疏上，亦不报。
二十八年秋，明兵至近郊，诏祖仁及同佥太常礼义事王逊志等，奉太庙神主，从皇太子北行。祖仁等奏曰：“天子有大事，出则载主以行，从皇太子，非礼也。”帝然之，命祖仁守太庙以俟。未几，帝北奔，祖仁不果从。京城陷，将出健德门，为乱军所杀，时年五十五。
史臣曰：“元季国势阽危，所恃以御贼者，惟扩郭帖木儿一人，而李士赡犹嫌其兵权太重。扩廓帖木儿劾张思道等不听节制，士赡又持其事不下。当时执政大臣，士赡号为通达时务者，乃暗于机权如此，其亡国不亦宜乎！张桢、陈祖仁屡进谠言，终无尺寸之效。祖仁请昭洗扩廓帖木儿，其言尤激切，惠宗父子屏而不用，惜哉？”