愿陛下以爱惜民力为本，以恢复天下为务，信赏必罚，以驱策英雄，亲正人，远邪佞，以图谋治道。夫如是，则承平之观不日咸复，讵止上都宫阙而已乎！
疏奏，其事遂寝。
二十三年二二月，拜治书侍御史。时宦者资正使朴不花与宣政使橐欢，内恃皇太子，外结丞相搠思监，骄恣不法。监察御史傅公让上章暴其过，忤皇太子意，左迁吐蕃宣慰司经历，它御史累疏谏争，皆外除。祖仁上书皇太子曰：
御史纠劾橐欢、不花奸邪等事，非御史之私言，乃天下之公论。今殿下未赐详察，辄加沮抑，摈斥御史，诘责台臣，使奸臣橐政之情不得达于君父，则亦过矣。
夫天下者，祖宗之天下，台谏者，祖宗之所建立。以二竖之微，而于天下之重、台谏之言，一切不恤，独不念祖宗乎！且殿下之职，止于监国抚军，问安视膳而已，此外予夺赏罚之权，自在君父。今方毓德春宫，而使谏臣结舌，凶人肆志，岂惟君父徒拥虚名，即天下苍生亦将奚望焉！
疏上，皇太子怒，令御史大夫老的沙谕祖仁，谓：“台臣所言虽是，但橐欢等俱无是事，御史纠劾不实，已与美除。昔裕宗为皇太子，兼中书令、枢密使，凡军国重事合奏闻者，乃许上闻，非独我今日如是也。”祖仁复上疏曰：
御史所劾，得于田野之间。殿下所询，不出宫墙之内，所以全此二人者，止缘不见其奸。昔唐德宗云：“人言卢杞奸邪，朕殊不觉。”使德宗早觉，杞安得相。是杞之奸邪，当时知之，独德宗不知。今二人之奸，天下知之，独殿下不知也。
且裕宗虽领军国重事，至于台谏封章，自是御前开拆。假使东宫先阅，君父或有差失，谏臣有言，太子将使之闻奏乎？不使之闻奏乎？使之闻奏，则伤其父心，不使闻奏，则陷父于恶。殿下将安所处？
如知此说，则今日纠劾之章不宜阻矣，御史不宜斥矣。
祖仁疏再上，即辞职。皇太子以其事闻，朴不花、橐皆自免，令老的沙谕祖仁等。
祖仁复上疏曰：
祖宗以天下传之陛下，今乃坏乱不可救药。虽曰天运使然，亦陛下刑赏不明之所致也。且区区二竖，犹不能除，况于大者。愿陛下俯从台谏之言，摈斥二人，不令其以辞职为名，成其奸计，使海内皆知陛下信赏必罚，自二人始，则将士孰不效力，天下可全而有，以还祖宗。若犹优柔不断，则臣宁饿死田野，誓不与之同列也。书奏，帝大怒。是时，侍御史李国凤亦上疏，言此二人必当斥逐。于是台臣自老的沙以下皆左迁，出祖仁为甘肃行省参知政事。时天寒，祖仁单衣就道，以弱女托于其友朱毅。
明年七月，勃罗帖木儿入中书丞相，除祖仁山北道肃政廉访使，召拜国子祭酒。迁枢密副使，累疏言军事利害，不报，辞职。除翰林学士，复拜中书参知政事。是时，天下大乱，祖仁性刚直，与时宰议论数不合，乃超授其阶荣禄大夫，而仍还翰林，为学士。寻迁太常礼仪院使。
二十七年，明兵已取山东，朝廷方疑护廓帖木儿有不臣之心，置抚军院总兵马以备之。祖仁与翰林学士承旨王时、待制黄哻、编修黄肃上书曰：
近者，南国不逾月而逼畿甸，朝廷虽合也速出师，然势力孤危，不足为京题屏蔽，宗社安危正在今日。
臣愚以为，驭天下之势，当论其轻重、强弱，远近，先后，不宜胶于一偏，狃于故辙。前日南军尚远，扩廓帖木儿近在肘腋，意将觊觎非分，不得不亟于致讨。今扩郭帖木儿势已穷蹙，而南军长驱北犯，山东瓦解。是扩廓帖木儿弱而轻，南军强而重也。陛下与皇太子，宜审其轻重、强弱，改统更张。抚军院诸臣，亦宜以公天下为心，审时制宜。扩廓帖木儿既不能复振，分拨一军足以擒获。其余见调一应军马，宜令其倍道东行，勤王赴难，与也速等声势联络，仍遣重臣分道宣谕督催，庶几有济。如复胶于成见，动以言者为扩廓帖木儿游说，而钳天下之口，不幸猝有意外之变，则天下之事去矣。
书上，不报。
十二月，祖仁又上书皇太子言：
近降诏削河南兵马之权，虽所当然，然此项军马终为南军所畏，即使有悖逆之心，朝廷以忠臣待之，其心愧沮，亦何所施。今未有所见，遽以此名加之，彼若甘心，以就此名，其害有不可言者。朝廷苟善用之，岂无所助。然人皆知之，而不敢言者，诚恐诬以受贿，谓为之游说也。况闻扩廓帖木儿屡上书，疏明其心迹，是其心末绝于朝廷，以待朝廷之昭洒。今为朝廷计者，不过战、守、迁三事。以言乎战，则资其觭角之势；以言乎守，则待其勤王之师；以言乎迁，则假其藩卫之力，勉强策励，犹恐迟晚。岂可使数万之师，弃置于无用之地？今宗社存亡，只在旦夕，不幸有唐率宗仓卒之事，是以祖宗之社稷人民委而弃之。臣虽碎首粉身，亦无济于事矣！