石达开见川中兵事方殷，屡由黔、楚窥伺来犯。是年春，陷石柱，扑涪州，为刘岳昭军所阻，窜黔境。寻又入叙永，攻江安，陷长宁，分扰珙、高、庆符，刘岳昭、曾传理等击败之。退滇境，分窜筠连、高县，官军扼金沙江以守。贼谋三路入川，秉章调诸将及土司兵分防。二年正月，赖裕新自宁远犯冕宁，至越巂，为工卩部土司岭承恩击毙。馀贼散扰川西十馀县，多为官军民团截杀，尽歼於平武山谷中。三月，石达开渡金沙江，为唐友耕等军所扼，由小径趋土司紫打地。大渡河水涨，官军伺半济击之，退扑松林、小河，又为土司王应元所扼。岭承恩夜袭破马鞍山贼营，断其粮道。复连扑两河，皆不得渡，粮尽，杀马采树叶而食。唐友耕等汉、土官兵合击，焚其巢，堕岩落水无数。馀七八千人奔老鸦漩，复为土兵所阻。达开率一子及其党三人乞降，解散四千人，馀党尽诛之。五月，槛送达开至成都，磔於市。捷闻，诏深嘉之，加太子太保，将士奖擢有差。李福猷为达开死党，初约由黔入川。令刘岳昭与黔军合剿，寻於黔境就歼。达开馀孽遂尽。
粤匪扰陕西，围汉中，秉章令道员易佩绅率军解其围，张由庚驻防川境。至是复令萧庆高、何胜必赴剿。诏擢刘蓉为陕西巡抚，督诸军。秉章病目请告，命力疾视事。三年，江宁克复，诏录前后功，予一等轻车都尉世职，赐双眼花翎。四年，陕西粤匪为诸军击败，窜甘肃阶州，令周达武会剿平之。回剿南坪番匪，匪首欧利哇降。又剿马边，擒匪首宋士杰，边境悉平。令刘岳昭援黔，由绥阳抵遵义，道路始通，后由黔规滇，皆秉章遗策也。六年夏，疾愈视事，命以四川总督协办大学士。十一月，卒於官，优诏赐恤，称其“公忠诚亮，清正勤明”，赠太子太傅，入祀贤良祠，四川、湖南建专祠。赐其子天保郎中、天诒举人，诸孙并赐官，谥文忠。
秉章晚年愈负重望，朝廷要政多谘决，西南军事胥倚之。所论荐人才，悉被任用，著勋名。川民感其削平寇乱，出於水火，及其殁，巷哭罢市。遗爱之深，世与汉诸葛亮、唐韦皋并称云。
胡林翼，字润之，湖南益阳人。父达源，嘉庆二十四年一甲三名进士，官至少詹事，学宗宋儒。林翼少时，即授以性理诸书，而林翼负才不羁，娶总督陶澍女，习闻绪论，有经世志。
道光十六年，成进士，选庶吉士，授编修。二十年，充江南副考官，坐失察正考官文庆携举人熊少牧入闱，降一级调用。丁父忧，服阕，捐纳内阁中书，改贵州知府。署安顺、镇远，皆盗薮，用明戚继光法练勇士，搜捕林箐，身与同甘苦。屡擒剧盗，靖苗氛，以功赐花翎。又因防剿新宁匪李沅发，以道员用。总督吴文镕、巡抚乔用迁并荐堪大用。咸丰元年，补黎平，实行保甲团练，千五百馀寨，建碉楼四百馀座，严扼要隘，储穀备城守。地邻湘、桂，匪戢而民安。三年，剿瓮安榔匪，诛其魁。湖南巡抚张亮基、骆秉章两次奏调，以贵州留不行。御史王发桂疏荐林翼剿匪成效，诏赴湖北委用。
四年，擢贵东道，率黔勇千人行次通城，而总督吴文镕战殁黄州，遂进援武昌。贼寻犯湖南，骆秉章调林翼回防，平安化土匪，擢四川按察使，寻调湖北。曾国藩既克武昌，檄林翼与罗泽南会攻九江，屯湖口，破贼梅家洲。五年春，擢湖北布政使。总督杨霈师溃黄梅，林翼率所部回援武昌，别以副将王国才一军隶之，未至，汉阳陷，会攻不克，屯沌口。武昌复陷，潜师渡江规武昌，为贼所围，兵少食尽，退金口。诏林翼署理湖北巡抚，杨霈奏令上扼汉川。林翼疏陈形势，宜急攻武汉，方能内固荆襄，上俞之。时武、汉、黄、德四郡皆为贼踞，后路崇阳、通城多伏莽，公私赤立，兵饷皆绌。林翼驰书四出乞贷，发家穀给军。添募兵勇，兼顾南北两路，凡数十战，时有克捷，亦屡濒於危。七月，攻克汉口镇，夺大别山贼卡。未几，援贼由汉川至，焚汉口。崇、通匪勾结武昌城贼，扑金口大营。诏念林翼素善用兵，勉以重整散卒。寻退奓山，饷绝兵溃，下部议处。林翼移营大军山，收集溃兵，驻新堤、嘉鱼。水陆合万人，半出新募，贼至常数万，军中夺气。林翼镇静相持，以忠义激励将士，始渐定。奏调罗泽南由江西来援，连克通城、崇阳，林翼自往迎之於蒲圻。合破援贼韦俊、石达开於咸宁，复其城。乘胜进攻武昌，自率所部普承尧、唐训方军由中路，罗泽南当西路，杨岳斌以水师会金口，总督官文亦令都兴阿率骑兵驻北岸。林翼和辑诸将，军势遂日振，屡战皆捷。