六年三月，罗泽南急攻城，伤於炮，骤卒。以李续宾代领其军，攻战不少辍。石达开自咸宁败后，窜江西，连陷数郡。曾国藩屡调罗泽南回援，不克往。林翼分遣刘腾鸿、普承尧两军赴之。诏以武汉久不克，督战急。林翼疏陈，略曰：“臣顿兵城下五月馀矣。血肉之躯，日当炮石，伤亡水陆士卒三千馀，丧将领罗泽南、周得魁百馀人，李续宾中丸堕马者数矣。夫兵易募而将难求，臣观前史，李左车告韩信，以顿兵城下，情见事绌为戒。战易攻难，自昔已然。故臣自四月后乃禁仰攻，分兵咸、蒲以取义宁，四战皆捷。分水师以清下游，直达九江。臣自率兵五千扼武昌南路，李续宾率六千三百扼洪山东，分剿北路。水师六营下驻沙口。贼由九江、兴国分路来援，臣豫拨三千馀人战於百里之外。微臣之志，誓与兵事相终始。万一变生意外，决不敢退怯苟且，自取羞辱。”文宗览奏，特慰勉之。
五月，贼於武昌城外豹子澥等处增垒掘壕，林翼抽调诸军击之，遂於要隘掘壕困贼。贼屡扑，皆击退。谍知九江贼古隆贤来援，已至樊口，先遣党数千进踞葛店。令蒋益澧率精锐迎击，战於葛店，大破贼，焚其舟。追至樊口，杨载福水师亦至，合击，毙贼数千。攻克武昌县城，遂渡江攻黄州。而石达开由江西窜江宁，复纠众上犯，分数路。七月，急调黄州军回援。贼由金牛趋葛店，古隆贤亦起应之。林翼督水陆军分御，连战於油坊岭、鲁家港、姚家岭、窑湾、沙子岭、小龟山，旬日内二十馀捷，擒斩无算，解散胁从万馀，追奔百馀里，至华容，贼悉遁。九月，杨岳斌追贼至蕲州，焚其舟，直抵田家镇。贼援既绝，添募陆勇五千，水师六营，为长图计。十一月，咨会官文克期大举。杨岳斌断拦江铁锁，焚贼船尽。贼倾城出扑，鏖战三时，大败狂奔，诸军逐之，遂复武昌。擒贼酋古文新等，骈诛数百人，生降四千。同日官文亦克汉阳。诏实授林翼湖北巡抚，加头品顶戴。遂分兵收复武昌县、黄州府及兴国、大冶、蕲水、蕲州、黄梅。令李续宾乘胜规九江，都兴阿、杨岳斌、鲍超屯小池口，自驻武昌筹全局。
上疏论军事吏治，略曰：“湖北军务不饬已久，无论贼之多寡强弱，闻警先惊，接仗即溃。上下相蒙，恬不知耻。误於使贪使诈，而实为贪诈所使。川、楚、河南勇目，招合无赖投效，以一报十，冒领口粮。交绥即败，又顾之他。帑项至艰，徒饱无赖欲壑。遣散不得其方，又相聚为盗。近年湖北募勇之大患，绿营则怯懦若性，正额虚浮，军政营制，荡然无存。此为兵事急应整顿之要。自古用武之地，荆襄为南北关键，武汉为荆襄咽喉。武汉有警，则邻疆胥震。四年之中，武昌三陷，汉阳四陷。东南数省，受害惟武汉为甚。夫善斗者必扼其吭，善兵者必审其势。今於武汉设重镇，则水陆东征之师，恃为根本军火米粮委输不绝，伤痍疾病休养得所。平吴之策，必先保鄂，明矣。保鄂必先固汉阳。湖北之失，在汉阳无备。下游小挫，贼遂长驱直入。应请於武汉设陆师八千，水师二千，日夜训练。平时有藜藿不采之威，临事有千里折冲之势。且东征之师，孤军下剿，苦战必伤，久役必疲。伤病之人，留於军中，不但误战，亦且误饷。若以武汉之防兵更番迭代，则士气常新，军行必利。此武汉宜急设防练之要。湖北莠民从贼者多，兵勇搜捕，徒滋扰害。惟有保甲清釐，族户綑献，分别斩释。然牧令不得其人，则法不能行。官吏之举动，为士民所趋向；绅士之举动，又为愚民所趋向。未有不养士而能致民，不察吏而能安民者。五年大熟，州县乃或报灾，六年大饥，州县转或徵赋。以丰为歉，是病国计；以歉为丰，是害民生，而终害於国计。歉岁官吏私收蠲缓，实惠不及於民。有所谓挖徵、急公等名目，无一非蠹国病民。凡下与上交接之事，诿之幕友；官与民交接之事，诿之门丁。词讼案牍，病在积压；盗贼奸宄，弊在因循。州县之小事，即百姓之大事，今日之小贼，即异日之大贼。厝火积薪，隐忧方大。又如捐输则有踩堂、贽见之费，牙帖则有勒索之费，釐金则有私设之费。臣受事以来，迭次特参，在国自有刑章，在臣甘为怨府。惟思劾贪非难，求才为难。前者劾去，后者踵事，而巧避其名，弊将不可胜言。臣愚以为必严禁官场应酬陋习，与群吏更始，崇尚敦朴，屏退浮华。行之数年，庶可改观。目下州县悬缺待人，请敕下部臣，暂勿拘臣文法资格。此吏治急应整饬之要。武汉甫经收复，人或以为已治已安，臣窃忧之。如以为治安，则前收复已二次矣。况江西七府俱沦於贼，旁轶横出，不仅九江、安庆为足虑也。未收复之前，事势极难，文武尚有惧心；收复之后，布置尚易，而特恐文武均萌肆志。外省粉饰之习，久在圣明洞鉴。不揣愚昧，用以直陈。”疏入，上嘉纳焉。於是裁浮勇，练新军，蠲四十六州县田赋以苏民困。设清查局，稽核全省仓库盈虚之数；设节义局，表彰死难官绅士女；设军需局，以备东征饷械。严课吏治，纠劾文武数十人，推廉尚能，手书戒勉将吏如子弟。初，将吏颇构督、抚异同，下令曰：“敢再言北岸兵事吏事长短者，以造言论罪。”官文亦开诚相与，无掣肘。军政吏治，皆林翼主稿，林翼推美任过，督抚大和。湖北振兴，实基於此。襄阳土匪猖獗，扰及河南境，令唐训方等剿之。