江乡馆，利民之事，知无不为。士论大服，俗为之变，治行彰闻。
嘉定四年，擢潼川路提点刑狱公事。八年，兼提举常平等事，迁转运判官。戢吏奸，询民瘼，举刺不避权右，风采肃然。上疏乞与周惇颐、张载、程颢、程颐锡爵定谥，示学者趣向，朝论韪之，如其请。遂宁阙守，了翁行郡事。即具奏乞修城郭备不虞，廷议靳其费，了翁增埤浚隍，如待敌至者。后一年，溃卒攻掠郡县，知其有备不敢逞，人始服豫防之意。十年，迁直秘阁、知泸州、主管潼川路安抚司公事。丁母忧，免丧，差知潼川府。约己裕民，厥绩大著。若游似、吴泳、牟子才，皆蜀名士，造门受业。
十五年，被召入对，疏二千余言。首论人与天地一本，必与天地相似而后可以无旷天位，并及人才、风俗五事，明白切畅。又论郡邑强干弱枝之弊，所宜变通。盖自了翁去国十有七年矣，至是上迎劳优渥，嘉纳其言。进兵部郎中，俄改司封郎中兼国史院编修官。转对，论江、淮、襄、蜀当分为四重镇，择人以任，虚心以听，假以事权，资以才用，为联络守御之计。次论蜀边垦田及实录阙文等事，皆下其章中书。十六年，为省试参详官，迁太常少卿兼侍立修注官。
十七年，迁秘书监，寻以起居舍人再辞而后就列。入奏，极言事变倚伏、人心向背、疆埸安危、邻寇动静，其几有五，谓："宜察时几而共天命，尊道揆而严法守，集思广益，汲汲图之，不犹愈于坐观事会，而听其势之所趋乎？"又论士大夫风俗之弊，谓："君臣上下同心一德，而后平居有所补益，缓急有所倚仗。如人自为谋，则天下之患有不可终穷者。今则面从而腹诽，习谀而踵陋，臣实惧焉。盍亦察人心之邪正，推世变之倚伏，开拓规模，收拾人物，庶几临事无乏人之叹。"其言剀切，无所忌避，而时相始不乐矣。
宁宗崩，理宗自宗室入即位，时事忽异，了翁积忧成疾，三疏求闲不得请，迁起居郎。明年，改元宝庆，雷发非时，上有"朕心终夕不安"之语，了翁入对，即论："人主之心，义理所安，是之谓天，非此心之外，别有所谓天地神明也。陛下盍即不安而求之，对天地，事太母，见群臣，亲讲读，皆随事反求，则大本立而无事不可为矣。"又论："讲学不明，风俗浮浅，立朝无犯颜敢谏之忠，临难无仗节死义之勇。愿敷求硕儒，丕阐正学，图为久安长治之计。"又请申命大臣，于除授之际，公听并观，然后实意所孚，善类皆出矣。
属济王黜削以死，有司顾望，治葬弗虔。了翁每见上，请厚伦纪，以弭人言。应诏言事者十余人，朝士惟了翁与洪咨夔、胡梦昱、张忠恕所言能引义劘上，最为切至，而了翁亦以疾求去。右正言李知孝劾梦昱窜岭南，了翁出关饯别，遂指了翁首倡异论，将击之，弥远犹外示优容。俄权尚书工部侍郎，了翁力以疾辞，乃以集英殿修撰知常德府。越二日，谏议大夫朱端常遂劾了翁欺世盗名，朋邪谤国，诏降三官、靖州居住。初，了翁再入朝，弥远欲引以自助，了翁正色不挠，未尝私谒。故三年之间，循格序迁，未尝处以要地。了翁至靖，湖、湘、江、浙之士，不远千里负书从学。乃著《九经要义》百卷，订定精密，先儒所未有。
绍定四年复职，主管建宁府武夷山冲佑观。五年，改差提举江州太平兴国宫，寻知遂宁府，辞不拜。进宝章阁待制、潼川路安抚使、知泸州。泸大藩，控制边面二千里，而武备不修，城郭不治。了翁乃奏葺其城楼橹雉堞，增置器械，教习牌手，申严军律，兴学校，蠲宿负，复社仓，创义冢，建养济院。居数月，百废具举。弥远薨，上亲庶政，进华文阁待制，赐金带，因其任。