初著毛诗续传三十八卷，既以避仇流寓江、淮间，失其藁，乃就所记忆著国风省篇、诗札、毛诗写官记。复在江西参议道施闰章所与湖广杨洪才说诗，作白鹭洲主客说诗一卷。明嘉靖中，鄞人丰坊伪造子贡诗传、申培诗说行世，奇龄作诗传诗说驳议五卷，引证诸书，多所纠正。洎通籍，进所著古今通韵十二卷，圣祖善之，诏付史馆。
归田后，僦居杭州，著仲氏易，一日著一卦，凡六十四日而书成，讬於其兄锡龄之绪言，故曰“仲氏”。又著推易始末四卷，春秋占筮书三卷，易小帖五卷，易韵四卷，河图洛书原舛编一卷，太极图说遗议一卷。其言易发明荀、虞、干、侯诸家，旁及卦变、卦综之法。奇龄分校会闱时，阅春秋房卷，心非胡传之偏，有意撰述，至是乃就经文起义，著春秋毛氏传三十六卷，春秋简书刊误二卷，春秋属辞比事记四卷，条例明晰，考据精核。又欲全著礼经，以衰病不能，乃次第著昏、丧、祭礼、宗法、庙制及郊、社、禘、祫、明堂、学校诸问答，多发先儒所未及。至於论语、大学、中庸、孟子，各有考证，而大学证文及孝经问，援据古今，辨后儒改经之非，持论甚正。
奇龄淹贯群书，所自负者在经学，然好为驳辨，他人所已言者，必力反其词。古文尚书自宋吴棫后多疑其伪，及阎若璩作疏证，奇龄力辨为真，遂作古文尚书冤词。又删旧所作尚书广听录为五卷，以求胜於若璩，而周礼、仪礼，奇龄又以为战国之书。所作经问，指名攻驳者，惟顾炎武、阎若璩、胡渭三人。以三人博学重望，足以攻击，而馀子以下不足齿录，其傲睨如此。
素晓音律，家有明代宗藩所传唐乐笛色谱，直史馆，据以作竟山乐录四卷。及在籍，闻圣祖论乐谕群臣以径一围三隔八相生之法，因推阐考证，撰圣谕乐本解说二卷，皇言定声录八卷。三十八年，圣祖南巡，奇龄迎驾於嘉兴，以乐本解说二卷进，温谕奖劳。圣祖三巡至浙，奇龄复谒行在，赐御书一幅。五十二年，卒於家，年九十一。门人蒋枢编辑遗集，分经集、文集二部，经集自仲氏易以下凡五十种，文集合诗、赋、序、记及他杂著凡二百三十四卷。四库全书收奇龄所著书目多至四十馀部。奇龄辨正图、书，排击异学，尤有功於经义。弟子李塨、陆邦烈、盛唐、王锡、章大来、邵廷寀等，著录者甚众。李塨、廷寀自有传。
邦烈，字又超，平湖人。尝取奇龄经说所载裒为圣门释非录五卷，谓圣问口语未可尽非云。
阎若璩，字百诗，太原人。世业盐筴，侨寓淮安。父修龄，以诗名家。若璩幼多病，读书闇记不出声，年十五，以商籍补山阳县学生员。研究经史，深造自得。尝集陶弘景、皇甫谧语题其柱云：“一物不知，以为深耻；遭人而问，少有暇日。”其立志如此。海内名流过淮，必主其家。年二十，读尚书至古文二十五篇，即疑其譌。沉潜三十馀年，乃尽得其症结所在，作古文尚书疏证八卷。引经据古，一一陈其矛盾之故，古文之伪大明。所列一百二十八条，毛奇龄尚书古文冤词百计相轧，终不能以强辞夺正理，则有据之言先立於不可败也。
康熙元年，游京师，旋改归太原故籍，补廪膳生。十八年，应博学鸿儒科试，报罢。昆山顾炎武以所撰日知录相质，即为改定数条，炎武虚心从之。编修汪琬著五服考异，若璩纠其谬，尚书徐乾学叹服。及乾学奉敕修一统志，开局洞庭山，若璩与其事。若璩於地理尤精审，山川形势，州郡沿革，了如指掌，撰四书释地五卷，及於人名物类训诂典制，事必求其根柢，言必求其依据，旁参互证，多所贯通。又据孟子七篇，参以史记诸书，作孟子生卒年月考一卷。又著潜丘劄记六卷，毛朱诗说一卷，手校困学纪闻二十卷，因浚仪之旧而駮正笺说推广之。又有《日知录补正》，《丧服异注》，宋刘攽、李焘、马端临、王应麟四家逸事，博湖掌录诸书。
世宗在潜邸闻其名，延人邸中，索观所著书，每进一篇必称善。疾革，请移就城外，以大床为舆，上施青纱帐，二十人舁之出，安稳如床箦。康熙四十三年，卒，年六十九。世宗遣使经纪其丧，亲制诗四章，复为文祭之。有云：“读书等身，一字无假，孔思周情，旨深言大。”佥谓非若璩不能当也。
子咏。康熙四十八年进士，官中书舍人，亦能文。同时山阳学者，有李铠、吴玉搢。
铠，字公凯。顺治十八年进士，补奉天盖平县知县。康熙十八年，荐应博学鸿儒科试，授翰林院编修，与修明史，洊官内阁学士。所著有读书杂述、史断，王士祯称为有本之学。