三年，诏修辽、金、宋三史，命脱脱为都总裁官。又请修《至正条格》颁天下。脱脱欲帝亲儒臣，诘学问，左右多沮挠者，一日，帝御宣文阁。脱脱取裕宗当日所授书以进曰：“设使经史不足观，世祖岂以是教裕皇乎。”帝嘉纳之。皇太子爱猷识理达腊尝育于脱脱家，每有疾饮药，必尝之而后进。帝驻跸云州，遇暴风雨，山水猝至，车马皆漂没。脱脱抱皇太子单骑登山，乃免。皇太子至六岁始还宫。脱脱复以私钱造大寿元忠国寺，为皇太子祈福。
四年，领宣政院事。时诸山主僧请复僧司，且曰：“州县所苦，如坐地狱。”脱脱不许，曰：“若复僧司，何异地狱中，复置地狱耶！”是年，辽史成，脱脱奏上之，且请曰：“给事中所记陛下即位以来之圣政，亦宜渐加编葺，藏于石室金匮。”帝曰：“此事俟吾儿为之可也。”故元统以后之事，国史咸阙而不书，脱脱寝疾，体渐嬴，以术者言行年不利，遂抗表辞职，帝不允，表凡十七上，始从之。诏封为郑王，食邑安丰，赏赉巨万，俱辞不受，乃赐兴江田，为立稻田提领所领之。
七年，别怯儿不花为右丞相，以宿憾谮马札儿台。诏徒马札儿台于甘肃，脱脱请从。又移其父子于西域撒思嘉之地，至河，召还，使就养于甘州。马札儿台寻卒。帝念脱脱勋劳，复拜太傅，总理东宫事。
先是，脱脱在甘州，皇太子与脱脱子合剌章同岁，相亲爱，故合剌章甾京师侍皇太子。一日，与皇太子嬉殿外，皇太子欲负合剌章，辞曰：“合剌章奴也。皇太子使长也，奴不敢今使长负。”皇太子怒挞之，合剌章啼。声闻于帝，问之左右，具以事对，帝太息曰：“贤哉！此子也。”奇皇后因奏曰：“脱脱忠臣，不宜久在外。”帝颔之，会佛郎国贡天马，置马群中，高大如骆驼。帝曰：“人中有脱脱，马中有天马，皆一时杰出者也。”时哈麻在侧，闻之，以为脱脱旦夕复相，因乘间荐脱脱之贤。帝曰：“彼学罪汝，杖汝一百七，奈何荐之？”对曰：“彼杖臣，臣之罪也。何怨之有。”奇皇后于殿屏后闻之，阴使人至甘州召脱脱。脱脱至京师，未见帝，皇后伺帝有喜色，因谓合剌章曰：“汝亦思汝父脱脱否？”合剌章跪曰：“思之。”帝谓皇后曰：“脱脱今何在？而汝使思之邪！”皇后起谢曰：“脱脱去国日久，思见至尊，今闻共至都矣。”帝遂使人召入，正色问曰：“我使汝侍汝父于甘州，谁召汝来耶？”皇后为之失色，脱脱徐对曰：“陛下使臣侍父，今臣父已卒，葬事毕，故来尔。”帝遽起抱之，相与泣下，翌日，遂有太傅之命。
九年，丞相朵尔只、太平皆罢，复命脱脱为右丞相，兼领本堂事，于是脱脱引用乌古孙良桢、龚伯璲、汝中伯、伯帖木儿等为官属，委以腹心，无钜细悉与之谋，省臣奉行文牍而已。帝以吴直方有协赞功，由长史超授集贤大学士，御史王士点劾其躐进，直方亦力辞，乃止。
脱脱用吏部尚书偰哲笃言，更至正交钞，诏廷臣集议。祭酒吕思诚亟言不可，脱脱不从，事具《思诚传》。参议孛罗帖木儿、都水监传佐，建议于都城外开河置闸，放浑河水引船至丽正门外，可运西山煤，省薪刍负担之费。脱脱从之，役丁夫数万，迄无成功，孛罗帖木儿、传佐俱论死。然脱脱勇于任事，终不以此自悔。
时黄河决白茅堤，又决金堤，五年不能塞。脱脱用贾鲁计塞之，请身任其责，奏以贾鲁为工部尚书，总治河防，使役河南北民十七万，筑决堤成，使复故道。凡八月功竣，事见《河渠志》。帝嘉其功，赐世袭答剌罕号，又敕儒臣欧阳玄制《河平碑》以纪之。仍赐淮安路为食邑。郡邑长吏听其自用。
是时，汝、颖盗起，以红巾为号，蔓延襄、樊、唐、邓间。十一年，脱脱奏以弟御史大夫也先帖木儿为知枢密院事，将禁卫兵讨之。驻沙河，也先帖木儿素庸懦，军中夜惊，左右鞚马请留，也先帖木儿拔刀斫之曰：“我非性命耶！”乃先遁，大军遂一时奔溃。也先帖木儿弃辎重，收散卒万余人，抵开封城外，文济王蛮子在城上，遥谓之曰：“汝为大将，未见敌而奔，吾将劾汝，不能令汝入城。”乃屯于朱仙镇。朝廷以脱脱故，不之罪，诏他将代之。也先帖木儿径归，仍为御史大夫。陕西行台监察御史二十人，劾其丧师辱国。脱脱听弟言，迁西台御史大夫朵儿只班为湖广平章政事，除十二人，各府添设判官，以杜言者之口。监察御史及河南分御史台、行院、廉访司，巩昌总帅府、陕西都府义兵万户府，复承旨交章言也先帖木儿有功，诏赏金带、金挺各一，银挺千、钞五千贯、布帛百匹。脱脱又用龚伯璲等兴大狱，以谋害大臣杀高昌亦都护及御史大夫韩嘉纳，由是为时论所不与。