晋吏科都给事中，迁太常卿。上疏言：“殿下大仇未雪，举兵以来，将士宣劳於外，编氓殚藏於内，卧薪尝之不遑，而数月来，颇安逸乐。釜鱼幕燕，抚事增忧，则晏安何可怀也？敌在门庭，朝不及夕，有深宫养优之心，安得有前席借箸之事，则蒙蔽何可滋也？天下安危，讬命将相，今左右之人，颇能内承色笑，则事权何可移也？五等崇封，有如探囊，有为昔时佐命元臣所不能得者，则恩膏何可滥也？陛下试念两都黍离麦秀之悲，则居处必不安；试念孝陵、长陵铜驼荆棘之惨，则对越必不安；试念青宫二王之辱，则抚王子何以为情；试念江干将士列邦生民之困，则衣食可以俱废。”疏入，报闻。已又言中旨用人之非，累有封驳，王不能用。
时三宾夤缘居要，而马士英又至，元辰言：“士英不斩，国事必不可为！”贻书同官黄宗羲、林时对云：“蕞尔气象，似惟恐其不速尽者，区区忧愤，无事不痛心疾首，以致咳嗽缠绵，形容骨立。原得以微罪，成其山野。”遂乞休。
未几，大兵东下，乃狂走深山中，朝夕野哭。元辰故美须眉，顾盼落落，至是失其面目，巾服似头陀，一日数徙，莫知所止，山中人亦不复识。忽有老妇呼其小字曰：“子非念四郎邪？”因叹曰：“吾晦迹未深，奈何？”顺治四年，疽发背，戒勿药，曰：“吾死已晚，然及今死犹可。”遂卒。
王玉藻，字质夫，江都人。崇祯癸未进士，授慈溪知县。少詹项煜以从逆亡命，玉藻及慈民冯元飚均出其门，遂匿於冯氏。慈人毙煜於水，玉藻置不问。有明士习重闱谊，或以为过，玉藻曰：“吾岂能为向雄之待锺会哉！夫君臣之与师友，果孰重？”闻者悚然。
金陵破，鲁王监国，玉藻乃与沈宸荃起兵，晋御史，仍行县。复募义勇，请赴江上自劾，略谓：“今恃以自保者，惟钱唐一江，待北兵渡江而后御，曷若御之於未渡之先？臣原以身先之！”乃解县事，以兵科都给事往军前。时驻兵江上者，有方国安、王之仁、孙嘉绩、熊汝霖、章正宸、郑道谦、钱肃乐、沈光文、陈潜夫、黄宗羲，咸各自为军，兵饷交讧，莫敢先进。既不予玉藻以饷，复陈划地分饷，又不听，玉藻乃力请还朝。
既入谏垣，上封事十馀，略谓：“北兵之可畏者在勇，而我军之可虑者在怯，怯由於骄，兵骄由於将骄。今统兵之将，无汗马之劳，辄博五等之封，安得不启以骄心？骄则畏战，非稍加裁抑，恐无以戢其嚣陵之气。”又谓：“宜用海师窥吴淞，以分杭州北兵之势。又刘宗周、祁彪佳诸臣，宜加褒忠之典。”以是不为诸臣所喜，乃力求罢职。时元辰为太常，固乞留之，谓：“古人折槛旌直，今令直臣去国，岂国家之福！”玉藻感其言，供职如初。
浙东再破，玉藻追鲁王跸，弗及，自投於池，水涸，不得死，乃以黄冠遯於剡溪。资粮俱尽，采野葛为食。妻李，辽东巡抚植女，知书明大义，在浙右时，屡脱簪珥佐军兴；偕入剡溪，命二子方岐、方嶷拾堕樵，不以穷阨易操。適四明山寨竞起义军，以书致玉藻，玉藻思乘间入舟山，为侦骑所遏，不果往。每临流读所作诗，辄激励慷慨，仰天起舞，或朝夕悲歌，与门人熊亦方相和答。继亦方以癫死，玉藻归隐北湖，誓不易衣去发，作绝词以逝。遗命不冠而敛。
李长祥，字研斋，达州人。崇祯癸未进士。初以诸生练乡勇助城守，后选庶吉士，吏部荐备将帅之选。或曰：“天子果用公，计安出？”叹曰：“不见孙白谷往事乎？今惟有请便宜行事，虽有金牌，亦不受进止。平贼后，囚首阙下受斧钺耳！”闻者咋舌。贼日逼，上疏请急令大臣辅太子出镇津门，以提调勤王兵。不果行，而京师溃，为贼所掠，乘间南奔。
福王立，改监察御史，巡浙盐。鲁王监国，加右佥都御史，督师西行，而江上师又溃。鲁王航海去，长祥以馀众结寨上虞之东山。时浙江诸寨林立，四出募饷，居民苦之。独长祥与张煌言、王翊三营，且屯且耕，井邑不扰。监军鄞人华夏者，为之联络布置，请引舟山之兵，连大兰诸寨，以定鄞、慈五县，因下姚江，会师曹娥，合偁山诸寨以下西陵。佥议奉长祥为盟主，刻期将集，而为降绅谢三宾所发，引兵来攻。前军张有功被执，死。中军与百夫长十二人，期以次日缚长祥为献。晨起，十二人忽自相语：“奈何杀忠臣？”折矢扣刃，偕誓而遯。