九年，澂江回复叛，踞府城，毓英率军往剿，围其郛，十年二月，克之。并拔竹园、江那诸贼巢，迤西军亦克丽江、剑川、永北、鹤庆、宾川、姚州、镇南诸城。疏言：“滇省前事之误，东南未定，遽议西征，屡致丧师失地。今通筹全局，必先扫荡东南两迤，然后全军西上，方无后顾之忧。”
十一年，迤东、迤西两路悉平，西军亦先后克复永昌、邓川、浪穹、赵州、云南、永平、蒙化及上下两关，而大理贼犹坚守，恃腾越、顺宁互为应援。十一月，毓英亲往督战，先断贼援，直薄城下，掘隧道，陷城垣数十丈，夺东南两门入。贼守内城，昼夜环攻，守陴贼多死。杜文秀穷蹙服毒，其党舁之出城诈降，斩首传示，勒缴军械，贼党犹请缓期。毓英令杨玉科率壮士二百入城受降，布重兵城外夹击之，斩酋目三百馀名，生擒杨荣、蔡廷栋、马仲山，磔於市。大理肃清，赐黄马褂，予骑都尉世职。十二年，顺宁、云州、腾越皆下，全滇底定，加太子少保，晋一等轻车都尉世职。
十三年，兼署云贵总督。光绪二年，丁继母忧。五年，服阕，授贵州巡抚，加兵部尚书衔。七年，调福建督办台湾防务，开山抚番，濬大甲溪，筑台北城。八年，署云贵总督，九年，实授。
法越兵事起，自请出关赴前敌，屯兴化。十年，命节制关外粤、楚各军。会广西军溃於北宁、太原，毓英全师退屯保胜，以未奉命，降二级留任。七月，命进军决战，连复越南馆司、镇安、清波、夏和诸县，屯馆司关，规取河内诸省。令丁槐、何秀林攻宣光，以地雷毁其城，擒斩甚众。十一年，京察，开复降级处分，令覃修纲攻克缅旺、清水、清山。法兵援宣光，掘地营延袤十馀里扼之。破法兵於临洮府，夺梅枝关。连克不拔、广威、永祥，进捣山西、河内，广西军亦收复谅山。越南兴安、宁平、南定、兴化、太原各省闻风响应。会和议成，诏班师。五月，回驻边关。十二年，会勘边界，兼署巡抚。十三年，剿顺宁倮黑夷匪张登发，平之。十四年，京察，议叙。十五年，皇太后归政，晋太子太保。寻卒，赠太子太傅，入祀贤良祠，云南、贵州建专祠，谥襄勤。子春煊，官至四川总督。
弟毓宝，从毓英转战云南，功最著，累擢道员，赐号额图珲巴图鲁。光绪十年，出关援剿宣光、临洮，旋克广威府、不拔县、梅枝关，赐黄马褂。十四年，授福建盐法道，擢云南按察使，权布政使，护巡抚，兼护总督。二十一年，调贵卅布政使，未行，复调云南。毓宝勇於战阵，不谙文法，御史溥松劾其护总督时，任用私人，政刑失当，坐夺职，卒於家。云贵总督崧蕃疏陈毓宝战功，诏复原官。
论曰：刘长佑朴诚廉毅，老於军事，时病其失之慈柔。自言：“於是非邪正，不自欺以欺人。”非饰辞也。滇、粤筹边，尤有远见。刘岳昭治滇，能屈己以听岑毓英。毓英与滇事相终始，跋扈霸才，竟成戡定伟绩，信乎识时之杰，能自树立者已。